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Identification of a new ubiquitin proteoform

Research Project

Project/Area Number 20K21408
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
Research InstitutionHoshi University

Principal Investigator

Ohtake Fumiaki  星薬科大学, 先端生命科学研究所, 特任准教授 (60447373)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywordsユビキチン / プロテアソーム / プロテオミクス / 翻訳後修飾 / タンパク質分解 / プロテオスタシス
Outline of Research at the Start

ユビキチン修飾は生体に必須の翻訳後修飾であり、タンパク質恒常性(プロテオスタシス)維持やシグナル伝達、DNA修復など、多種多様な生命現象を制御している。ユビキチンは76アミノ酸からなる小型タンパク質であり、C末端グリシンを介して基質タンパク質のリジン残基に翻訳後修飾として付加され、基質タンパク質の運命や機能を変換する。私たちはユビキチン研究を進める過程で、C末端を欠失して修飾分子としては機能できない「切断型ユビキチン」が細胞内に存在することを見出した。そこで本研究では、切断型ユビキチンの産生・除去機構および細胞内機能の解明を目指す。

Outline of Final Research Achievements

Ubiquitin is a small protein consisting of 76 amino acids and serve as a source of a post-translational modification called ubiquitylation. Ubiquitylation regulates function or destiny of substrate proteins, yet, the diversity of the role of ubiquitin is not fully understood. In this study, we established the top-down and middle-down mass spectrometry for ubiquitin. Subsequently, we found that the cleaved ubiquitin, lacking the C-terminal double glycines, is accumulated after proteasomal inhibition. Moreover, the C-terminally cleaved ubiquitin interacts with specific binding proteins in vitro.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ユビキチン・プロテアソーム系は細胞内の主要なタンパク質分解システムの一つであり、その破綻はがんや神経変性疾患、炎症性疾患など、様々な疾病につながることが知られている。そのため、本研究で見出したユビキチンの質量分析手法や新たなユビキチンのプロテオフォームは、将来的にユビキチン系のさらなる理解に貢献し、ユビキチン系に基づいた疾患に対する治療法開発の一助となることが期待される。

Report

(3 results)
  • 2022 Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Branched ubiquitin code: from basic biology to targeted protein degradation2022

    • Author(s)
      Ohtake Fumiaki
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 171 Issue: 4 Pages: 361-366

    • DOI

      10.1093/jb/mvac002

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Design, Synthesis, and Evaluation of Trivalent PROTACs Having a Functionalization Site with Controlled Orientation2021

    • Author(s)
      Huang Yifan、Yokoe Hiromasa、Kaiho-Soma Ai、Takahashi Kazunori、Hirasawa Yusuke、Morita Hiroshi、Ohtake Fumiaki、Kanoh Naoki
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: 33 Issue: 1 Pages: 142-151

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00490

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] TRIP12 promotes small-molecule-induced degradation through K29/K48-branched ubiquitin chains2021

    • Author(s)
      Kaiho-Soma Ai、Akizuki Yoshino、Igarashi Katsuhide、Endo Akinori、Shoda Takuji、Kawase Yasuko、Demizu Yosuke、Naito Mikihiko、Saeki Yasushi、Tanaka Keiji、Ohtake Fumiaki
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 81 Issue: 7 Pages: 1411-1424.e7

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2021.01.023

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Branched ubiquitin chains promote chemically-induced targeted protein degradation2021

    • Author(s)
      大竹史明、相馬愛、秋月慶乃
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 化合物による標的タンパク質分解を誘導するユビキチンコード2021

    • Author(s)
      大竹史明
    • Organizer
      第94回日本生化学大会シンポジウム
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Role of ubiquitin chain architecture revealed by chemo-technology2020

    • Author(s)
      Ohtake Fumiaki
    • Organizer
      第93回日本生化学会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] プロテオミクス解析から明らかになるユビキチン修飾のバイオロジー2020

    • Author(s)
      大竹史明
    • Organizer
      第68回質量分析総合討論会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2024-12-25  

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