| Project/Area Number |
20J22439
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 61020:Human interface and interaction-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
末竹 裕貴 東京大学, 情報理工学系研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / データ解析 / ワークフロー / ワークフロー実行システム / ワークフロー共有システム / 研究再現性 / ユーザインタフェース / ワークフロー言語 / ユーザインターフェース |
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| Outline of Research at the Start |
近年のバイオインフォマティクス分野における様々な技術革新に伴い，得られるデータ量や扱うソフトウェアの数が増大している．その一方，それらのデータやソフトウェアを用いてデータ解析を行うには，生物学の知識に加え，データの素性やソフトウェアの使用法といった知識が必要であり，多大な作業時間と労力が要求される．その結果，人的・コンピュータリソースの不足や解析結果の再現性が担保されていないといった様々な問題が発生している．そこで本研究では，データ解析における一連の処理に対しユーザビリティと解析再現性を向上させる技術を考案し，それらの技術を用いたインタラクティブなシステムを開発する．
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、バイオインフォマティクス分野におけるデータ解析の再現性とユーザビリティを向上させることを目的として、Sapporoシステム、Yevisシステムと連携を強化し、および新たに開発したTonkazシステムの連携と機能拡張に注力しました。これらのシステムにより、ワークフローの効率的な実行や共有が実現され、更に、解析結果の再現性を自動評価するための新しい指標が提案されました。
Tonkazシステムでは、リード数、マッピング率、変異頻度などの生物学的特徴値を用いて、結果の再現性を評価することを基本としています。実際の研究プロジェクトで使用されているワークフローやバイオインフォマティクス分野でよく遭遇するユースケースを用いた実験を通じて、提案された指標に基づく自動評価が可能であることを確認しました。
Sapporo、Yevis、Tonkazの3つのシステムを実世界で運用し、それぞれの機能や性能を詳細に検証しました。その結果、バイオインフォマティクス分野における再現性の問題に対して、より緻密な評価が可能となり、再現性に関する議論の進展に寄与しました。また、これらのシステムに関する論文を執筆し、海外誌に投稿することで、国際的な研究コミュニティとの情報交換や共同研究の展開を試みました。本研究で開発したシステムや手法が、バイオインフォマティクス分野におけるデータ解析の再現性とユーザビリティの向上に貢献し、今後の研究活動やデータ解析の効率化に役立つことが期待されます。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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