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in vivo detection and application to protein labeling of special bilins

Research Project

Project/Area Number 20K05701
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Matsui Toshitaka  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (90323120)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordsヘム / ビリン / 蛍光タンパク質 / テトラピロール / タンパク質ラベル化 / ヘム代謝 / 蛋白質ラベル化
Outline of Research at the Start

近年、特殊な生成物(特殊ビリン)を与える新たなヘム代謝反応が続々と発見されているが、高感度検出法が存在しないため、その生体内での挙動は不明である。本研究では、タンパク質工学的手法によって特殊ビリン選択的な蛍光タンパク質を開発し、新規ヘム代謝反応の生体内進行や基礎的な反応特性、さらには生理的意義の解明を目指す。また、特殊ビリンを選択的に結合する性質を利用し、新たなタンパク質ラベル化技術の開発にも取り組む。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we have elucidated unique reaction mechanisms of new-type heme-degrading enzymes, MhuD from Mycobacterium tuberculosis and IsdG from Staphylococcus aureus, both of which bind heme in highly distorted conformation. MhuD successively catalyzes mono- and di-oxygenation reactions in a single active site. This is the first discovery of the enzyme that fuses the two distinct reactions, leading to the produce the unique heme catabolites of MhuD. Contrary to previous reports, reaction analysis on IsdG reveals, that the MhuD-type reaction becomes dominant under normal reaction conditions. The HCHO release reported is enhanced by increasing reduction rates. This mechanism may be biologically relevant to regulate the HCHO biosynthesis in S. aureus. Furthermore, fluorogenic proteins that bind new heme catabolites as pigments have been developed mainly for their detection with high sensitivity.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

S置換型ビリンの選択的検出が可能な蛍光タンパク質の開発により、今後、生体内での挙動を解明する基盤技術が得られた。基質の立体的な歪みを利用し新たな酵素反応の機構には興味が持たれており、電子状態を含む詳細な酵素構造の解明や反応様式の確定は、今後の該当分野の研究進展に重要な知見を与えた。また、病原性細菌の増殖に重要な酵素反応における複数様式の発見は、新たな薬剤の開発が期待されるだけでなく、代謝物の直接決定の重要性も明らかにした。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Regulatory mechanism of formaldehyde release in heme degradation catalyzed by Staphylococcus aureus IsdG2023

    • Author(s)
      T. Matsui
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 299 Issue: 5 Pages: 104648-104648

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104648

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ヘム代謝の多様な分子機構2023

    • Author(s)
      松井 敏高
    • Journal Title

      Farumashia

      Volume: 59 Issue: 3 Pages: 196-200

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.59.3_196

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Organelle-Level Labile Zn<sup>2+</sup> Mapping Based on Targetable Fluorescent Sensors2022

    • Author(s)
      Liu Rong、Kowada Toshiyuki、Du Yuyin、Amagai Yuta、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      ACS Sensors

      Volume: 7 Issue: 3 Pages: 748-757

    • DOI

      10.1021/acssensors.1c02153

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optical Manipulation of Subcellular Protein Translocation Using a Photoactivatable Covalent Labeling System2021

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Arai Keisuke、Yoshimura Akimasa、Matsui Toshitaka、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 60 Issue: 20 Pages: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique Electronic Structures of the Highly Ruffled Hemes in Heme-Degrading Enzymes ofStaphylococcus aureus, IsdG and IsdI, by Resonance Raman and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopies2020

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Nambu Shusuke、Matsui Toshitaka、Fujii Hiroshi、Ishikawa Haruto、Mizutani Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Ikeda-Saito Masao
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Issue: 40 Pages: 3918-3928

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00731

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative Imaging of Labile Zn2+ in the Golgi Apparatus Using a Localizable Small-Molecule Fluorescent Probe2020

    • Author(s)
      Kowada Toshiyuki、Watanabe Tomomi、Amagai Yuta、Liu Rong、Yamada Momo、Takahashi Hiroto、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 27 Issue: 12 Pages: 1521-1531

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2020.09.003

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Mechanism of formaldehyde release in the heme degradation by IsdG from Staphylococcus aureus2022

    • Author(s)
      T. Matsui
    • Organizer
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 合成中間体を用いたヘム分解酵素の機能解明2021

    • Author(s)
      松井 敏高
    • Organizer
      令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞小器官内遊離Zn2+の濃度定量と動態観察を可能とする小分子蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      小和田俊行, 劉 熔, 杜 雨音, 松井敏高, 水上 進
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 共有結合型蛋白質ラベル化技術を利用した細胞内蛋白質二量化の光制御2021

    • Author(s)
      小和田俊行, 荒井啓介, 吉村彰真, 松井敏高, 菊地和也, 水上進
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Quantitative imaging of labile Zn2+ using organelle-localizable fluorescent probes2021

    • Author(s)
      Rong Liu, Toshiyuki Kowada, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Organizer
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Visualization and quantification of labile Zn2+ in the acidic subcellular compartments using a small-molecule fluorescent probe2021

    • Author(s)
      Yuyin Du, Rong Liu, 小和田 俊行, 松井 敏高, 門倉 広, 稲葉 謙次, 水上 進
    • Organizer
      第32回万有仙台シンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞小器官局在化蛍光プローブの開発と細胞内遊離亜鉛の定量イメージング2020

    • Author(s)
      小和田俊行, 渡邊朝美, 天貝佑太, 劉 熔, 山田 桃, 高橋泰人, 松井敏高, 稲葉謙次, 水上 進
    • Organizer
      第29回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] ケージド中間体を利用した2種のヘム分解酵素の機構解明2020

    • Author(s)
      松井敏高
    • Organizer
      令和二年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 光可逆的な蛋白質ラベル化を可能とするリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, SARKAR S. Himadri, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第31回万有仙台シンポジウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 標的タンパク質への親和性を光制御可能なフォトクロミックリガンドの開発2020

    • Author(s)
      間下 貴斗, 小和田 俊行, Himadri S. SARKAR, 高橋 泰人, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Quantitative Mapping of Organellar Labile Zn2+ via the Development of Hybrid Fluorescent Probes2020

    • Author(s)
      劉 熔, 小和田 俊行, 松井 敏高, 水上 進
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Book] ヘムタンパク質の科学2022

    • Author(s)
      城 宜嗣、青野 重利、齋藤 正男、松井 敏高、北川 禎三、島田 敦広、吉川 信也、當舎 武彦、増田 建、五十嵐 城太郎、松岡 有樹、藤山 敬介、永野 真吾、日野 智也、清水 透、柳澤 幸子、藤井 浩、村木 則文、青野 重利、牧野 龍、他
    • Total Pages
      472
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437787
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Book] ヘムタンパク質の科学2022

    • Author(s)
      松井敏高、齋藤正男
    • Total Pages
      9
    • Publisher
      (株)エヌ・ティー・エス
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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