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RNAseq analysis for Curebest 95GC

Research Project

Project/Area Number 20K08926
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 55010:General surgery and pediatric surgery-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

Naoi Yasuto  大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい教授 (30646211)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
KeywordsRNA sequence / マイクロアレイ / Curebest 95GC / 乳癌 / 多遺伝子診断法 / 網羅的遺伝子発現解析 / 多重遺伝子診断法
Outline of Research at the Start

乳癌の再発予測法の開発は臨床現場のニーズが高い。我々は再発予測精度が高い多重遺伝子診断法として、マイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法95GC(製品名 Curebest 95GC)を開発した。現在、国内112病院施設にて採用されている。
しかしながら本法では旧来のマイクロアレイ法を用いるため、遺伝子発現情報しか得られないことが将来の発展の妨げになっている。
そこで本研究の目的は、Curebest 95GCをRNA-Seqでも解析可能なようにして、発現情報のみならず融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる新たな検査法として改良することである。

Outline of Final Research Achievements

The purpose of this research is to improve Curebest 95GC so that it can analyze not only microarray but also RNA-Seq. In this study, we first developed a novel RNA-Seq expression level calculation method that has a high correlation with the microarray using a training set of 32 patient pairs (microarray & RNAseq).
Next, we examined the correlation between the 95GC scores (low risk group for recurrence: 0-50, high risk group for recurrence: 51-100) for an independent validation set of 117 patient pairs, and found a high correlation of R = 0.94. With this results, it was considered possible to transfer the platform of 95GC to RNAseq.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

乳癌の再発予測法の開発は、術後補助化学療法の適応を決定する上で臨床現場のニーズが高い。我々は多重遺伝子診断法としてマイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法 Curebest 95GC を開発し、2013年に実用化し、乳癌診療ガイドライン2015に掲載された。現在、国内121病院にて採用されている。本研究の目的は、Curebest 95GCをマイクロアレイのみならず、RNA-Seqでも解析可能なようにすることである。この事により一回の95GCの検査で、発現情報のみならず遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる可能性があり有意義である。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2023 2022

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Validation of the prognosis of patients with ER-positive, HER2-negative and node-negative invasive breast cancer classified as low risk by Curebest 95GC Breast in a multi-institutional registry study2023

    • Author(s)
      Naoi Yasuto、Tsunashima Ryo、Shimazu Kenzo、Oikawa Masahiro、Imanishi Seiichi、Koyama Hiroshi、Kamada Yoshihiko、Ishihara Kazuhiro、Suzuki Masahiko、Osako Tomo、Kinoshita Takayuki、Suto Akihiko、Nakamura Seigo、Tsuda Hitoshi、Noguchi Shinzaburo
    • Journal Title

      Oncology Letters

      Volume: 25 Issue: 5 Pages: 209-209

    • DOI

      10.3892/ol.2023.13794

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 閉経期乳癌の治療2023

    • Author(s)
      直居 靖人
    • Organizer
      日本乳癌学会2023シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 95GCを用いた乳癌オーダーメイド医療2022

    • Author(s)
      直居靖人
    • Organizer
      日本乳癌学会2022シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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