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DNA methylome analysis of chicken primordial germ cells for epigenetic breeding

Research Project

Project/Area Number 20K05226
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 27040:Biofunction and bioprocess engineering-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Kaneoka Hidenori  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (30631973)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords蛍光イメージング / DNA修復 / DNA損傷 / 蛍光プローブ / エピジェネティクス / DNAメチル化 / ストレス応答 / ニワトリ始原生殖細胞 / 始原生殖細胞
Outline of Research at the Start

哺乳類ではエピジェネティクスの遺伝メカニズムとしてリプログラミングとゲノムインプリンティング(ゲノム刷り込み)が広く知られているが、鳥類ではこのようなエピジェネティック制御が起こるのか様々な議論がなされている。経済動物として重要なニワトリの量的形質は、多くの遺伝子を同時に抑制するゲノムインプリンティングにより制御されている可能性が示されている。このような鳥類におけるエピジェネティクスの制御は、その存在の可能性は示されているもののメカニズムは全く解明されていない。本研究ではニワトリ始原生殖細胞のエピゲノム、特にDNAメチローム変化を追跡することにより、その疑問の解明に挑む。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we aimed to develop new probes to detect environmental stress (DNA damage) to analyze the epigenetic status of chicken primordial germ cells (PGCs) by fluorescence imaging.
We designed BiFC (Bimolecular fluorescence complementation) probes utilizing repair factor RAP80 and post-translational modification factor SUMO and analyzed to detect DNA damage foci. The BiFC probe signal showed high localization with the DNA damage marker γH2AX, successfully detecting DNA repair foci. If we could label the BiFC signal sites with this probe, it is expected to identify genomic regions that are more susceptible to environmental changes, leading to the identification of epigenomic regions that are useful for breeding.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

DNA損傷を検出するために修復因子RAP80と翻訳後修飾因子SUMOを利用したBiFCプローブを開発し解析を行った。BiFCプローブは外部から薬剤によるDNA損傷を与えなくても蛍光シグナルを発しており、内在的に起こる微弱なDNA損傷を検出していることがわかった。これまで免疫染色等の手法を用いなければ検出できなかった損傷を本研究で開発したBiFCプローブを用いることで、より明確に検出することができた。また、BiFCプローブの局在はDNA損傷によりダイナミックに変化していることがわかり、DNA修復の基礎的解析に利用できる可能性もある。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Recent advances in animal cell technologies for industrial and medical applications2022

    • Author(s)
      Horie Masanobu、Yamano-Adachi Noriko、Kawabe Yoshinori、Kaneoka Hidenori、Fujita Hideaki、Nagamori Eiji、Iwai Ryosuke、Sato Yasushi、Kanie Kei、Ohta Seiichi、Somiya Masaharu、Ino Kosuke
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: - Issue: 6 Pages: 509-514

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2022.03.005

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulatory mechanism of chicken lysozyme gene expression in oviducts examined using transgenic technology2021

    • Author(s)
      Kojima Yusuke、Okuzaki Yuya、Nishijima Ken-ichi、Moriwaki Shuichiro、Asai Seiya、Kaneoka Hidenori、Iijima Shinji
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 131 Issue: 4 Pages: 453-459

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.11.011

    • NAID

      40022545312

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DNA損傷応答を可視化する分割蛍光タンパク質レポーターの開発2022

    • Author(s)
      金岡 英徳、渡邉 愛梨、深田 梨沙子、田代 佑輝、清中 茂樹
    • Organizer
      第35回日本動物細胞工学会2022年度大会(JAACT2022)
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA修復機構における核内相分離構造体を可視化可能な新規蛍光プローブの開発2022

    • Author(s)
      渡邉 愛梨、深田 梨沙子、田代 有輝、金岡 英徳、清中 茂樹
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
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      金岡 英徳、渡邉 愛梨、田代 有輝、深田 梨沙子、清中 茂樹
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      金岡英徳、深田梨沙子、渡邉愛梨、清中茂樹
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      日本化学会第102春季年会
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      iACEシンポジウム2021
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      深田梨沙子、小川大輝、神谷凌、金岡英徳、清中茂樹
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      動物細胞工学会シンポジウム
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    • Invited
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      深田梨沙子、小川大輝、神谷凌、金岡英徳、清中茂樹
    • Organizer
      第 43 回日本分子生物学会年会
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      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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