| Project/Area Number |
20K17668
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 55020:Digestive surgery-related
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| Research Institution | Showa University (2021-2023)
National Cancer Center Japan (2020) |
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Principal Investigator |
高柳 大輔 昭和大学, 大学共同利用機関等の部局等, 兼任講師 (40595633)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | HLA / 大腸がん / 免疫応答機構 |
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| Outline of Research at the Start |
近年、HLA（Human Leukocyte Antigen）領域に位置する遺伝子に高頻度に体細胞変異や欠失が検出されていることから、発がんの機構に重要な役割を果たしていると考えられている。本研究では、大腸がんの発症部位別に特異的な発がんリスクに関わるHLAアリルを同定し、発がんリスクに関わるHLAアリルとがん免疫異常との統合解析を通して、術後化学療法後再発や治療抵抗性に関わる新たな治療標的の同定や統合的な免疫応答機構の解明を行う
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| Outline of Annual Research Achievements |
全ゲノムの遺伝子型データが148,079人から分析され、MHC領域の55,225個のSNPを調べました。これらのデータは、Illumina Human Omni-Express v1、Human OmniExpressExome v1.0、またはHuman OmniExpressExome v1.2 BeadChipsを使用して、全ゲノムSNPチップ分析を通じて収集された血液DNAサンプルから得られています。データはバイオバンクジャパン（BBJ）データベースから取得されました。分析に含まれた148,049人のうち、6,854人が大腸癌症例、141,225人が対照群。日本人（n=91）、中国人（n=190）、ヨーロッパ人（n=280）、アフリカ人（n=550）の1,000 Genomes Project SNPデータを使用して、BBJの対象者の55,225個のSNPの主成分分析が行われました。SNP2HLAと日本のHLAリファレンスパネルを使用して、MHC領域をカバーする遺伝子型データから研究対象者のHLAアレルを推定しました。これにより、4桁の古典的なクラスI（HLA-A、B、C）およびクラスII（HLA-DRB1、DQA1、DQB1、DPA1、DPB1）HLAアレルが同定されました。各HLAアレルと大腸癌に対するケース/コントロールデータのカイ二乗検定およびロジスティック関連分析が、PLINKプログラム（バージョン1.07）を使用して実施されました。年齢、性別、および上位5つの主成分スコアが共変量として使用し、多重検定を考慮してボンフェローニ補正を適用し、147のHLAクラスI/IIアレルを対象としました。P<3.4×10^-4を有意としました。各HLAアレルと大腸がん発癌リスクとの統計学的な関連は認めなかった。
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