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Requirment driven protein design for nano targeting drug production

Research Project

Project/Area Number 20K15096
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 27040:Biofunction and bioprocess engineering-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

Niide Teppei  大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (20802705)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywordsタンパク質工学 / 計算科学 / 低分子医薬 / 分子標的薬 / ファージ提示法 / ナノ材料 / タンパク質設計 / 指向性進化 / データベース / ナノ界面
Outline of Research at the Start

本研究では、材料認識バイオ分子の認識対象を、低分子医薬品の自己集合体(薬剤結晶)へと展開し、新しい医薬フォーマットとしての「ナノ分子標的薬」を創出する。本研究期間では、ファージ提示法を用いた進化分子工学とRosettaソフトウェアを用いた計算科学を融合させ、有機結晶表面認識バイオ分子の合理的な設計プロセスの確立を目指す。これにより、高濃度の低分子医薬を腫瘍選択的に輸送する新規医薬フォーマットを提案する。

Outline of Final Research Achievements

This project expanded the recognition target of material-recognition biomolecules to self-assemblies of small-molecule drugs, aiming to create "nano-targeting drugs" as a new pharmaceutical format. Within the period of this project, we worked on the acquisition of nanomaterial-binding peptides using the phage display technique and the design of nanomaterial-binding proteins using Rosetta software. As a result, we obtained a peptide molecule that binds to the drug crystal surface with a dissociation constant of 99.7 nM and a maximum adsorption capacity of 344.8 pmol/mg. The peptide molecule was fused to a small binding protein that recognizes a cancer antigen on a computer using Rosetta software. The insertion position of the peptide molecule was searched for without a significant increase in the Rosetta energy unit, which indicates the stability energy value of the complete protein.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

抗体医薬と低分子医薬を化学修飾により組み合わせた抗体-薬物複合体(ADC)は、様々な疾患に対し副作用の無い医薬品として注目を集めているが、抗体の失活や不溶化が原因となり、高い確率で臨床試験以前で脱落してしまう。それに対し我々の目指したナノ分子標的薬は、これまでに無い新しい分子標的薬であり、学術的意義は大きい。さらに、このナノ分子標的薬で用いる人工タンパク質は、分子標的機能と薬剤ナノ粒子表面に結合する二つの機能に限定した低分子量タンパク質であるため、バクテリアで調製でき、薬価を大きく低減させることが期待できる。以上より、将来に向けた新しい創薬モダリティとして期待できる。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ノースカロライナ大学チャペルヒル校(米国)

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  • [Journal Article] 材料表面を認識するペプチド・タンパク質から発想するハイブリッドナノアセンブリ2022

    • Author(s)
      梅津光央、中澤光、二井手哲平
    • Journal Title

      バイオインダストリー

      Volume: 39 Pages: 27-34

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  • [Journal Article] Acceleration of target production in co‐culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution2021

    • Author(s)
      Kawai Ryutaro、Toya Yoshihiro、Miyoshi Kenta、Murakami Manami、Niide Teppei、Horinouchi Takaaki、Maeda Tomoya、Shibai Atsushi、Furusawa Chikara、Shimizu Hiroshi
    • Journal Title

      Biotechnology and Bioengineering

      Volume: 119 Issue: 3 Pages: 936-945

    • DOI

      10.1002/bit.28007

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  • [Presentation] 機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性変換2022

    • Author(s)
      杉木創、二井手哲平、戸谷吉博、清水浩
    • Organizer
      化学工学会第87年会
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  • [Presentation] 補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発2022

    • Author(s)
      宮脇佳汰、二井手哲平、戸谷吉博、清水浩
    • Organizer
      化学工学会第87年会
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  • [Remarks] 大阪大学情報科学研究科清水研究室

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

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Published: 2020-04-28   Modified: 2023-01-30  

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