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Challenge to elucidate the molecular mechanism of memory by single molecule imaging

Research Project

Project/Area Number 20K21122
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 28:Nano/micro science and related fields
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

Shibata Mikihiro  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (80631027)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Keywordsバイオイメージング / 原子間力顕微鏡 / 記憶・学習 / タンパク質 / 脳機能
Outline of Research at the Start

脳神経科学のこれまでの膨大な研究から、カルシウム/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)は、神経細胞内に存在する記憶分子と推定され、あらゆる研究手法によりその詳細が調べられてきた。CaMKIIは巨大な12量体を形成し、高頻度のCa2+信号を積算する能力を持つため、多量体の形成が信号積算能力と密接に関わると考えられてきたが、それを実証する手法がなかった。本研究は、高速原子間力顕微鏡(高速AFM)を駆使し、12量体中の個々のCaMKIIの活性化状態をリアルタイムで直接可視化することで、記憶タンパク質CaMKIIがどのような分子メカニズムで信号を積算できるのかを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Decoding Ca2+ signaling in spine mediated by serine/threonine kinases including Ca2+/calmodulin-dependent kinase II (CaMKII) is crucial to synaptic plasticity that underlie learning and memory. CaMKII forms 12 subunits, all of which is a kinase that is activated by the binding of Ca2+/CaM. Despite the unique oligomer and importance in memory formation, the mechanism by which CaMKII integrates Ca2+ signals within its oligomer remains elusive. Here, we show flexibility of kinase domains in the CaMKII oligomer in basal state and activated state by directly visualizing nano-dynamics using HS-AFM. HS-AFM videos of CaMKII oligomer reveal that flexibility of kinase domains are changed dramatically depending on the binding of Ca2+/CaM and phosphorylated state, which causes both the autoinhibition and the positive cooperativity of phosphorylation. Our HS-AFM data provide a signal-integration mechanism in the CaMKII oligomer, which are fundamental to the molecular memory in brain.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

現代では、医療の大幅な発展により、ヒトの生物としての寿命が大幅に延びる一方、脳の機能障害による病気や精神疾患には、未だに有効な治療法が確立されていない。記憶を分子(タンパク質)レベルで明らかにし、その詳細な分子作動メカニズムを解明することは、人として幸福に人生を全うすることを助長し、人類の健康の増進に大きく寄与するに違いない。本研究は、記憶タンパク質ともいわれるCaMKIIの信号積算メカニズムの一端を高速AFMの1分子イメージングにより明らかにした。この研究成果は、脳内の神経細胞に形成される記憶をタンパク質1分子の構造変化やナノ動態で説明がつく可能性を示し、学術的意義が高いと考える。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for channel conduction in the pump-like channelrhodopsin ChRmine.2022

    • Author(s)
      Koichiro E. Kishi et al.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 185 Issue: 4 Pages: 672-689

    • DOI

      10.1016/j.cell.2022.01.007

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Macrocyclic Peptide-Conjugated Tip for Fast and Selective Molecular Recognition Imaging by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      L. Pupplin, D. Kanayama, N. Terasaka, K. Sakai, N. Kodera, K. Umeda, A. Sumino, M. Arin, W. Wei, H. Tanaka, T. Fukuma, H. Suga, K. Matsumoto, M. Shibata
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 13(46) Issue: 46 Pages: 54817-54829

    • DOI

      10.1021/acsami.1c17708

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Histone variant H2A.B-H2B dimers are spontaneously exchanged with canonical H2A-H2B in the nucleosome2021

    • Author(s)
      Rina Hirano, Yasuhiro Arimura, Tomoya Kujirai, Mikihiro Shibata, Aya Okuda, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Hitoshi Kurumizaka
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01707-z

    • NAID

      120006960298

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Applicability of Styrene-Maleic Acid Copolymer for Two Microbial Rhodopsins, RxR and HsSRI.2020

    • Author(s)
      Tetsuya Ueta, Keiichi Kojima, Tomoya Hino, Mikihiro Shibata, Shingo Nagano, Yuki Sudo*
    • Journal Title

      Biophysical journal

      Volume: 119 Issue: 9 Pages: 1760-1770

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.09.026

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] クロマチンリモデリングの実時空間イメージング2021

    • Author(s)
      柴田幹大
    • Organizer
      新学術領域研究「クロマチン潜在能」第4回領域会議
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Visualizing single-molecule dynamics of protein complexes by high-speed AFM.2021

    • Author(s)
      Mikihiro Shibata
    • Organizer
      「全原子・粗視化分子動力学による細胞内分子動態の解明」ウェブセミナー
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による膜中TRPV1 チャネルの動態観察2021

    • Author(s)
      向 大地, Yimeng Zhao, 柴田幹大, 服部素之, 角野 歩
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural dynamics of the cytoplasmic domain of transient receptor potential vanilloid1(TRPV1) in lipid bilayer observed by high speed atomic force microscopy (HS-AFM).2021

    • Author(s)
      向 大地, Yimeng Zhao, 柴田幹大, 服部素之, 角野 歩
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒストンバリアントH2A.Bによるヌクレオソーム構造変化が転写に与える影響の解明2021

    • Author(s)
      赤津綜隆, 平野里奈, 柴田幹大, 鯨井智也, 滝沢由政, 江原晴彦, 関根俊一, 胡桃坂仁志
    • Organizer
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 高速AFMによる記憶分子CaMKIIの構造ダイナミクス観察2021

    • Author(s)
      柴田幹大
    • Organizer
      ブルカージャパン表面計測事業部主催【第2回】高速AFMオンラインシンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMを用いたCaMKII多量体のCa2+信号積算メカニズムの解明2020

    • Author(s)
      柴田幹大, 村越秀治
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第46回討論会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡による柔軟なタンパク質動態のナノスケール撮影2020

    • Author(s)
      柴田幹大
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 高速 AFM によるハブ毒液由来脂質分解酵素 PLA2の膜認識機構の解明2020

    • Author(s)
      神谷孫斗, 柴田幹大, 上田直子, 角野歩
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Remarks] 柴田幹大研究室

    • URL

      https://bioafminfi.w3.kanazawa-u.ac.jp/

    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2023-01-30  

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