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Development of automated methods for generating chemical reaction networks based on phase space geometry

Research Project

Project/Area Number 20K15224
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

MIZUNO Yuta  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (10846348)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2021: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords化学反応動力学 / 相空間幾何学 / 非統計的化学反応 / Voronoi分割 / 教師あり主成分分析 / Lie正準変換摂動論 / 第一原理分子動力学法 / 化学反応ダイナミクス / 化学反応ネットワーク
Outline of Research at the Start

化学反応経路図は,反応機構の解明や反応速度・選択性の予測に不可欠な学術的基盤である.しかし,従来の反応経路図の作成法には,化学反応における分子の運動の効果を考慮していないという問題点がある.そこで本研究では,分子の運動を幾何学的観点から捉える数学的理論である相空間幾何学に基づき,分子の運動の効果も考慮した反応経路図自動作成プログラムを開発する.これにより,実在の化学反応の動力学的反応機構の系統的解明と反応速度・選択性の系統的予測のための学術的基盤の構築を目指す.

Outline of Final Research Achievements

We have developed algorithms based on phase space geometry, aiming to generate chemical reaction networks taking dynamic effects into account. Specifically, to efficiently compute phase space structures called “reactive islands,” which are the basis for generating “dynamic” chemical reaction networks, we developed algorithms using (1) Voronoi tessellation and (2) supervised principal component analysis.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

動力学効果の考慮が不可欠な化学反応の報告例は,有機化学反応から生体内反応まで多数ある.これらの化学反応の反応機構は,分子動力学シミュレーションの結果から発見的に解明されてきた.しかし,このような発見的研究法では,重要な反応経路を見落とす可能性がある,反応速度の予測が困難である,などの問題がある.本研究で開発したアルゴリズムは,動力学的反応経路図を作成するための要素技術であり,動力学効果を考慮した化学反応の系統的・予測的研究に資すると期待される.

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results)

  • [Journal Article] An algorithm for computing phase space structures in chemical reaction dynamics using Voronoi tessellation2021

    • Author(s)
      Mizuno Yuta、Takigawa Mikoto、Miyashita Saki、Nagahata Yutaka、Teramoto Hiroshi、Komatsuzaki Tamiki
    • Journal Title

      Physica D: Nonlinear Phenomena

      Volume: 428 Pages: 133047-133047

    • DOI

      10.1016/j.physd.2021.133047

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] A Phase Space Structure Analysis of Chemical Reaction Dynamics Using Supervised Dimensionality Reduction2023

    • Author(s)
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      Energy Landscapes: Theory and Applications
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] An analysis of Chemical Reaction Dynamics in DImensionally Reduced Phase Space2023

    • Author(s)
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualization of Chemical Reaction Phase Space Using Supervised Dimensional Reduction Method2023

    • Author(s)
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      The 24th RIES-HOKUDAI International Symposium
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 教師つき次元縮約を用いた化学反応動力学の相空間構造解析2023

    • Author(s)
      田中 綾一, 水野 雄太, 堤 拓朗, 戸田 幹人, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • Organizer
      第25回理論化学討論会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] An algorithm for computing phase space structures in chemical reaction dynamics using Voronoi tessellation2022

    • Author(s)
      Yuta Mizuno, Mikoto Takigawa, Saki Miyashita, Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A Theoretical Study of Organic Reaction Dynamics in a Low Dimensional Space Reduced by Principal Component Analysis2022

    • Author(s)
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikhail Tsitsvero, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 主成分分析を用いた次元縮約法による化学反応動力学の相空間構造の可視化2022

    • Author(s)
      田中 綾一, 水野 雄太, 堤 拓朗, チツベロ ミカイル, 戸田 幹人, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • Organizer
      第45回ケモインフォマティクス討論会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 化学反応の特徴を保ちながら効果的に自由度を縮約する手法の研究2022

    • Author(s)
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 戸田幹人, 武次徹也, 小松崎民樹
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2022年冬季研究発表会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 主成分分析による自由度の削減手法の開発 : [1,3]シグマトロピー転移の類似反応を例に2021

    • Author(s)
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • Organizer
      第23回理論化学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 主成分分析により抽出した少数自由度におけるハミルトン系の構成2021

    • Author(s)
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] AFIR法を用いた化学反応における動的効果の研究:1, 3-シグマトロピー転移の類似反応を例に2021

    • Author(s)
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • Organizer
      化学系学協会北海道支部2021年冬季研究発表会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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