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Regulation of acyl-CoA-related enzymes by enzymatically inactive enzyme homolog

Research Project

Project/Area Number 20K05804
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Yoshida Ayako  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90633686)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords代謝調節 / アシルCoA / 短鎖脂肪酸 / Thermus thermophilus / 機能未知酵素ホモログ / 酢酸応答 / 機能未知タンパク質 / 高度好熱菌
Outline of Research at the Start

アシルCoAは生物の様々な代謝反応の基質や中間体として働く重要な物質である。本研究では高度好熱菌における2つのアシルCoA代謝酵素について、酵素活性を持たない「機能未知酵素ホモログ」による調節に着目して研究を行う。アシルCoA代謝酵素の調節機構を遺伝生化学、構造生物学などを組み合わせて分子レベルで解明し、調節機構の生理的な役割をアシルCoAが関わる様々な代謝との関連性から明らかにすることを目的としている。

Outline of Final Research Achievements

Coenzyme A (CoA) is one of the most important coenzymes, and acyl-CoA is involved as a substrate or intermediate in various chemical reactions in vivo. Therefore, it is important to understand the functions and regulatory mechanisms of enzymes involved in acyl-CoA synthesis for the understanding of cellular metabolism. In this study, we found an interesting phenomenon in Thermus thermophilus, in which "enzymatically inactive enzyme homologues" are involved in the regulation of CoA transferases and acyl-CoA synthases, and investigated the regulatory mechanism of these enzymes using genetic biochemistry, molecular biology, and structural biology methods.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

アシルCoAはアミノ酸や脂肪酸をはじめとした様々な物質のビルディングブロックとして利用されるため、CoATやACSによるアシルCoAの生成は微生物を用いた様々な有用化合物生産においても重要な反応である。これら酵素の制御機構を理解することでより効率的な物質生産系に役立てることができると考えられる。
また、一見するとpseudogeneである酵素ホモログが、実は酵素活性調節や遺伝子発現調節において酵素活性とは別の機能をもつという点は、遺伝子配列からの機能予測の限界を超え、生体内の代謝反応の理解の発展に寄与するものと考えられる。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Mechanisms of Sugar Aminotransferase-like Enzymes to Synthesize Stereoisomers of Non-proteinogenic Amino Acids in Natural Product Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Kurosawa Sumire、Okamura Hironori、Yoshida Ayako、Tomita Takeo、Sone Yusuke、Hasebe Fumihito、Shinada Tetsuro、Takikawa Hirosato、Kosono Saori、Nishiyama Makoto
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 18 Issue: 2 Pages: 385-395

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00823

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A bacterial sulfoglycosidase highlights mucin O-glycan breakdown in the gut ecosystem2023

    • Author(s)
      Katoh T, Yamada C, Wallace M, Yoshida A, Gotoh A, Arai M, Maeshibu T, Kashima T, Hagenbeek A, Ojima MN, Takada H, Sakanaka M, Shimizu H, Nishiyama K, Ashida H, Hirose J, Suarez-Diez M, Nishiyama M, Kimura I, Stubbs KA, Fushinobu S, Katayama T
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: - Issue: 6 Pages: 778-789

    • DOI

      10.1038/s41589-023-01272-y

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Immune gene activation by NPR and TGA transcriptional regulators in the model monocot Brachypodium distachyon2022

    • Author(s)
      Shimizu K., Suzuki H., Uemura T., Nozawa A., Desaki Y., Hoshino R., Yoshida A., Abe H., Nishiyama M., Nishiyama C., Sawasaki T., Arimura G.
    • Journal Title

      Plant Journal

      Volume: 10 Issue: 2 Pages: 470-481

    • DOI

      10.1111/tpj.15681

    • Related Report
      2022 Annual Research Report 2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination2022

    • Author(s)
      Kurosawa, S., Hasebe, F., Okamura, H., Yoshida, A., Matsuda, K., Sone, Y., Tomita, T., Shinada, T., Takikawa, H., Kuzuyama, T., Kosono, S., Nishiyama, M.
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Issue: 35 Pages: 16164-16170

    • DOI

      10.1021/jacs.2c07243

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Soy and Arabidopsis receptor-like kinases respond to polysaccharide signals from Spodoptera species and mediate herbivore resistance2020

    • Author(s)
      Uemura Takuya、Hachisu Masakazu、Desaki Yoshitake、Ito Ayaka、Hoshino Ryosuke、Sano Yuka、Nozawa Akira、Mujiono Kadis、Galis Ivan、Yoshida Ayako、Nemoto Keiichirou、Miura Shigetoshi、Nishiyama Makoto、Nishiyama Chiharu、Horito Shigeomi、Sawasaki Tatsuya、Arimura Gen-ichiro
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Issue: 1 Pages: 224-224

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0959-4

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of a heterodimeric aminotransferase discovered in AmCP-containing biosynthetic gene cluster from Serratia sp. ATCC 390062023

    • Author(s)
      Heru Pramono, Yuki Hirashima, Koshiro Kikuchi, Ayako Yoshida, Yusuke Sone, Saori Kosono, Makoto Nishiyama
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 高度好熱菌Thermus thermophilusのリジン生合成におけるタンパク質間相互作用に関する研究2023

    • Author(s)
      森田 裕太郎、志村 諒、吉田 彩子、森脇 由隆、富田 武郎、寺田 透、清水 謙多郎、古園 さおり、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Substrate specificity and evolution of lysine biosynthetic enzymes in Thermus thermophilus2023

    • Author(s)
      Wenyuan Shi, Ayako Yoshida, Saori Kosono, Makoto Nishiyama
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
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  • [Presentation] 放線菌Streptomyces lydicus ATCC 25470 におけるアミノ基キャリア質を介して生産される新規二次代謝産物とその生合成に関する研究2023

    • Author(s)
      林 勇太、曽根 祐輔、吉田 彩子、古園 さおり、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質間相互作用を介したCoA転移酵素の新規調節機構の解明2022

    • Author(s)
      吉田彩子
    • Organizer
      第22回 酵素応用シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 機能未知代謝酵素ホモログが関与する短鎖アシルCoA代謝調節機構2022

    • Author(s)
      吉田彩子、西山真
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
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      2022 Annual Research Report 2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質間相互作用を介したCoA転移酵素の新規調節機構の解明2021

    • Author(s)
      吉田彩子
    • Organizer
      第22回 酵素応用シンポジウム
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      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Function and regulation of acyl-CoA synthetases from Thermus thermophilus2021

    • Author(s)
      Ayako Yoshida, Makoto Nishiyama
    • Organizer
      2nd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高度好熱菌由来CoA transferaseの制御タンパク質の構造機能解析2021

    • Author(s)
      吉田彩子、山本寛之、富田武郎、西山真
    • Organizer
      2020年度量子ビームサイエンスフェスタ
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 高度好熱菌Thermus thermophilus HB27における短鎖アシルCoA合成酵素ホモログの構造機能解析2021

    • Author(s)
      高島慶一郎、吉田彩子、富田武郎、葛山智久、古園さおり、西山真
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Remarks] 東京大学大学院農学生命科学研究科アグロバイオテクノロジー研究センター細胞機能工学研究室ホームページ

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/cbt/index.html

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  • [Remarks] 東京大学大学院農学生命科学研究科附属アグロバイオテクノロジー研究センター細胞機能工学研究室

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/cbt/

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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