Rapid Genetic Diagnosis for Okinawan Patients with Enlarged Vestibular Aqueduct Using Single-Stranded Tag Hybridization Chromatographic Printed-Array Strip
| Project/Area Number |
20K18316
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
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| Research Institution | University of Miyazaki |
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Principal Investigator |
Ganaha Akira 宮崎大学, 医学部, 准教授 (00347155)
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| Project Period (FY) |
2020-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | 前庭水管拡大症 / 沖縄 / SLC26A4 / STH-PAS / ペンドレッド症候群 / 迅速診断 / 核酸クロマトグラフィー |
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| Outline of Research at the Start |
本研究は先天性難聴の原因の一つであるペンドレッド症候群の患者より採取した血液からDNAを取り出し、遺伝子変異の有無や変異のタイプが判別できるようにPCRという手段により対象遺伝子を増幅する。通常、PCRにより増幅した遺伝子はシークエンスという塩基配列を解読する作業により遺伝子変異を確認するが、本研究では対象の遺伝子変異を検出可能な核酸クロマトグラフィーストリップという専用の試験紙を設計し、PCR後の検体に浸すことでシークエンスを行わずに5-10分程度で変異の有無が診断できるようにする。また、血液から直接PCRを行い核酸クロマトグラフィーストリップを用いて遺伝子変異を診断できるキットを作成する。
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| Outline of Final Research Achievements |
We developed a multiplex variant detection method by combining allele-specific PCR with STH-PAS to verify the presence or absence of the two SLC26A4 pathogenic variants, c.1707+5G>A and c.2168A>G, that are the most common among Okinawan patients with hearing loss and EVA. Furthermore, by combining direct PCR and STH-PAS from whole blood and saliva specimens, we developed a novel, rapid and less invasive genotyping method. The diagnostic accuracy of STH-PAS genotyping for the two pathogenic variants was 88% correct in Okinawan patients with EVA. The STH-PAS genotyping method appropriately tailored to the genetic variations in targeted ethnicities could be applied broadly in other geographical regions.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
直接PCRとSTH-PASを用いた前庭水管拡大症の迅速遺伝子診断は，簡便でコンタミネーションのリスクが少なく，電気泳動が不要なため発癌性のある臭化エチジウムが不要なため安全で，かつ短時間で安価に実施可能である．本法による前庭水管拡大症の遺伝子診断は，医療における費用やリスクの軽減に寄与する．
また，本法は1本のSTH-PASで最大12 genotypingが可能であり，人種により異なるSLC26A4遺伝子変異の頻度を考慮して検査対象の遺伝子変異を選択することにより，沖縄以外の東アジア圏でも応用が可能である．
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Report
(3 results)
Research Products
(5 results)
