• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Development of all photon time-tag detection method for the fluorescence investigations of single molecules

Research Project

Project/Area Number 20K21166
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 32:Physical chemistry, functional solid state chemistry, and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Takahashi Satoshi  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30283641)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Keywords高速蛍光相関分光法 / 全光子time-tag測定法 / 蛋白質ダイナミクス / ハイブリッド光検出器 / タンパク質ダイナミクス / 一分子蛍光観察 / 全光子time-tag計測
Outline of Research at the Start

本研究では、全光子time-tag測定を新しく開発し、タンパク質ダイナミクスを検出する蛍光計測の効率を劇的に向上させる。すでに申請者はこの装置の開発を開始しているが、デジタル型高速光子計数ボードを新しく導入し、不感時間が2ns以内の高い繰り返し速度にて、一光子ごとに観測時間を記録する全光子time-tag計測を可能とする装置開発を行う。この手法により、タンパク質機能にとって大切な2ns以降の時間領域における全てのダイナミクスのデータを高効率で取得可能とする。

Outline of Final Research Achievements

Fluorescence correlation spectroscopy (FCS) is a powerful method for the elucidation of fast protein dynamics. In this investigation, we aim to develop "all photon time-tag detection strategy" for FCS by combining hybrid photodetector (HPD) and digitized fast photon counting board. We noticed that the correlation data obtained by the newly constructed system were affected by the spike shaped noises due to the afterpulsing effect of HPD. We found a way to eliminate the noises in the correlation data, and were successful in observing the FCS data down to the 10 ns time region within an hour, which was a significant reduction in the observation time compared to the conventional system that required more than 10 hours of data accumulation.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

タンパク質の高速のダイナミクスを調べることで、タンパク質の運動を正確に理解し、生物がどのような方法で精密な酵素反応や特定の相手との相互作用を可能にしているのかを理解することができる。本研究成果は、そのための新しい効率的な計測方法を提案するものである。本測定方法を用いることで、従来は10時間程度の長時間のデータの積算が必要だった計測が、一時間程度のデータ積算で可能になることが示された。また、従来方法に比べてS/Nの良いデータを得ることが可能になった。この手法をタンパク質などの生体分子に適応することで、酵素反応などを正しく理解し応用することが可能になると予想される。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] Indian Institute of Technology Madras(インド)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] Quantification of Entropic Excluded Volume Effects Driving Crowding-Induced Collapse and Folding of a Disordered Protein2022

    • Author(s)
      Rajendran Divya、Mitra Shrutarshi、Oikawa Hiroyuki、Madhurima Kulkarni、Sekhar Ashok、Takahashi Satoshi、Naganathan Athi N.
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 13 Issue: 13 Pages: 3112-3120

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c00316

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unique Electronic Structures of the Highly Ruffled Hemes in Heme-Degrading Enzymes ofStaphylococcus aureus, IsdG and IsdI, by Resonance Raman and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopies2020

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi、Nambu Shusuke、Matsui Toshitaka、Fujii Hiroshi、Ishikawa Haruto、Mizutani Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Ikeda-Saito Masao
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Issue: 40 Pages: 3918-3928

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00731

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Conformational dynamics of E. coil Cytidine Repressor DNA Binding domain studied by Single-molecule Fluorescence Spectroscopy2021

    • Author(s)
      Shrutarshi Mitra,Hiroyuki Oikawa,Divya Rajendran,Athi N.Naganathan,Satoshi Takahashi
    • Organizer
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 一分子蛍光分光法を用いた生体高分子の構造形成2021

    • Author(s)
      髙橋 聡
    • Organizer
      「物質階層原理研究」&「ヘテロ界面研究」合同研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質のフォールディング研究:物性研究と生命研究の境界2020

    • Author(s)
      髙橋 聡
    • Organizer
      東北大学生命科学研究科主催「勉強会:それ、生命に聴いてみよう!」
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Conformational properties of the intrinsically-disordered RGG domain of LAF-1 detected by single-molecule fluorescence spectroscopy2020

    • Author(s)
      Kimura, M.; Nakano, S.; Takahashi, Y.; Oikawa, H.; Takahashi, S.
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会(オンライン)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 天然変性タンパク質 LAF-1 RGGドメインの一分子蛍光分光測定による構造特性評価2020

    • Author(s)
      木村美智子, 中野沙耶, 高橋泰人, 小井川浩之, 高橋 聡
    • Organizer
      分子科学会オンライン討論会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2023-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi