びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の臨床検体シーケンスによる腫瘍内不均一性の解明
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20K08725
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 54010:Hematology and medical oncology-related
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
日下部 学 筑波大学, 医学医療系, 講師 (40804381)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | 悪性リンパ腫 / びまん性大細胞型B細胞リンパ腫 / シーケンス / 腫瘍内不均一性 / 次世代シーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)は本邦において最も頻度の高い悪性リンパ腫である。DLBCLは近年の網羅的なゲノム解析の結果、その遺伝子変異は疾患群全体で非常に多様であることが明らかとなり、単一検体中にも複数の遺伝子変異を認める。一方、乳癌などにおいて、単一腫瘍検体中に複数の腫瘍クローンが存在する、腫瘍内不均一性(ITH)が示唆されている。しかしながら、DLBCLにおけるITHと予後、臨床像との関連については不明である。そこで本研究ではDLBCLにおけるITHの有無を標的シーケンス法により判定し、その予後と臨床像との関係を明らかし、新たな治療戦略を確立することを目的とする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
筑波大学附属病院(以下当院)血液内科診療データベースより、当院にて診断目的にリンパ節生検が行われ、かつ、病理組織診断がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫(Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL)と診断のついた症例を収集した。2015年5月から2020年12月までに診断された約200例のうち、新鮮検体より抽出したDNAが利用可能な症例は約80例であった。これらの症例の残余DNAは再利用可能な状態で当院検査部遺伝子検査室に保存されていることを確認した。それぞれの症例についてリンパ節生検での組織型、化学療法の有無、化学療法への反応性、生命予後などの臨床情報を収集した。また、病理組織診断目的に保存されているFFPE標本からのゲノムDNAを抽出する方法を確立した。検体固定からDNA抽出まで2年以上経過したFFPE標本から抽出したDNAの品質を確認すると、DNAの品質を示すDNA integrity number (DIN)は2以下であることも多く、シーケンスには適さないことがわかった。シーケンスライブラリの作製のため、標的遺伝子ごとにプライマーを設計し、コントロールDNAにてそのプライマーがワークすることを確認した。並行してパイロットサンプル、データにおいてはfastqファイルを材料として東京大学医科学研究所宮野悟研究室にて開発されたGenomon pipelineを用い、適切に運用できることを確認できた。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Molecular pathogenesis of progression to myeloid leukemia from TET-insufficient status.2020
Author(s)
Shrestha R, Sakata-Yanagimoto M, Maie K, Oshima M, Ishihara M, Suehara Y, Fukumoto K,1 Nakajima-Takagi Y, Matsui H, Kato T, Muto H, Sakamoto T, Kusakabe M, Nannya Y, Makishima H, Ueno H, Saiki R, Ogawa S, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Mouly E, Bernard OA, Inaba T, Koseki H, Iwama A, Chiba S
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Journal Title
Blood Adv.
Volume: 4(5)
Issue: 5
Pages: 845-854
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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