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Functional analysis of chimeric photoreceptor gene, PHYCRY identified from marine metagenome data

Research Project

Project/Area Number 20K21438
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 44:Biology at cellular to organismal levels, and related fields
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Shimada Setsuko  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (40432033)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 蒔田 由布子  前橋工科大学, 工学部, 教授 (80443026)
鈴木 重勝  国立研究開発法人国立環境研究所, 生物・生態系環境研究センター, 特別研究員 (10785108)
Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywords光受容体 / フィトクロム / クリプトクロム / 藻類 / 植物 / ゲノム解析 / 海洋メタゲノム
Outline of Research at the Start

海洋メタゲノム解析により発見された赤色光受容体フィトクロム(PHY)と青色光受容体クリプトクロム(CRY)の構造を持つ新型キメラ光受容体PHYCRY遺伝子について、分光学的性質、生物的機能の解析、プラシノ藻の全ゲノム配列の決定、光受容体遺伝子の系統解析を行い、新型キメラ光受容体PHYCRYの機能を明らかにする。本研究により光受容体の進化について新知見を得ることができると考えられる。

Outline of Final Research Achievements

In this project, we tried to uncover function of a chimeric photoreceptor gene, PHYCRY composed of a red-light receptor, phytochrome and a blue-light receptor, cryptochrome in a prasinophyte, Pycnococcus provasolii. We found the PHYCRY detected both orange/far-red and blue light. Furthermore, we named this gene dualchrome1 (DUC1) and advanced functional analysis of PHYCRY by transcriptome analysis in P. provasolii, complement analysis for plant photoreceptors, determination of genome sequence of P. provasolii and phylogenetic analysis of photoreceptor genes.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究の成果である新型の新型キメラ光受容体PHYCRYの分光学的性質、生物的機能解明により、赤色光受容体フィトクロムと青色光受容体クリプトクロムの光受容体の進化さらに緑色植物の進化について新知見を得ることが出来た。さらに、将来的に、新型キメラ光受容体の分光学的性質の解明が生物工学的応用につながることや、植物の相補解析結果が農業的な応用につながることが期待できると考えている。P. provasoliiは様々な深さ、地域に生息していることから、この光受容体は海洋環境で増殖する上で重要な役割を果たしていると考えられる。本成果は今後のCO2固定の研究開発への寄与も期待できると考えている。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Identification of a dual orange/far-red and blue light photoreceptor from an oceanic green picoplankton2021

    • Author(s)
      Makita Yuko、Suzuki Shigekatsu、Fushimi Keiji、Shimada Setsuko、Suehisa Aya、Hirata Manami、Kuriyama Tomoko、Kurihara Yukio、Hamasaki Hidefumi、Okubo-Kurihara Emiko、Yoshitake Kazutoshi、Watanabe Tsuyoshi、Sakuta Masaaki、Gojobori Takashi、Sakami Tomoko、Narikawa Rei、Yamaguchi Haruyo、Kawachi Masanobu、Matsui Minami
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 3593-3593

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23741-5

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 海洋藻類が保持する橙色光/遠赤色光と青色光を感知する新規光受容体・Dualchromeの単離と機能解析2022

    • Author(s)
      嶋田勢津子, 蒔田由布子, 鈴木重勝, 伏見圭司, 陶久あや, 平田愛実, 栗山朋子, 栗原志夫, 濱崎英史, 栗原恵美子, 吉武和敏, 渡辺 剛, 作田正明, 五條堀孝, 坂見知子, 成川礼, 山口晴代, 河地正伸, 松井南
    • Organizer
      第22回 日本光生物学協会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of a dual orange/far-red and blue light photoreceptor from an oceanic green picoplankton2021

    • Author(s)
      Minami Matsui, Yuko Makita, Shigekatsu Suzuki, Keiji Fushimi, Setsuko Shimada, Haruyo Yamaguchi, Tomoko Sakami, Rei Narikawa, Masanobu Kawachi
    • Organizer
      International Symposium on Plant Photobiology (ISPP 2021)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新規光受容体・Dualchromeは橙色光/遠赤色光と青色光を感知する2021

    • Author(s)
      成川礼、伏見圭司、蒔田由布子、鈴木重勝、嶋田勢津子、陶久あや、平田愛美、 栗山朋子、栗原志夫、濱崎英史、栗原(大窪) 恵美子、吉武和敏、渡辺剛、作田正明、五条堀孝、山口晴代、河地正伸、松井南
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 海洋メタゲノムデータからの新規光受容体の発見2021

    • Author(s)
      蒔田由布子, 鈴木重勝, 伏見圭司, 嶋田勢津子, 陶久あや, 平田愛実, 栗山朋子, 栗原志夫, 濱崎英史, 栗原恵美子, 吉武和敏, 渡辺剛,坂見知子, 作田正明, 五條堀孝, 成川礼, 山口晴代, 河地正伸, 松井南
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 新規光受容体・Dualchromeの生物的機能解析2021

    • Author(s)
      嶋田勢津子, 蒔田由布子, 鈴木重勝, 伏見圭司, 陶久あや, 平田愛実, 栗山朋子, 栗原志夫, 濱崎英史, 栗原恵美子, 吉武和敏, 渡辺剛, 作田正明, 五條堀 孝, 成川 礼, 山口晴代, 河地正伸, 松井南
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 全ゲノム解析から明らかにする緑色植物初期分岐系統における遊泳細胞の誘導と進化2020

    • Author(s)
      鈴木重勝, 山口晴代、河地正伸
    • Organizer
      日本藻類学会第45回大会(オンライン東京)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 海洋メタゲノム配列からの新規光受容体の発見2020

    • Author(s)
      蒔田由布子, 鈴木重勝, 伏見圭司, 嶋田勢津子, 陶久あや, 栗山朋子, 栗原志夫, 濱崎英史,平田愛実, 成川礼, 山口晴代, 河地正伸, 松井南
    • Organizer
      生物多様性のDNA情報学
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2024-01-30  

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