| Project/Area Number |
20K07907
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 52020:Neurology-related
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
|
|---|
| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
|
| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
|
| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
|
|---|
| Keywords | ロングリードシーケンサー / 神経筋疾患 / 脊髄小脳変性症 / リピート伸長病 / CANVAS / RFC1 / ナノポアシーケンス / ターゲットロングリードシーケンス法 / ロングリード解析 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
ヒト疾患ゲノム研究は、ショートリードシーケンサーの実用化と全エクソーム解析の普及で進歩を遂げたが、その疾患責任変異同定率は、全体として30%前後で頭打ちになっており、遺伝学的背景が疑われる患者の半数以上は原因未同定に終わる。本研究は、ショートリードシーケンサーの“次の世代”と位置付けられるロングリードシーケンサーを用いて、ショートリードシーケンサーの弱点を補完する全ゲノム解析系を構築し、全エクソーム解析で未解決の神経筋疾患症例の遺伝学的原因を同定することを目的とする。またその分子病態の解明や、新たな診断法の確立を目指し、治療法の開発に貢献する。
|
| Outline of Final Research Achievements |
In 16 patients with Cerebellar ataxia, neuropathy, vestibular areflexia syndrome (CANVAS), we identified either ACAGG expansions (ACAGG homozygotes), AAGGG expansions (AAGGG homozygotes), or ACAGG and AAGGG expansions (ACAGG/AAGGG compound heterozygotes), by long-read sequencing of repetitive region in RFC1 gene at nucleotide level of resolution and reported the repeat conformation heterogeneity in CANVAS [Miyatake et al., Brain. 2022]. We also developed a rapid and comprehensive diagnostic method for repeat expansion diseases using a long-read sequencer to improve currently available, low throughput diagnostic methods [Miyatake et al., npj Genom. Med. 2022].
|
| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
①は、ロングリードシーケンサーを用いて、リピート配列の全長を解読できたことが既存のゲノム手法の限界を打ち破る新たな学術的意義である。また配列パターンの組み合わせと臨床症状の関連を示唆する知見が得られたことは、疾患の病態解明の手掛かりになると考えている。
②は、ナノポアシーケンサーのターゲットロングリードシーケンス法を利用したもので、従来のゲノム手法ではスクリーニングが困難であったリピート伸長病の簡便・迅速・正確な診断が可能となったことが有意義であり、臨床診療の診断精度向上に貢献できると考えている。
|
