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放射光と中性子の連携利用による電子伝達タンパク質の精密構造解析

Research Project

Project/Area Number 20K06523
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

三木 邦夫  京都大学, 理学研究科, 名誉教授 (10116105)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581)
玉田 太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (50391248)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2020: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Keywords電子伝達タンパク質 / 精密構造解析 / 中性子線回折 / 放射光X線回折 / 電荷密度解析
Outline of Research at the Start

タンパク質の反応メカニズムをその電子構造にもとづいて理解することを目的として,放射光と中性子線を連携利用した電子伝達タンパク質の高分解能精密構造解析を行い,その方法論の確立と汎用化を目指す.光合成電子伝達系や肝ミクロソーム電子伝達系ではたらくタンパク質を対象に,タンパク質の機能に直結する電子構造を明らかにする構造解析技術を確立して,それぞれのタンパク質が担う化学反応の直接的な理解を深める.

Outline of Annual Research Achievements

電子伝達タンパク質を対象に,放射光X線と中性子線の併用によって,両者の特徴を活かして融合させた高分解能・高精度の精密構造解析を行い,それぞれのタンパク質での電子伝達機構に直接かかわる水素原子や外殻電子の挙動を明らかにすることを目指した.
光合成細菌で反応中心複合体への電子伝達を担う高電位鉄イオウタンパク質(HiPIP)については,これまで得られた中性子回折データを用いた精密化を行った.構造精密化プログラム,SHELXLを用いて水素原子を含めた構造精密化を行い,0.9A分解能の中性子構造を明らかにした.また,同一結晶を用いて,SPring-8のBL41XUにおいて波長0.35AでのX線回折データ測定を行い,0.56A分解能のX線データの取得に成功した.これらの結果,タンパク質中の水素原子の分極を明らかにして,このタンパク質の重要な機能である酸化還元反応の新たな側面を理解することが可能になった.
肝ミクロソームの電子伝達系ではたらくNADH-シトクロムb5還元酵素(b5R)については,論文作成に向けて酸化還元タンパク質におけるヒドリドおよびプロトン移動反応について研究動向を調査し,b5Rにおける移動反応に重要な立体構造の要因を検証した.また,b5Rの電子伝達パートナーであるシトクロムb5については,酸化型の良質な大型結晶を得ることに成功し,研究用原子炉JRR-3における中性子回折実験を行い,1.8A分解能の回折点を確認することができた.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

コロナ禍の影響による当初計画からの遅れは,回折データ測定などについて,研究計画の実施方法の修正なども行った結果,概ね取り戻すことができた.

Strategy for Future Research Activity

当初の研究計画を遂行して,研究目的を達成できるよう,実験内容の修正,調整も行って,円滑に研究を推進する.

Report

(4 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis2022

    • Author(s)
      Hanazono Yuya、Hirano Yu、Takeda Kazuki、Kusaka Katsuhiro、Tamada Taro、Miki Kunio
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Issue: 20 Pages: 2276-2276

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn2276

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Revisiting the Concept of Peptide Bond Planarity in an Iron-sulfur Protein by Neutron Structure Analysis2022

    • Author(s)
      Y. Hanazono, Y. Hirano, K. Takeda, K. Kusaka, T. Tamada, and K. Miki
    • Journal Title

      Sci. Adv. (掲載確定)

      Volume: 8

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ペプチド結合の非平面性の解明:高分解能中性子結晶構造解析による新視点2024

    • Author(s)
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ,第15回MLFシンポジウム,第41回PFシンポジウム(茨城県水戸市,水戸市民会館)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Crystallographic Study of Primary Processes of Bacterial Photosynthesis2023

    • Author(s)
      K. Miki
    • Organizer
      Symposium: Membrane Proteins and More (Max Planck Institute of Biophysics, Frankfurt am Main, Germany)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Fine structure analysis of protein: Unraveling molecular details through ultra-high-resolution X-ray and neutron crystallography2023

    • Author(s)
      Y. Hanazono, Y. Hirano, N. Ito, T. Tamada, and K. Miki
    • Organizer
      The 18th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences - Molecular Homeostasis and Intractable Diseases (Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 還元型NADH-シトクロムb5還元酵素の結晶構造解析2023

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      日本結晶学会2023年度年会(山口県宇部市,宇部市文化会館・山口大学常盤キャンパス)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能立体構造解析から得られたタンパク質中のペプチド結合における新しい描像2022

    • Author(s)
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      量子生命科学会第4回大会(神戸市東灘区,神戸大学百年記念館六甲ホール/ハイブリッド開催)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能中性子構造解析により明らかになるペプチド結合の非平面性2022

    • Author(s)
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会(つくば市,筑波国際会議場/ハイブリッド開催)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能中性子構造解析によるペプチド結合の平面性の再検討2022

    • Author(s)
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会(函館市,函館アリーナ/函館市民会館)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能中性子結晶構造解析によるペプチド結合平面性の再検証2022

    • Author(s)
      平野 優,花園祐矢,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      第22回日本中性子科学会年会(千葉市美浜区,幕張メッセ国際会議場)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能中性子構造から明らかになったペプチド結合の非平面性2022

    • Author(s)
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • Organizer
      日本結晶学会2022年度年会(西宮市,関西学院大学西宮上ケ原キャンパス)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] NADH-シトクロムb5還元酵素反応系における高精度立体構造解析の現状2021

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      量子生命科学会第3回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 蛋白質科学/構造生物学/蛋白質結晶学の20年2021

    • Author(s)
      三木邦夫
    • Organizer
      日本蛋白質科学会創立20周年記念シンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] NADH-シトクロムb5還元酵素反応系の結晶構造解析2021

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] High-resolution structure of an electron-transfer protein by neutron crystallography2021

    • Author(s)
      Y. Hanazono, Y. Hirano, K. Takeda, K. Kusaka T. Tamada, and K. Miki
    • Organizer
      The 4th International Forum on Quantum Metrology and Sensing (IFQMS), a joint-program with the International Symposium on Quantum Science, Technology and Innovation (Quantum Innovation 2021)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-resolution Structure Analysis of NADH-Cytochrome b5 Reductase2020

    • Author(s)
      Y. Hirano, K. Kurihara, K. Kusaka, A. Ostermann, S. Kimura, K. Miki, T. Tamada
    • Organizer
      第20回日本蛋白質科学会年会(札幌市,オンライン開催)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 高分解能立体構造解析で迫る酸化還元酵素の反応機構2020

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      第93回日本生化学会大会(オンライン開催)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] NADHシトクロムb5還元酵素の結晶構造解析2020

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      日本結晶学会2020年度年会(つくば市,オンライン開催)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 量子構造生物学の創成を目指した酸化還元タンパク質の高精度立体構造解析2020

    • Author(s)
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • Organizer
      量子生命科学会第2回大会(オンライン開催)
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-12-25  

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