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Establishment of an ultra-compact sequencing system that enables rapid on-site diagnosis of infectious diseases at emergency sites

Research Project

Project/Area Number 20K17880
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 55060:Emergency medicine-related
Research InstitutionKansai Medical University

Principal Investigator

NAKAMURA Fumiko  関西医科大学, 医学部, 助教 (80701721)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
KeywordsMinION / 16SリボソームRNA遺伝子 / 腹水 / 腹腔内感染症 / 迅速細菌同定法 / ナノポアシークエンサー
Outline of Research at the Start

感染およびそれに伴う合併症対策は救急集中治療分野における最重要課題である。感染管理の抗菌薬の適正投与は病原菌の同定が重要情報となるが、現在の標準的検査の細菌培養法は精度や迅速性において解決すべき問題点がある。救急医療の現場において直面する重篤かつ多岐にわたる感染症の診断ツールとしてMinIONを用いた迅速細菌同定法の有用性を検証し、臨床的アウトカムの向上に繋がる技術基盤を確立することを目的とする。

Outline of Final Research Achievements

The study involved 16 patients with generalized peritonitis who were rushed to our hospital and underwent emergency abdominal surgery. Ascites was collected during surgery and the resulting samples were divided. Even in samples where the results of general bacterial culture were negative, it was possible to identify bacteria using the MinION. The rapid bacterial identification method using the MinION enabled highly accurate discrimination and identification of bacteria, making it a useful tool for diagnosing infectious diseases.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

今回、16SrRNA遺伝子を指標としたMinIONを用いた迅速細菌同定法の有用性を検証し、臨床的アウトカムの向上に繋がる技術基盤を確立することを目的とした。当院に救急搬送され、腹部緊急手術を行った汎発性腹膜炎患者を対象とした。
MinIONによる迅速細菌同定法はより高精度に細菌の判別・同定を行うことができ、感染症ツールとして有用である。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (1 results)

All 2020

All Presentation (1 results)

  • [Presentation] 救急現場オンサイトでの迅速感染症診断を可能にする超小型シークエンスシステムの確立2020

    • Author(s)
      中村文子
    • Organizer
      日本救急医学会総会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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