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Elucidating relationship between entire community dynamics and pairwise interactions through comprehensive experiments in synthetic ecosystems

Research Project

Project/Area Number 20K06825
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 45040:Ecology and environment-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research (2021-2023)
Osaka University (2020)

Principal Investigator

Hosoda Kazufumi  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 客員研究員 (30515565)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2022: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords実験生態系 / 人工生態系 / 生物群集 / 種間相互作用 / 微生物 / 適応
Outline of Research at the Start

生態系における生物群集は、しばしば2種間相互作用の総和として理解される。しかし各2種間が全てわかれば群集全体がわかるというわけではない。では全ての2種間がわかれば、どれだけ全体が予測できるのか?逆に全体からは、どれだけ2種間が予測できるのか?
本研究では、微生物による人工生態系を用いて「群集全体と各2種間総和の関係」を解明する。具体的には、微生物12種を混合した人工生態系をつくる。一方で、単種および2種の全組み合わせを調べて全種と比較し、これらの関係を明らかにする。本研究の解明により「各生物種の生態」と「群集や生態系」がより強くつながれば、生態学のさらなる発展促進が期待される。

Outline of Final Research Achievements

We found that information on the dynamics of single and pairwise species interactions is often insufficient to predict the dynamics of entire species communities. This indicates that even in simple synthetic ecosystems, nonlinear relationships involving three or more species were present. Furthermore, probabilistic dynamics caused by discreteness and adaptation were also observed. In hindsight, the dynamics of single, pairwise, and entire species systems could be coherently explained using a single mathematical model. On the other hand, regarding the stability of stabilized ecosystems, it was discovered that predictions could be made based solely on the presence of species, without needing information on population numbers or dynamics. This result differs from microbial experimental ecosystems without predation and is instead similar to natural wetland ecosystems. These results in our synthetic ecosystems will likely contribute to a better understanding of more general ecosystems.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

生態系サービスの劣化が顕著な今、各個体群と生態系全体を同時に捉えてその関係を理解することは、人類にとって急務です。本研究では人工生態系について、この関係を解明しました。またそれだけでなく、生態系の安定性に関して、粗いマクロな指標として複数の多様性指標を比較し、最もシンプルな種数という多様性指標の有効性を示しました。これらの結果は自然生態系に直接適用できるわけではないでしょう。しかし、数理モデルよりも現実的であり、かつ、多くの実験生態系よりもデザイン性と多様性に優れ、圧倒的にハイスループットである本研究の人工生態系は、理論的理解と自然生態系のシームレスな橋渡しに大きく貢献するでしょう。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 9 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Synthetic model ecosystem of 12 cryopreservable microbial species allowing for a noninvasive approach2024

    • Author(s)
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Murakami Naomi、Matsuda Hideo、Osada Yutaka、Kamiura Rikuto、Kondoh Michio
    • Journal Title

      Biosystems

      Volume: 235 Pages: 105087-105087

    • DOI

      10.1016/j.biosystems.2023.105087

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Biodiversity and Constrained Information Dynamics in Ecosystems: A Framework for Living Systems2023

    • Author(s)
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Kamiura Rikuto、Murakami Naomi、Kondoh Michio
    • Journal Title

      Entropy

      Volume: 25 Issue: 12 Pages: 1624-1624

    • DOI

      10.3390/e25121624

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthetic symbiosis between a cyanobacterium and a ciliate toward novel chloroplast-like endosymbiosis2023

    • Author(s)
      Yuki Azuma, Saburo Tsuru, Masumi Habuchi, Risa Takami, Sotaro Takano, Kayo Yamamoto & Kazufumi Hosoda
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 6104-6104

    • DOI

      10.1038/s41598-023-33321-w

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A model ecosystem of twelve cryopreservable microbial species allowing for a non-invasive approach2020

    • Author(s)
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Murakami Naomi、Matsuda Hideo、Osada Yutaka、Kondoh Michio
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 2020.10.23.351742 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1101/2020.10.23.351742

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Open Access
  • [Presentation] 生命とは何か、何がわかれば嬉しいのだろうか:人工細胞、人工生態系、人工知能を例に2023

    • Author(s)
      細田 一史
    • Organizer
      第16回生物学基礎論研究会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Perspectives on ecosystems as biofluids2021

    • Author(s)
      Kazufumi Hosoda
    • Organizer
      Biofluids 2021
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A high-throughput synthetic microbial ecosystem: stochastic community dynamics, inter-ecosystem interactions, predictions and controls2021

    • Author(s)
      Kazufumi Hosoda
    • Organizer
      Symposium of Ecological Society of Japan Kanto Branch
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] モデル生態系として人工的に設計された微生物群集2021

    • Author(s)
      細田 一史, 村上 なおみ, 瀬尾 茂人, 長田 穣, 松田 秀雄, 近藤 倫生, 古澤 力
    • Organizer
      京都大学生態学研究センターワークショップ:微生物を軸とした群集構造研究の統合とさらなる展開
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 無数の実験生態系から生命の法則を探る2021

    • Author(s)
      細田 一史
    • Organizer
      脳情報通信融合研究センターBFIセミナー
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 無数の小世界をつくって生命の法則にたどり着きたい2020

    • Author(s)
      細田 一史
    • Organizer
      京都大学MACSセミナー
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 1万を超える人工生態系により生態系と生命の謎に迫る2020

    • Author(s)
      細田 一史
    • Organizer
      生態研セミナー
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 生物進化と生態系変化の制約にモデル人工生態系で迫る2020

    • Author(s)
      細田 一史, 村上 なおみ, 瀬尾 茂人, 長田 穣, 松田 秀雄, 近藤 倫生, 古澤 力
    • Organizer
      日本進化学会第22回オンライン大会企画シンポジウム「システム頑健性と進化可能性」
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 今や簡単に家管理、ラボ管理、実験機器連携が低コストかつ思いつきで自動化できる2020

    • Author(s)
      細田 一史
    • Organizer
      Laboratory Automation勉強会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] 生体の科学、特集「生物物理学の進歩―生命現象の定量的理解へ向けて」、人工生態系の生物物理2021

    • Author(s)
      細田一史
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      医学書院
    • Related Report
      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
  • [Book] システム/制御/情報、「複雑ネットワーク研究の最前線特集号」、生命システムにおける複雑ネットワークとその制御2021

    • Author(s)
      細田一史, 瀬尾茂人
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      一般社団法人 システム制御情報学会
    • Related Report
      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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