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Radiomics in glioma

Research Project

Project/Area Number 20K17982
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 56010:Neurosurgery-related
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Takahashi Satoshi  国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, 研究員 (00852120)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Keywords深層学習 / MRI / Radiomics / glioma / Radiogenomics / Deep learning / Glioma / Domain shift / 機械学習 / 神経膠腫 / domain shift / 医療用画像
Outline of Research at the Start

神経膠腫の腫瘍特性の予測においてRadiomics解析は有用な方法と考えられている。しかしながら施設毎に得られるデータの分布が異なるため、あるコホートのデータで学習し高い予測精度を示した予測機を別のコホートに適用した場合に大きく性能が低下するという問題が生じる。この問題はRadiomics解析を社会実装する上で非常に大きな問題であるが、データの希少性から殆ど研究が行われていない。本研究では公開データを学習用データとして用いて機械学習装置を作成し、多施設のデータをテスト用のデータとして用いて多数のコホートに適応可能な強い汎化性能を持った神経膠腫に対するRadiomics解析方法の開発を行う。

Outline of Final Research Achievements

The goal of our project is to develop a method for predicting gene status in gliomas using Magnetic Resonance Imaging(MRI). Such an attempt, called radiogenomics, is promising, but its performance would be degenerated significantly occurred from image differences among facilities. The phenomenon is recognized by experts as the domain shift problem. We first showed the domain shift problem occurred in the tumor segmentation task on MRI, and then proposed a possible solution. Next, we also confirmed the domain shift problem also occurred in radiogenomics tasks.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

社会意義神経膠腫は脳腫瘍の一群で、脳腫瘍の中では発生頻度が高いです。神経膠腫はその分類によって予後が変わります。そして神経膠腫の診断では遺伝子診断が重要視されています。現在この遺伝子診断を行うため開頭手術を行い腫瘍を入手していますがこれは患者さんにとって大きな負担になります。我々の研究は開頭手術を行わずにMRIのみを用いて遺伝子状態を予測するような予測装置を作ること、特にその実装を阻んでいる施設間の細かな画像の違いを乗り越える方法を開発することを目的にしています。この方法を開発することができれば遺伝子変異の有無を手術前に予測できるので患者さんの負担を大きく減らすことができると考えられています。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Assessing Versatile Machine Learning Models for Glioma Radiogenomic Studies across Hospitals2021

    • Author(s)
      Kawaguchi Risa K.、Takahashi Masamichi、Miyake Mototaka、Kinoshita Manabu、Takahashi Satoshi、Ichimura Koichi、Hamamoto Ryuji、Narita Yoshitaka、Sese Jun
    • Journal Title

      Cancers

      Volume: 13 Issue: 14 Pages: 3611-3611

    • DOI

      10.3390/cancers13143611

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fine-tuning approach for segmentation of gliomas in brain magnetic resonance images with a machine learning method to normalize image differences among facilities2021

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Takahashi Masamichi、Kinoshita Manabu、et al
    • Journal Title

      Cancers

      Volume: 13 Issue: 6 Pages: 1

    • DOI

      10.3390/cancers13061415

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A New Era of Neuro-Oncology Research Pioneered by Multi-Omics Analysis and Machine Learning2021

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Takahashi Masamichi、Tanaka Shota、Takayanagi Shunsaku、Takami Hirokazu、Yamazawa Erika、Nambu Shohei、Miyake Mototaka、Satomi Kaishi、Ichimura Koichi、Narita Yoshitaka、Hamamoto Ryuji
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 11 Issue: 4 Pages: 565-565

    • DOI

      10.3390/biom11040565

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Predicting Deep Learning Based Multi-Omics Parallel Integration Survival Subtypes in Lung Cancer Using Reverse Phase Protein Array Data2020

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Asada Ken、Takasawa Ken、Shimoyama Ryo、Sakai Akira、Bolatkan Amina、Shinkai Norio、Kobayashi Kazuma、Komatsu Masaaki、Kaneko Syuzo、Sese Jun、Hamamoto Ryuji
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 10 Issue: 10 Pages: 1460-1460

    • DOI

      10.3390/biom10101460

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 多施設間の画像差に対して頑強なセグメンテーション方法の開発2021

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      第3回日本メディカルAI学会学術総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Initial Result of Develop Robust Deep Learning Model for Detecting Genomic Status in Gliomas Against Image Differences among Facilities2021

    • Author(s)
      Satoshi Takahashi
    • Organizer
      SNO 20222 Anual meeting
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of an automatic segmentation machine learning model for brain tumor MR images that can be used at multiple domains2021

    • Author(s)
      Satoshi Takahashi
    • Organizer
      JCA-AACR joint meeting
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ドメインシフトによる性能の低下に耐えうる脳腫瘍領域の自動segmentation法の開発2021

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Initial Investigation to Developing Robust Deep Learning Model Against Image Differences among Facilities2021

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      第59回癌治療学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 多施設にて適応可能な頑強なMRIを用いた遺伝子 診断方法の為の初期検討2021

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      脳神経外科学会学術総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 多施設間の画像差を埋めるFine-tuning方法の開発2020

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      第79回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 多施設にて使用可能な脳腫瘍領域の自動segmentation法の開発2020

    • Author(s)
      高橋 慧
    • Organizer
      日本脳神経外科学会第79回学術総会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Developing automatic segmentation method for brain tumor MR images that can be used at multiple facilities2020

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Takahashi Masamichi、Hamamoto Ryuji et.al.
    • Organizer
      2020 SNO Annual Meeting
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Book] アロスエルゴン Vol.1 No.3 AIの入門から応用、将来の展望ー医療の現場に進出するAIに対処するために2021

    • Author(s)
      鎌谷直之、田中順治、冨田桂公、高橋 慧、高橋雅道、岩藤和広、佐野元昭、猪俣武範、國吉保孝、福永 淳、松根彰志、安藤智暁、柳  裕一郎
    • Total Pages
      128
    • Publisher
      クリニコ出版
    • ISBN
      9784910396187
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Book] 医学のあゆみ274巻9号 AIが切り拓く未来の医療2020

    • Author(s)
      浜本 隆二
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      医歯薬出版
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2023-01-30  

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