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Research on the interaction mechanisms between Stomatin-like proteins and ion channel proteins

Research Project

Project/Area Number 20K15732
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

TAKEKAWA Norihiro  大阪大学, 大学院理学研究科, 助教 (50791810)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywordsストマチン / チャネル / 細菌 / べん毛 / 蛋白質間相互作用 / 線虫 / トランスポーター / イオンチャネル / 神経 / 構造解析
Outline of Research at the Start

本研究では、ストマチン様タンパク質(以下slipin)とチャネルタンパク質の複合体構造の決定を行う。構造を元にslipinとチャネルタンパク質の相互作用様式を原子レベルで明らかにする。slipinはほとんど全ての生物に保存されており、slipinによって様々なチャネル/トランスポータータンパク質がどのような分子メカニズムによって制御されているのかを明らかにすることは、生命現象の根幹に関わる重要な課題である。チャネルやトランスポーターは細胞、ひいては生物の活動に必須であり、slipinは病理学的にも重要なターゲットである。本研究の達成は病理学的な原因追求や感染症に対する新規薬剤の探索にも繋がる。

Outline of Final Research Achievements

This study aimed to elucidate the interaction mechanism between slipin proteins and their corresponding channel proteins using molecular structural analysis. The complex of different slipin proteins and their respective channel proteins were examined by using nematodes and bacteria as models. The expression system of full-length proteins and fragments were established, and the identification of stable and purifiable fragments was successful. The propensity of some proteins to form multimeric structures was also consistently confirmed. Weak interactions between MEC-2 and MEC-4 were detected. The structure of MotA/B homologs was revealed by cryo-electron microscopy, and the mechanism of structural changes in MotB homologs through binding to Na+ was also elucidated.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ほとんど全ての生物に保存されているslipinは、多様な機能を持つチャネル/トランスポータータンパク質を制御する。しかし、異なる構造を持つチャネルタンパク質をどのように制御するのか、また、同じ構造モチーフを持つslipinがどのように機能的な多様性を生み出すのかが興味深い。さらに、チャネルやトランスポーターは生物活動に必須であり、slipinは病理学的にも重要なターゲットである。本研究は、病理学的な原因追求や新規薬剤の探索に繋がる可能性がある。同一ファミリーのタンパク質がここまで多様な相互作用パートナーを持つ例はほとんどなく、今後も生命現象の根幹に関わる重要な課題である。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 4 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Structure of MotA, a flagellar stator protein, from hyperthermophile2023

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Norihiro Takekawa, Duy Phuoc Tran, Jun-ichi Kishikawa, Mika Hirose, Sakura Onoe, Seiji Kojima, Michio Homma, Akio Kitao, Takayuki Kato and Katsumi Imada
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 631 Pages: 78-85

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.09.072

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two distinct conformations in 34 FliF subunits generate three different symmetries within the flagellar MS-ring2021

    • Author(s)
      Takekawa N, Kawamoto A, Sakuma M, Kato T, Kojima S, Kinoshita M, Minamino T, Namba K, Homma M, Imada K.
    • Journal Title

      mBio

      Volume: 12 Issue: 2

    • DOI

      10.1128/mbio.03199-20

    • Related Report
      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The FlhA linker mediates flagellar protein export switching during flagellar assembly2021

    • Author(s)
      Inoue Yumi、Kinoshita Miki、Kida Mamoru、Takekawa Norihiro、Namba Keiichi、Imada Katsumi、Minamino Tohru
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 646-646

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02177-z

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A slight bending of an α-helix in FliM creates a counterclockwise-locked structure of the flagellar motor in <i>Vibrio</i>2021

    • Author(s)
      Takekawa Norihiro、Nishikino Tatsuro、Yamashita Toshiki、Hori Kiyoshiro、Onoue Yasuhiro、Ihara Kunio、Kojima Seiji、Homma Michio、Imada Katsumi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 170 Issue: 4 Pages: 531-538

    • DOI

      10.1093/jb/mvab074

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ZomB is essential for chemotaxis of Vibrio alginolyticus by the rotational direction control of the polar flagellar motor2021

    • Author(s)
      Takekawa N, Nishikino T, Hori K, Kojima S, Imada K, Homma M.
    • Journal Title

      Genes Cells.

