• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Regulation mechanism of biofilm formation mediated by conserved ribonuclease

Research Project

Project/Area Number 20K21266
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 38:Agricultural chemistry and related fields
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Ogawa Tetsuhiro  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (40323480)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywordsリボソーム / リボヌクレアーゼ / バイオフィルム / 一分子イメージング / 翻訳異常 / RNase
Outline of Research at the Start

本研究では「環境変化に応答したRNase T2の活性調節機構」および「RNase T2によるRNA分解産物に調節されるカスケード」を検証し、これを通して大腸菌におけるRNase T2を介したバイオフィルム形成制御機構を解明する。また、この機構のバクテリアにおける普遍性について検討する。本研究は、リボソームそのものがバイオフィルム形成制御に関わるとの仮説に基づいており、新たな概念提示が期待される。また、RNase T2によるRNA分解産物は、ストレスに応答して動物・植物でも蓄積することから、生物に共通した機能を担う可能性がある。本成果は、これを検証する上で礎となるものである。

Outline of Final Research Achievements

This study aims to elucidate a novel regulatory mechanism for biofilm formation in Escherichia coli. It involves a ribonuclease, which is conserved among organisms, and the signaling factor generated by the activity of this ribonuclease inhibits biofilm formation. In this case, the activity of this ribonuclease must be inhibited during biofilm formation. Therefore, I have investigated the molecular mechanism of regulating this ribonuclease activity. The results showed that the activity of this ribonuclease is inhibited by binding to the ribosome that does not engage in translation. In addition to biochemical studies, these results could be demonstrated by biostructural and single-molecule imaging techniques.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

バイオフィルムは、ヒトには有害である。そのため、分子機構に関して、これまで多くの研究がなされてきたが、複雑かつ細菌種によっても異なっており、全容解明には道半ばである。今回、申請者は、リボヌクレアーゼという、無関係に思える因子の介在する分子機構に注目し、仮説の立証に成功した。本成果は、本分野の研究に新たな知見をもたらすものである。
また、本機構には、新規シグナル因子が関与している。本研究では深く注目出来なかったが、このシグナル因子は真核生物ではストレス応答因子と考えてられているが、機能は不明である。この因子の機能解析に挑戦することで、生物学の新分野開拓が期待される。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Open Access: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Relationship Between Domain and Function of the Yeast RNase T2, Rny1p, Which Mediates rRNA Degradation upon Starvation2023

    • Author(s)
      Minami A, Nishi K, Yamada R, Jinnai G, Shima H, Oishi S, Akagawa H, Aono T, Hidaka M, Masaki H, Kuzuyama T, Noda Y, Ogawa T
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: -

    • DOI

      10.1101/2023.07.14.548783

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Dethiobiotin uptake and utilization by bacteria possessing bioYB operon2023

    • Author(s)
      Ikeda T, Ogawa T, Aono T
    • Journal Title

      Research in Microbiology

      Volume: 174 Issue: 8 Pages: 104131-104131

    • DOI

      10.1016/j.resmic.2023.104131

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Regulation mechanism of trans-translation mediated by RNase I and tmRNA2023

    • Author(s)
      南 篤, 丹澤 豪人, 楊 倬皓, 船津 高志, 加藤 貴之, 葛山 智久, 吉田 秀司, 小川 哲弘
    • Organizer
      第24回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Relationship between domain and function of the yeast RNase T2, Rny1p, which mediates rRNA degradation upon starvation2023

    • Author(s)
      Atsushi Minami, Kohei Nishi, Rikusui Yamada, Gai Jinnai, Hikari Shima, Sakiko Ohishi, Hirofumi Akagawa, Toshihiro Aono, Tomohisa Kuzuyama, Yoichi Noda, Tetsuhiro Ogawa
    • Organizer
      EMBL Conference Protein synthesis and translational control
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 構造予測を用いた出芽酵母RNase T2のC末端伸長領域の機能解析2023

    • Author(s)
      南 篤, 山田 陸翠, 西 晃平, 葛山 智久, 小川 哲弘
    • Organizer
      第8回デザイン生命工学研究会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 非古典的翻訳開始機構不全マウスが示す心臓ストレス応答の分子機構解析2022

    • Author(s)
      浅井健宏, 南篤, 栃内亮太, 水流功春, 関口茉莉恵, 藤井渉, 葛山智久, 久和茂, 小川哲弘, 角田茂
    • Organizer
      第21回 東京大学生命科学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Regulation mechanism of translation through the interaction of RNase T2 with ribosome2022

    • Author(s)
      Atsushi Minami, Takehito Tanzawa, Zhuohao Yang, Takashi Funatsu, Takayuki Kato, Tomohisa Kuzuyama, Hideji Yoshida, Tetsuhiro Ogawa
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 定着性向上型大腸菌のマウスへの投与による腸内細菌叢変化の解析2022

    • Author(s)
      南 篤, 中島 満幸, 浅井 健宏, 水流 功春, 葛山 智久, 角田 茂, 小川 哲弘
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] リボソームの休眠を介した新規rRNA分解制御機構2022

    • Author(s)
      南 篤, 丹澤 豪人, 楊 倬皓, 船津 高志, 加藤 貴之, 葛山 智久, 吉田 秀司, 小川 哲弘
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 固相面に高い付着性を示す大腸菌変異株におけるマウス腸管内定着性の評価2021

    • Author(s)
      浅井健宏、南篤、中島満幸、水流巧春、田川陽一、葛山智久、久和茂、小川哲弘、角田茂
    • Organizer
      第68回日本実験動物学会総会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 新規セカンドメッセンジャーを介したバイオフィルム形成制御機構の解析2021

    • Author(s)
      南 篤、日髙真誠、葛山智久、小川哲弘
    • Organizer
      日本微生物生態学会第34回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] リボソームの休眠化を介した新規バイオフィルム形成制御機構の解析2021

    • Author(s)
      南 篤、日髙真誠、葛山智久、小川哲弘
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 普遍的リボヌクレアーゼRNase T2のリボソームによる活性制御機構の解析2021

    • Author(s)
      南 篤,日髙 真誠,葛山 智久,小川 哲弘
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 普遍的リボヌクレアーゼRNase T2の大腸菌における活性制御機構の解析2020

    • Author(s)
      南 篤,日髙 真誠,葛山 智久,小川 哲弘
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 普遍的リボヌクレアーゼを介した新規バイオフィルム形成制御機構に関する研究2020

    • Author(s)
      南 篤,日髙 真誠,葛山 智久,小川 哲弘
    • Organizer
      日本農芸化学会関東支部2020年度大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2025-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi