脊髄性筋萎縮症における遺伝子型と表現型の関係についての研究
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20K16610
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 52020:Neurology-related
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
加藤 環 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (60841492)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2023: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2022: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | 脊髄性筋萎縮症 / 遺伝子型と表現型 / SMN1 / 点変異 / SNV / 次世代シークエンサー / long range PCR法 / イントロン領域 / 遺伝学的診断 / 表現型 / long range PCR |
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| Outline of Research at the Start |
脊髄性筋萎縮症は治療可能な疾患となり、治療の適応を決める遺伝学的解析の重要性がより高まっている。SMAの多くは遺伝子欠失を示し臨床的に利用可能な多重連鎖反応依存性プローブ増幅法で診断されるが、微小変異を示す例は診断が容易ではない。さらに、SMAの原因遺伝子領域における微小変異と臨床症状、治療反応性との関連は全く不明である。本研究は、我々のグループが報告した手法に次世代シークエンサー技術を加えて、臨床的にSMAと診断されている患者の血液由来のDNAのSMN領域の塩基配列を解析する。SMA領域のゲノムと臨床の関連を明らかにして、治療へと結びつけられる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
2017年1月から2019年3月までに当研究室でMultiplex Ligation-dependent Probe Amplification（MLPA）法が実施された323例を候補とした。このうち、SMN1のエクソン8が削除されている158例を除外した。残りの165例の主治医に説明用同意文書と運動機能質問票を送付した。62症例が解析対象例とされた。彼らから採取したDNAサンプルは、LR-PCRとNGSで解析された。NGSデータはillumine variant studioとintegrative genomics viewer(IGV)を用いて解析した。
採取した62のDNAサンプルすべてについてNGSが完了した。2例で病原性変異が同定された。1例はSMN1が2コピーでホモ接合体変異が検出され、両親はいとこ婚であった。全体では、SMN1のエクソン7のコピーが0、1、2、3であった患者はそれぞれ7、7、45、3人であった。イントロン領域で同定されたSNVの数は、イントロン1が18、イントロン2aが6、イントロン2bが3、イントロン4が12、イントロン5が2、イントロン6が23である。
臨床的にSMAと診断された患者62名のDNAサンプルのゲノム解析において、SNVはイントロン6に集中し、2名の患者が5q-SMAと遺伝的に診断された。
2022年度の日本人類遺伝学会学術集会にて発表し、現在論文化を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究解析及び学会発表を終え、現在論文投稿の最終調整中である。概ね計画通りの進捗と考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
R５年が最終年であるため、R５中に論文化して成果報告を残す予定である。
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Report
(3 results)
Research Products
(3 results)
