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びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の臨床検体シーケンスによる腫瘍内不均一性の解明

Research Project

Project/Area Number 20K08725
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 54010:Hematology and medical oncology-related
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

日下部 学  筑波大学, 医学医療系, 講師 (40804381)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords悪性リンパ腫 / びまん性大細胞型B細胞リンパ腫 / シーケンス / 腫瘍内不均一性 / 次世代シーケンス
Outline of Research at the Start

びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)は本邦において最も頻度の高い悪性リンパ腫である。DLBCLは近年の網羅的なゲノム解析の結果、その遺伝子変異は疾患群全体で非常に多様であることが明らかとなり、単一検体中にも複数の遺伝子変異を認める。一方、乳癌などにおいて、単一腫瘍検体中に複数の腫瘍クローンが存在する、腫瘍内不均一性(ITH)が示唆されている。しかしながら、DLBCLにおけるITHと予後、臨床像との関連については不明である。そこで本研究ではDLBCLにおけるITHの有無を標的シーケンス法により判定し、その予後と臨床像との関係を明らかし、新たな治療戦略を確立することを目的とする。

Outline of Annual Research Achievements

筑波大学附属病院(以下当院)血液内科診療データベースより、当院にて診断目的にリンパ節生検が行われ、かつ、病理組織診断がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL)と診断のついた症例を収集した。2015年5月から2020年12月までに診断された約200例のうち、新鮮検体より抽出したDNAが利用可能な症例は約80例であった。これらの症例の残余DNAは再利用可能な状態で当院検査部遺伝子検査室に保存されていることを確認した。それぞれの症例についてリンパ節生検での組織型、化学療法の有無、化学療法への反応性、生命予後などの臨床情報を収集した。また、病理組織診断目的に保存されているFFPE標本からのゲノムDNAを抽出する方法を確立した。検体固定からDNA抽出まで2年以上経過したFFPE標本から抽出したDNAの品質を確認すると、DNAの品質を示すDNA integrity number (DIN)は2以下であることも多く、シーケンスには適さないことがわかった。シーケンスライブラリの作製のため、標的遺伝子ごとにプライマーを設計し、コントロールDNAにてそのプライマーがワークすることを確認した。並行してパイロットサンプル、データにおいてはfastqファイルを材料として東京大学医科学研究所宮野悟研究室にて開発されたGenomon pipelineを用い、適切に運用できることを確認できた。

Report

(2 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Early administration of cyclosporine may reduce the incidence of cytokine release syndrome after HLA-haploidentical hematopoietic stem-cell transplantation with post-transplant cyclophosphamide2021

    • Author(s)
      Kurita Naoki、Sakamoto Tatsuhiro、Kato Takayasu、Kusakabe Manabu、Yokoyama Yasuhisa、Nishikii Hidekazu、Sakata-Yanagimoto Mamiko、Obara Naoshi、Hasegawa Yuichi、Chiba Shigeru
    • Journal Title

      Annals of Hematology

      Volume: 100 Issue: 5 Pages: 1295-1301

    • DOI

      10.1007/s00277-021-04439-6

    • Related Report
      2021 Annual Research Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Retrospective analyses of other iatrogenic immunodeficiency‐associated lymphoproliferative disorders in patients with rheumatic diseases2021

    • Author(s)
      Kaji D、Kusakabe M、Sakata‐Yanagimoto M、Makishima K、Suehara Y、Hattori K、Ota Y、Mitsuki T、Yuasa M、Kageyama K、Taya Y、Nishida A、Ishiwata K、Takagi S、Yamamoto H、Asano‐Mori Y、Ubara Y、Izutsu K、Uchida N、Wake A、Taniguchi S、Yamamoto G、Chiba S
    • Journal Title

      British Journal of Haematology

      Volume: 195 Issue: 4 Pages: 585-594

    • DOI

      10.1111/bjh.17824

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Intratumor heterogeneity of lymphoma identified by multiregion sequencing of autopsy samples2021

    • Author(s)
      Makishima Kenichi、Suehara Yasuhito、Abe Yoshiaki、Hattori Keiichiro、Kusakabe Manabu、Matsuoka Ryota、Chiba Shigeru、Sakata‐Yanagimoto Mamiko
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: - Issue: 1 Pages: 362-364

    • DOI

      10.1111/cas.15178

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular pathogenesis of progression to myeloid leukemia from TET-insufficient status.2020

    • Author(s)
      Shrestha R, Sakata-Yanagimoto M, Maie K, Oshima M, Ishihara M, Suehara Y, Fukumoto K,1 Nakajima-Takagi Y, Matsui H, Kato T, Muto H, Sakamoto T, Kusakabe M, Nannya Y, Makishima H, Ueno H, Saiki R, Ogawa S, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Mouly E, Bernard OA, Inaba T, Koseki H, Iwama A, Chiba S
    • Journal Title

      Blood Adv.

      Volume: 4(5) Issue: 5 Pages: 845-854

    • DOI

      10.1182/bloodadvances.2019001324

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] The prognosis for OIIA-LPD was favorable regardless of response to immunosuppressant withdrawal2020

    • Author(s)
      Manabu Kusakabe, Daisuke Kaji,Mamiko Sakata-Yanagimoto,Yasuhito Suehara,Keiichiro Hattori,Yasunori Ota,Mitsuhiro Yuasa,Kosei Kageyama,Yuki Taya,Shinsuke Takagi,Hisashi Yamamoto,Yuki Mori,Naoyuki Uchida,Atsushi Wake,Shuichi Taniguchi,Go Yamamoto,Shigeru Chiba
    • Organizer
      第82回 日本血液学会学術集会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2022-12-28  

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