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The structural analysis of the binding inhibition mechanism of local anesthetics using cryo-electron microscopy.

Research Project

Project/Area Number 20K09193
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 55050:Anesthesiology-related
Research InstitutionWakayama Medical University (2021-2022)
Nagoya University (2020)

Principal Investigator

Irie Katsumasa  和歌山県立医科大学, 薬学部, 准教授 (20415087)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2020: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Keywordsイオンチャネル / 局所麻酔薬 / 構造生物学 / 電気生理学 / 局所麻酔剤 / 構造解析 / 電気生理 / 分子動力学計算 / ナトリウムチャネル / 構造機能相関
Outline of Research at the Start

外科手術や疼痛除去に用いられる薬剤である局所麻酔剤と標的タンパク質であるナトリウムチャネルとの複合体構造を明らかにすることでの極巣麻酔剤の作用機構を理解し、より効率良く・より副作用の少ない局所麻酔剤の開発を可能にすることを目指す。構造解析には極低温電子顕微鏡による単粒子解析を用いて複合体の立体構造の原子分解能での決定を目指す。そして、明らかにした構造情報に基づいてナトリウムチャネル変異体の機能解析を行い局所麻酔剤の作用機序を解明する。

Outline of Final Research Achievements

Because of insufficient resolution of single-particle analysis with cryo-electron microscopy, it was not possible to determine the binding mode of local anesthetics with ion channel, which is the original purpose. But, mutant analysis was performed to identify residues that interact with residues involved in the recognition of local anesthetics. Furthermore, structural analysis and molecular dynamics simulations revealed the role of the residue. It was known that local anesthetics ionize when they bind to ion channels and exert their functions, providing important insights into how ionized local anesthetics stay in the channels.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

局所麻酔剤は広く使われる薬剤でありながら、未だにこれによる事故が起きています。そのため、より副作用の少ない局所麻酔剤の開発が期待されています。本研究成果は局所麻酔剤の結合の対象分子であるナトリウムチャネルと麻酔剤の結合状態ついての知見を与えるものです。この結合機構が明らかになることで、既存の局所麻酔剤のどの部分を改良すればよいかの知見を得ることができます。本研究では結合に重要になるイオンチャネルのアミノ酸を明らかにし、どのように結合するかを丹念に調べることができました。
よって、今後さらなる研究を進めていくことでより安全な局所麻酔剤の開発につながることが期待されます。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] The structural basis of the divalent cation blocking on tetrameric cation channel2023

    • Author(s)
      Irie Katsumasa、Oda Yoshinori、Sumikama Takashi、Oshima Atsunori、Fujiyoshi Yoshinori
    • Journal Title

      Research Square

      Volume: -

    • DOI

      10.21203/rs.3.rs-2252854/v1

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Recognition Mechanism of a Novel Gabapentinoid Drug, Mirogabalin, for Recombinant Human α2δ1, a Voltage-Gated Calcium Channel Subunit2023

    • Author(s)
      Kozai Daisuke、Numoto Nobutaka、Nishikawa Kouki、Kamegawa Akiko、Kawasaki Shohei、Hiroaki Yoko、Irie Katsumasa、Oshima Atsunori、Hanzawa Hiroyuki、Shimada Kousei、Kitano Yutaka、Fujiyoshi Yoshinori
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 435 Issue: 10 Pages: 168049-168049

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168049

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Selectivity Determinant of Ancestor-like Prokaryotic Calcium Channel2021

    • Author(s)
      SHIMOMURA Takushi、IRIE Katsumasa
    • Journal Title

      Seibutsu Butsuri

      Volume: 61 Issue: 4 Pages: 223-226

    • DOI

      10.2142/biophys.61.223

    • NAID

      130008068996

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The insights into calcium ion selectivity provided by ancestral prokaryotic ion channels2021

    • Author(s)
      Irie Katsumasa
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 18 Issue: 0 Pages: 274-283

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.033

    • NAID

      130008124789

    • ISSN
      2189-4779
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gastric proton pump with two occluded K+ engineered with sodium pump-mimetic mutations2021

    • Author(s)
      Abe Kazuhiro、Yamamoto Kenta、Irie Katsumasa、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 5709-5709

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26024-1

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 細菌の祖先型イオンチャネルから探る、普遍的なカルシウム選択機構2021

    • Author(s)
      下村 拓史・入江 克雅
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 未定

    • NAID

      130008068996

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 結晶構造と分子動力学計算によるイオンチャネルにおける 二価カチオンの阻害機構の解析2023

    • Author(s)
      入江 克雅
    • Organizer
      日本薬学会 第143年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 原核生物由来ナトリウムチャネルに創出された二価カチオ ンによる電流阻害の分子機構2023

    • Author(s)
      入江 克雅
    • Organizer
      日本生理学会第100回記念大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 四量体型イオンチャネルにおける 二価カチオンによる阻害機構の 構造基盤の解析2022

    • Author(s)
      入江 克雅
    • Organizer
      生理研研究会 ”構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて”
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細菌のカルシウムチャネルが示すカルシウム選択的なイオン透過機構2022

    • Author(s)
      入江克雅
    • Organizer
      第95回日本細菌学会総会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 細菌由来のイオンチャネルに見いだされたカルシウムの選択的透過と機能阻害2021

    • Author(s)
      入江克雅
    • Organizer
      生理研研究会”構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて”
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] The generation of the divalent cation blocking on tetrameric sodium channel2021

    • Author(s)
      Katsumasa Irie, Yoshinori Oda and Atsunori Oshima
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 天然の原核生物由来カルシウムチャネルにおけるイオン透過選択性の進化とその決定残基の同定2020

    • Author(s)
      入江 克雅, 下村 拓史, 米川 佳樹, 名倉 仁, 立山 充博, 藤吉 好則
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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