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Highly accurate electronic coupling calculations for photosynthetic excitation energy transfer

Research Project

Project/Area Number 20K05430
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Fujimoto Kazuhiro  名古屋大学, 理学研究科(WPI), 特任准教授 (00511255)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords量子化学 / 理論化学 / エキシトン / 励起状態 / 電子状態 / 励起エネルギー移動 / 光合成 / 電子カップリング / エキシトンモデル / 電荷移動 / 光合成アンテナ / 励起子
Outline of Research at the Start

光合成系の集光性アンテナは励起エネルギー移動(EET)を起こすことで効率良く太陽光エネルギーを獲得している。これまでに多くの研究が行われてきたが、その分子機構の本質は謎に包まれたままである。この理由の一つとして、電子カップリング(光励起・脱励起に関わる電子の相互作用)を精度良く計算できなかったことが挙げられる。私はこれまでに遷移密度を用いたTDFI法や遷移多極子を用いたTrESP-CDQ法を考案し、高精度電子カップリング計算を実現してきた。本研究では、これらの計算手法を集光性アンテナへ適用することで、光合成のEETに潜む分子機構を明らかにしたいと考えている。

Outline of Final Research Achievements

We investigated the excited states of bacteriochlorophyll aggregates, B850 and B800, in the photosynthetic antenna system called LH2. To accurately understand the observed redshifts in the absorption spectra, we developed a dimer exciton model based on electronic coupling calculations. This model successfully reproduced the experimental results. Furthermore, we conducted a systematic analysis to determine the contributions to the spectral shift from four perspectives: distortion in bacteriochlorophyll structure, protein electrostatic effect, electronic coupling, and charge transfer (CT). Our findings revealed that the spectral redshift in B800 primarily arises from the protein electrostatic effect, whereas, in B850, it is influenced by both the electronic coupling and CT effects between the bacteriochlorophylls.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

電子カップリング計算に基づく吸収スペクトル計算法を開発し、この手法を用いてLH2の励起状態の解析を行った。本解析により、LH2の吸収スペクトルが電子カップリングやCTの効果によって大きく赤方シフトすることが定量的に明らかになった。先行研究でもこれらの効果の重要性が示唆されていたが、スペクトルシフト全体に対する各効果の寄与を定量的に議論したものは本研究が初めてである。同様の解析は他の系にも適用可能であり、今後さらなる発展が期待される。また、本研究ではタンパク質中の色素によるスペクトルチューニングの多様性を示すことにも成功した。ここで得られた知見は様々な分子系の光物性解析に活用される可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Molecular Mechanism of Spectral Tuning by Chloride Binding in Monkey Green Sensitive Visual Pigment2023

    • Author(s)
      Fujimoto Kazuhiro J.、Minowa Fumika、Nishina Michiya、Nakamura Shunta、Ohashi Sayaka、Katayama Kota、Kandori Hideki、Yanai Takeshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 14 Issue: 7 Pages: 1784-1793

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c03619

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Determination of FRET Orientation Factor between Artificial Fluorophore and Photosynthetic Light-Harvesting 2 Complex (LH2)2022

    • Author(s)
      Kazuhiro J. Fujimoto, Tomoya Miyashita, Takehisa Dewa, Takeshi Yanai
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 15091-15091

    • DOI

      10.1038/s41598-022-19375-2

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Machine-Learning- and Knowledge-Based Scoring Functions Incorporating Ligand and Protein Fingerprints2022

    • Author(s)
      Fujimoto Kazuhiro J.、Minami Shota、Yanai Takeshi
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 7 Issue: 22 Pages: 19030-19039

    • DOI

      10.1021/acsomega.2c02822

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Spectral Tuning Mechanism of Photosynthetic Light-Harvesting Complex II Revealed by <i>Ab Initio</i> Dimer Exciton Model2021

    • Author(s)
      Fujimoto Kazuhiro J.、Minoda Takumi、Yanai Takeshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Issue: 37 Pages: 10459-10470

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c04457

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electronic Couplings and Electrostatic Interactions Behind the Light Absorption of Retinal Proteins2021

    • Author(s)
      FUJIMOTO Kazuhiro J.
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 8 Pages: 752700-752700

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.752700

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 高精度電子カップリング計算で迫る生体分子系の光学特性2021

    • Author(s)
      藤本和宏
    • Journal Title

      化学と工業

      Volume: 74 Pages: 585-587

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  • [Journal Article] Excitonic coupling effect on the circular dichroism spectrum of sodium-pumping rhodopsin KR22020

    • Author(s)
      Fujimoto Kazuhiro J.、Inoue Keiichi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 153 Issue: 4 Pages: 045101-045101

    • DOI

      10.1063/5.0013642

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exciton-coupled circular dichroism-based glucose and galactose selective sensing in aqueous media with an anthracene-appended benzoxaborole dimer2020

    • Author(s)
      Kusano Shuhei、Ichikura Yuma、Fujimoto Kazuhiro J.、Konishi Sae、Yamada Yuji、Hayashida Osamu
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 49 Issue: 7 Pages: 764-767

    • DOI

      10.1246/cl.200244

    • NAID

      130007872577

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      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高精度電子カップリング計算で迫る生体分子系の光学特性2022

    • Author(s)
      藤本和宏
    • Organizer
      研究会「化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス」
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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