膵液内cfDNAを用いたゲノムシーケンスによるIPMN組織亜型の分子病理学的解析

Research Project

Project/Area Number	20K16978
Research Category	Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Basic Section 53010:Gastroenterology-related
Research Institution	Yamagata University
Principal Investigator	小林敏一山形大学, 医学部, 助教 (60772944)
Project Period (FY)	2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help	¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000) Fiscal Year 2022: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000) Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000) Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords	IPMN / IPMN組織亜型 / ゲノムシーケンス / 膵液内cell free DNA
Outline of Research at the Start	膵管内乳頭粘液性腫瘍(Intraductal mucinous papillary neoplasm:IPMN)は、画像診断や術前の病理診断ではその良悪性の判断が困難であり、手術適応判断は現在でも盛んに議論されている重要な膵腫瘍性疾患である。IPMNは腫瘍上皮の細胞形態に基づいて4つに亜分類され、IPMNの発生の研究とともに組織亜型別にも様々な分子異常が報告されている。本研究ではIPMN症例の膵液からcell free DNAを抽出し、癌パネルを用いてゲノムシーケンスを施行し、得られた遺伝子変異プロファイルを作成することで、内科的な視点からIPMN組織亜型の特徴を分子病理学的視点で解析する。
Outline of Annual Research Achievements	ERCPを施行するIPMN症例が年間20-25例、内科的精査を施行した後に外科にて手術を施行されるIPMN症例が年間10-15例と計画していたが、2019年12月頃から続くCOVID-19流行下の影響に続き、膵癌手術症例の増加に伴うIPMN手術症例の相対的な低下もあり、新規のIPMN手術症例が想定より少ない状況である。しかし、少数例ではあるが、23症例（2022年度まででは18症例）を対象としてIPMN症例から回収した膵液から cfDNAを抽出し、またそのうち10症例（2022年度まででは8症例）が手術されており、現時点でも膵液回収症例・手術件数ともに微増傾向である。また、研究途中ではあるが中間報告も兼ねて学会発表（第109回日本消化器病学会総会、2023年4月・長崎）も行うことができた。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 3: Progress in research has been slightly delayed. Reason ERCPを施行するIPMN症例が年間20-25例、内科的精査を施行した後に外科にて手術を施行されるIPMN症例が年間10-15例と計画していたが、2019年12月頃から続くCOVID-19流行下の影響に続き、膵癌手術症例の増加に伴うIPMN手術症例の相対的な低下もあり、新規のIPMN手術症例が想定より少ない状況である。しかし、少数例ではあるが、23症例（2022年度まででは18症例）を対象としてIPMN症例から回収した膵液から cfDNAを抽出し、またそのうち10症例（2022年度まででは8症例）が手術されており、現時点でも膵液回収症例・手術件数ともに微増傾向である。
Strategy for Future Research Activity	採取した膵液からのcfDNA抽出は定性定量ともに良好な結果であった。このcfDNAは順に次世代シーケンサーによるゲノム解析を行なっているが、ERCP時・経鼻膵管ドレナージチューブからの膵液（ENPD膵液）、術後検体から直接回収した膵液（術後検体膵液）など、異なるシチュエーションであってもいずれの回収膵液からもゲノムシーケンスは可能であることも確認された。現在は膵液採取症例、手術症例をさらに増やしつつ、抽出DNAをストックしており、次世代シーケンサーによるゲノム解析を一期的に行う予定としている段階である。9月頃までにシーケンスを終了し、10月中旬までにゲノム解析を終了し、データ解析まで行う予定としている。2023年度頭（4月）に中間報告として学会発表を行ったが、今年度中に得られたデータを追加しさらに検討も加えて学会報告を行い、2024-2025年度内に論文報告を行う予定である。