      Volume: 26(11) Issue: 11 Pages: 927-937

    • DOI

      10.1111/gtc.12895

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure and Energy-Conversion Mechanism of the Bacterial Na+-Driven Flagellar Motor2020

    • Author(s)
      Takekawa Norihiro、Imada Katsumi、Homma Michio
    • Journal Title

      Trends in Microbiology

      Volume: 28 Issue: 9 Pages: 719-731

    • DOI

      10.1016/j.tim.2020.03.010

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    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ビブリオ菌固定子PomAPomBの単粒子解析によるイオン結合部位の解析2023

    • Author(s)
      錦野達郎、竹川宜宏、岸川淳一、廣瀬未果、小嶋誠司、本間道夫、加藤貴之、今田勝巳
    • Organizer
      2022年度べん毛研究交流会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] イオン透過に関わるMotAとMotBの相対運動2023

    • Author(s)
      チャンフズイ、錦野達郎、竹川宜宏、小島誠司、今田勝巳、本間道夫、北尾彰朗
    • Organizer
      2022年度べん毛研究交流会
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  • [Presentation] 固定子の回転計測実験系の構築2023

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      上堀まりあ、山下俊貴、竹川宜宏、上野博史、野地博行、今田勝巳
    • Organizer
      2022年度べん毛研究交流会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Cryo-EM structure analysis of the PomAB complex, a bacterial flagellar stator of sodium-driven motor in Vibrio alginolyticus2022

    • Author(s)
      錦野達郎、竹川宜宏、岸川淳一、廣瀬未果、小嶋誠司、本間道夫、加藤貴之、今田勝巳
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Vibrioべん毛モーター固定子複合体のCryo-EMによる単粒子解析2022

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      錦野達郎、竹川宜宏、岸川淳一、廣瀬未果、小嶋誠司、本間道夫、加藤貴之、今田勝巳
    • Organizer
      第54回ビブリオシンポジウム
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Atomic structure of Na+ conducting flagellar energy convertor, the PomAB complex from Vibrio alginolyticus, by Cryo-EM2022

    • Author(s)
      錦野達郎、竹川宜宏、岸川淳一、廣瀬未果、小嶋誠司、本間道夫、加藤貴之、今田勝巳
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
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  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡単粒子解析による海洋性ビブリオ菌べん毛モーター固定子PomAPomBのイオン透過経路の解明2022

    • Author(s)
      錦野達郎、竹川宜宏、岸川淳一、廣瀬未果、小嶋誠司、本間道夫、加藤貴之、今田勝巳
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第48回討論会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 枯草菌べん毛モーター固定子のナトリウム依存的構造変化メカニズム2022

    • Author(s)
      竹川宜宏、上堀まりあ、山口綾香、南野徹、今田勝巳
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議2022
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] べん毛が時計回りに回転するFliM変異体の構造機能解析2022

    • Author(s)
      竹川宜宏、錦野達郎、山下俊貴、堀清志郎、尾上靖宏、 井原邦夫、小嶋誠司、本間道夫、今田勝巳
    • Organizer
      2021年度 べん毛研究交流会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 細菌べん毛モーターの力学応答に寄与する小さなリング2022

    • Author(s)
      竹川宜宏
    • Organizer
      第95回 日本細菌学会総会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Structure of the hook-filament junction with the filament cap in the bacterial flagellum2021

    • Author(s)
      竹川宜宏、池田篤志、宮田知子、牧野文信、難波啓一、今田勝巳
    • Organizer
      第59回 日本生物物理学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 枯草菌べん毛モーター固定子のNa+依存的構造変化は短いhelixの形成により誘起される2021

    • Author(s)
      竹川宜宏、上堀まりあ、山口綾香、南野徹、今田勝巳
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第47回討論会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] The structural and biochemical analyses of MEC-2 and its partner channel proteins in C. elegans2020

    • Author(s)
      Norihiro Takekawa, Maria Uehori, Shunji Nakano, Ikue Mori, Michio Homma, Katsumi Imada
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] FliMのわずかな構造変化により,べん毛モーターが反時計回りに固定される2020

    • Author(s)
      竹川宜宏、錦野達郎、山下俊貴、堀清志郎、小嶋誠司、本間道夫、今田勝巳
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第46回討論会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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