| Budget Amount *help |
¥26,000,000 (Direct Cost: ¥20,000,000、Indirect Cost: ¥6,000,000)
Fiscal Year 2025: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究は（１）scRepli-seqの「第二世代化」による解像度の飛躍的向上、（２）scRepli-seqを起点とした多次元1細胞全ゲノム解析の実現、の二つを目的としている。（１）に関して、現在、我々のscRepli-seq法が採用しているのは指数関数的ゲノム増幅法（DOP-PCR; Degenerate oligonucleotide-primed PCR）だが、DOP-PCRの工程を変更して線形あるいはそれに類似のゲノム増幅法にすると目的を達成できると考えている。そこで、線形ゲノム増幅法LIANTI（Science, 2017）を試して試行錯誤を繰り返していたが、上手く行かない部分が複数箇所あり、少なくとも現在までのところ、我々の手ではうまく再現できていない。そこで、現在、他のいくつかのゲノム増幅法を鋭意検討中である。一方、（２）に関しては大きな進展がいくつかあり、同一細胞からscRepli-seqと1細胞RNA-seq（scRNA-seq）を同時実現出来る１細胞全ゲノム解析技術が出来つつあり、現在、詳細を詰めながら鋭意論文にまとめている。これと並行して、1細胞Hi-C（scHi-C）解析のプロトコール確立にも取り組んだ。scHi-Cは工程の途中まで細胞集団を用いて実験を進めるタイプのものが大半だが、文字通り1細胞から開始して質の高いscHi-Cデータを得ることに成功した。今後は、細胞溶解バッファーの組成をいくつか試して、scRNA-seqとの同時実現のためのプロトコールの最適化を図りたいと考えている。（１）については少々手こずっているが、（２）が予想以上に進展しており、両者併せて「おおむね順調に進展している」と自己評価した。
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