Project/Area Number |
20K08716
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 54010:Hematology and medical oncology-related
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Research Institution | Fukushima Medical University |
Principal Investigator |
森 努 福島県立医科大学, 看護学部, 准教授 (60244373)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
合山 進 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (80431849)
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Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2021)
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Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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Keywords | 造血器腫瘍 / システム生物学 / ab initio遺伝子軌道法 / long non-coding RNA / ゲノム編集 |
Outline of Research at the Start |
Long non-coding RNA (lncRNA)は極めて数多いが,その機能はほとんど不明である。本研究は情報物理学と血液学の異分野協力により,血液細胞でのlncRNA機能を統合的に解析する。①研究代表者の森は,独自開発したab initio遺伝子軌道法を用い,ネットワーク情報を指標にlncRNAの包括的機能計算を行う。②研究分担者の合山は,スプライス・サイトを標的としたゲノム編集技術を用い,白血病細胞におけるlncRNAの網羅的機能解析を行う。本研究は独自性の高い研究であり,その成果は今後のlncRNA研究の指標となり,lncRNAを標的とした白血病治療開発の基盤となると期待される。
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Outline of Annual Research Achievements |
白血病の病態で重要な役割を持つlncRNAを同定する目的で,informaticな解析を実行してきた。TCGAに登録された18種の癌種で公開されている全てのmRNAとncRNAの情報をダウンロードし,そこからRNAの発現レベルと,DNAメチル化情報を抽出した。本年度までに,DNAメチル化情報の利用法の開発に成功し,最終的に合計19,198遺伝子についての計算が終了した。 私たちは得られた計算結果と,合山の行った実験結果との照らし合わせを進めてきた。その結果,エピジェネティック制御遺伝子の機能計算に成功したことが判明した。またこの過程で,他の疾患関連遺伝子の同定にも成功したことから,薬剤標的性に関する特許を申請するために準備を開始した段階である。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計算法の構築に成功し,得られた計算結果と実験データが符合する例が確認されたため。
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Strategy for Future Research Activity |
ab initio遺伝子軌道法の計算を,2つの方向から進めてきた。①mRNA+lncRNA計算と,②mRNA+mutation+DNA copy number計算。①と②は,それぞれlncRNAと通常遺伝子のmRNAの機能計算を個別に計算を終了した。さらに①②のデータ統合を進めた結果,各々の計算法には特徴があることが判明した。さらに両方の計算結果を組み合わせることで,wet実験の結果との整合性が得られた。白血病細胞を用いた合山の検討結果との照合結果については,特許との絡みがあるため,最終報告は申請後となる見込みである。
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