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ビッグデータと多階層モデルを駆使したがん進化動態の定量的研究

Research Project

Project/Area Number 20J22335
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

高木 舜晟  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2020-04-24 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Keywords数理モデル / ウイルスダイナミクス / がん細胞動態 / 成人T細胞白血病 / ヒトT細胞白血病ウイルス / 統計解析 / 数理生物 / 発症予測 / in silico / がん再発 / 個体ベースモデル / 病態進行予測 / がん進化 / 個体群動態 / クローン多様性
Outline of Research at the Start

本研究では、がんの進化動態を定量的に明らかにすることにより、がんの予後予測や治療方針の決定の最適化を目指す。具体的には、ゲノムやトランスクリプトーム、細胞群動態をまたいでがんの進化を捉えられるよう、多階層の細胞動態を統合した個体ベースシミュレーション(ABM)を開発し、臨床検体から得られた実データとの網羅的な比較・検証を行うことにより、多様ながん進化が引き起こされる条件を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

1. 成人T細胞白血病(ATL)は、HTLV-1(ヒトT細胞白血病ウイルス1型)の感染を原因として発症する。発症者の割合は数%にとどまるものの、感染者数自体が国内だけでも約100万人に上ると言われており、発症した場合の予後は極めて悪い。予後を改善するためには発症を早期の段階で捕捉し治療介入することが望まれている。そこで本研究では、まずHTLV-1感染者の体内の感染細胞動態を計算する多階層数理モデルを構築し、あらゆる病態進行パターンの再現データを取得した。そのデータを用いて、早期発症予測に使用できる指標を探索するという新しい手法に取り組んだ。結果として、既存の単純なクローン多様性指標に比べ早期に悪性化クローンを検知する指標を発見した。本研究成果は、現在国際誌への投稿準備を進めている。
2. 固形がんの形成過程について、空間構造も考慮した数理モデルによる解析を行い、当該研究について論文にまとめ発表した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2023 2021

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results)

  • [Journal Article] Computational modeling of locoregional recurrence with spatial structure identifies tissue-specific carcinogenic profiles2023

    • Author(s)
      Abubakar Sharafudeen Dahiru、Takaki Mitsuaki、Haeno Hiroshi
    • Journal Title

      Frontiers in Oncology

      Volume: 13 Pages: 0-0

    • DOI

      10.3389/fonc.2023.1116210

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mathematical Modeling of Locoregional Recurrence Caused by Premalignant Lesions Formed Before Initial Treatment2021

    • Author(s)
      Takaki Mitsuaki、Haeno Hiroshi
    • Journal Title

      Frontiers in Oncology

      Volume: 11

    • DOI

      10.3389/fonc.2021.743328

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Direct evidence of abortive lytic infection-mediated establishment of Epstein-Barr virus latency during B-cell infection2021

    • Author(s)
      Inagaki T, Sato Y, Ito J, Takaki M, Okuno Y, Yaguchi M, Masud MHAA, Watanabe T, Sato K, Iwami S, MurataT, Kimura H
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 11 Pages: 575255-575255

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.575255

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2020-07-07   Modified: 2024-03-26  

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