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時分割X線結晶構造解析によるアクチンATP加水分解反応の活写

Research Project

Project/Area Number 20K06522
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

武田 修一  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 特任助教 (50509081)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywordsアクチン / ATP加水分解 / X線結晶構造解析 / 細胞骨格 / 時分割結晶構造解析
Outline of Research at the Start

アデノシン3リン酸 (ATP) は生体で最も普遍的なエネルギー貯蔵分子であり、その加水分解機構を原子構造レベルで理解することは極めて重要な課題である。真核生物の細胞骨格タンパク質アクチンは、繊維体への重合に伴い結合ATPを加水分解することで、ダイナミックな性質を示す。本研究では結晶中におけるアクチンATP加水分解を時分割X線構造解析で捉え、その反応過程を活写することを目標とする。

Outline of Annual Research Achievements

アクチン繊維は、ATP加水分解によってダイナミックに重合・脱重合を繰り返すことで、細胞運動の駆動力を産む。繊維中のアクチン分子は単量体(globular: G型)とは異なるF(filament)型コンフォメーションを取り(Oda, Nature, 2009)、ATP加水分解はF型アクチンのみで起こる。近年のクライオ電子顕微鏡技術の発展によって、3.1オングストローム分解能のアクチン繊維構造が報告されている(Merino, Nat Struct Mol Biol, 2018; Chou, PNAS, 2019)。しかしこれらの“近原子分解能”構造では、加水分解反応の肝である水分子は同定できない。タンパク質中の水分子位置の判別にはX線結晶構造解析が適しているが、その不定長の繊維に会合する性質ゆえ、これまでアクチン繊維の単結晶化は不可能であった。申請者は最近アクチン結合タンパク質との共結晶化によって、F型アクチンの高分解能結晶構造を決定することに成功した。本研究ではこの系を用いて、時分割X線結晶構造解析法によってアクチンATP加水分解を結晶中で捉えることを最終目標とする。ATPは生体内で最も普遍的に利用されているエネルギー通貨であり、その加水分解反応機構の解明はアクチン研究分野に留まらず、物質代謝や核酸合成など、細胞内で起こるATPをエネルギー源とする化学反応全般を理解する上で非常に重要である。また、F型アクチンシステムを利用して、アクチンATP加水分解反応に関して幅広い知見を得ることも目的とする。本年度はカルシウムイオンを配位したF型アクチンの結晶構造解析を試みた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本年度においては細胞内に豊富に存在するマグネシウムイオンではなく、カルシウムイオンを配位したアクチンの結晶構造解析を行なったところ、興味深い構造変化が観察された。

Strategy for Future Research Activity

今後の目標として、異なるカチオン配位アクチン構造の同定を試み、さらにアクチン結晶中でのATP加水分解反応を経時的に観察する試みにも挑む予定である。

Report

(4 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Mutagenic analysis of actin reveals the mechanism of His161 flipping that triggers ATP hydrolysis2023

    • Author(s)
      Iwasa Mitsusada、Takeda Shuichi、Narita Akihiro、Ma?da Yuichiro、Oda Toshiro
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 11 Pages: 1105460-1105460

    • DOI

      10.3389/fcell.2023.1105460

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and biochemical evidence for the emergence of a calcium-regulated actin cytoskeleton prior to eukaryogenesis2022

    • Author(s)
      Akil Caner、Tran Linh T.、Orhant-Prioux Magali、Baskaran Yohendran、Senju Yosuke、Takeda Shuichi、Chotchuang Phatcharin、Muengsaen Duangkamon、Schulte Albert、Manser Edward、Blanchoin Laurent、Robinson Robert C.
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 890-890

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03783-1

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis2022

    • Author(s)
      Kanematsu Yusuke、Narita Akihiro、Oda Toshiro、Koike Ryotaro、Ota Motonori、Takano Yu、Moritsugu Kei、Fujiwara Ikuko、Tanaka Kotaro、Komatsu Hideyuki、Nagae Takayuki、Watanabe Nobuhisa、Iwasa Mitsusada、Ma?da Yuichiro、Takeda Shuichi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 43

    • DOI

      10.1073/pnas.2122641119

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Crystal structure of human V-1 in the apo form2021

    • Author(s)
      Shuichi Takeda, Ryotaro Koike, Takayuki Nagae, Ikuko Fujiwara, Akihiro Narita, Yuichiro Maeda, Motonori Ota
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      Volume: 77 Issue: 1 Pages: 13-21

    • DOI

      10.1107/s2053230x20016829

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural insights into the regulation of actin capping protein by twinfilin C-terminal tail2021

    • Author(s)
      Shuichi Takeda, Ryotaro Koike, Ikuko Fujiwara, Akihiro Narita, Makoto Miyata, Motonori Ota and Yuichiro Maeda
    • Journal Title

      J Mol Biol

      Volume: 433 Issue: 9 Pages: 166891-166891

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2021.166891

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] BL2S1で明らかとなった細胞骨格タンパク質アクチンの高精細構造2024

    • Author(s)
      武田修一
    • Organizer
      第12回名古屋大学シンクロトロン光研究センターシンポジウム
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ゲルゾリンタンパク質フラグミンによるアクチン繊維切断機構2024

    • Author(s)
      武田修一, Linh T. Tran, 小田俊郎, 渡邉信久, 永江峰幸, 藤原郁子, Robert C. Robinson, 成田哲博, 前田雄一郎
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議 2024
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] F型アクチン結晶構造解析から明らかとなったATP加水分解機構2022

    • Author(s)
      4.兼松 佑典, 成田 哲博, 小田 俊郎, 小池 亮太郎,  太田 元規, 鷹野 優, 森次 圭, 藤原 郁子, 田中 康太郎, 小松 英幸, 永江 峰幸, 渡邉 信久, 岩佐 充貞, 前田 雄一郎, 武田 修一
    • Organizer
      令和4年(2022年)度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] X線小角散乱および単結晶解析で探るアクチン繊維切断タンパク質フラグミンの作用機序2022

    • Author(s)
      武田修一, 杉本泰信, 小田俊郎
    • Organizer
      第10回名古屋大学シンクロトロン光研究センターシンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ツインフィリン C末端尾部によるアクチンキャッピングタンパク質制御機構2022

    • Author(s)
      武田 修一, 小池 亮太郎, 藤原 郁子, 成田 哲博, 宮田 真人, 太田元規, 前田 雄一郎
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議2022
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] ツインフィリン C末端尾部によるアクチンキャッピングタンパク質制御機構2021

    • Author(s)
      武田 修一, 小池 亮太郎, 藤原 郁子, 成田 哲博, 宮田 真人, 太田元規, 前田 雄一郎
    • Organizer
      令和3年度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-12-25  

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