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Label-free direct measurement of protein conformation and intermolecular interactions in liquid-liquid phase separations

Research Project

Project/Area Number 20K21468
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 47:Pharmaceutical sciences and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Nakabayashi Takakazu  東北大学, 薬学研究科, 教授 (30311195)

Project Period (FY) 2020-07-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2020: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywords液液相分離 / ラマンイメージング / 紫外共鳴ラマン散乱 / タンパク質 / 水 / 核酸 / 神経変性疾患 / 濃度定量 / 定量 / ペプチド / 四重らせん / FUS / ラマン分光 / 紫外ラマン
Outline of Research at the Start

本研究では、液液相分離(LLPS)内のタンパク質の状態を調べる手法を提案する。LLPSは、細胞内においてタンパク質の濃度が非常に濃い状態(液滴)と薄い状態の二相の液体状態が生じる現象であり、神経変性疾患の発症と関係づけられている。本研究では、分子の振動を直接観測するラマン分光を用いれば、液滴内でのタンパク質の構造をその場で解析できること、液滴内の目的タンパク質以外の成分を同定できることを提案する。さらに、紫外光を励起光としてラマンスペクトルを測定し、芳香環を持つアミノ酸残基を選択的に観測することで、LLPSの形成に寄与するタンパク質間の分子間相互作用の直接検出を目指す。

Outline of Final Research Achievements

LLPS is a phenomenon in which droplets with high concentrations of biological macromolecules are generated, and it has been pointed out that LLPS is related to various physiological reactions. However, the details of the relationship between LLPS and physiological phenomena have remained unclear due to the lack of an appropriate method for label-free measurement of droplets in a single droplet state. In this study, we succeeded in proposing that Raman microscopy and UV resonant Raman scattering, which provide label-free molecular information, can be powerful methods for LLPS studies. We showed that the concentration of biomolecules in a single droplet can be precisely quantified, and changes in concentration due to changes in the surrounding environment can be detected. In addition, we selectively detected the Raman bands of aromatic amino acid residues from UV resonant Raman scattering and investigated the state changes of proteins associated with LLPS.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

LLPSは神経変性疾患の発症と関係することが指摘されており、LLPSによって生じた液滴から発症を誘起するタンパク質の凝集物へ変化することが示されている。本研究では、液滴から凝集物への変化について、どのような濃度変化、構造変化を経て、タンパク質の凝集物が生成するのかをラベルフリーで検討できる手法を提案する。液滴は生体高分子間の弱い分子間相互作用によって生成しているために、蛍光分子でラベル化すると分子間相互作用が変化してしまい、液滴を適切に評価できなかった。本研究ではラベルフリーかつ単一液滴の状態で化学情報が得られる有力な手法となり、凝集物変化の詳細を明らかにできる可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 12 results)

  • [Journal Article] ラマンイメージングを用いた細胞内の水・夾雑環境の理解2022

    • Author(s)
      中林孝和, 梶本真司
    • Journal Title

      Seibutsu-kogaku Kaishi

      Volume: 100 Issue: 7 Pages: 367-370

    • DOI

      10.34565/seibutsukogaku.100.7_367

    • ISSN
      0919-3758, 2435-8630
    • Year and Date
      2022-07-25
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Label-free quantification of a protein liquid droplet using Raman microscopy2022

    • Author(s)
      中林孝和, 黒井邦巧, 梶本真司
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 94 Issue: 3 Pages: 444-448

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2022.940444

    • ISSN
      0037-1017
    • Year and Date
      2022-06-25
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Concentration Quantification of the Low-Complexity Domain of Fused in Sarcoma inside a Single Droplet and Effects of Solution Parameters2022

    • Author(s)
      Yokosawa Kohei、Kajimoto Shinji、Shibata Daiki、Kuroi Kunisato、Konno Tomohiro、Nakabayashi Takakazu
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 13 Issue: 24 Pages: 5692-5697

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c00962

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 単一液滴内のラベルフリー濃度測定からみた液液相分離と分子夾雑環境2023

    • Author(s)
      中林孝和
    • Organizer
      第二回相分離生物物理学研究会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 分子夾雑環境の一つとしての液液相分離:ラマン顕微鏡によるラベルフリー濃度測定2023

    • Author(s)
      中林孝和
    • Organizer
      日本化学会コロイド先端技術講座2022ソフトマターの「液液」相分離
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  • [Presentation] ラマンイメージングを用いた細胞内の水計測とその場定量への応用2023

    • Author(s)
      中林孝和
    • Organizer
      電子情報通信学会2023年総合大会シンポジウム
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  • [Presentation] Investigation of chemical properties of a single protein droplet formed by liquid-liquid phase separation2022

    • Author(s)
      Takakazu Nakabayashi
    • Organizer
      15h International Symposium on Nanomedicine
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  • [Presentation] Water in a living cell probed by a Raman microscopy2022

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      Takakazu Nakabayashi
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      EMLG/JMLG 2022 Annual Meeting
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  • [Presentation] 細胞・タンパク質のラベルフリーイメージングでわかったこと・これからの課題2022

    • Author(s)
      中林孝和
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      第31回日本バイオイメージング学会
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  • [Presentation] Dynamics and structural changes associated with liquid-liquid phase separation in neurodegenerative disease-related proteins2022

    • Author(s)
      Takakazu Nakabayashi
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      The 7th Japan-Taiwan Joint Symposium for Pharmaceutical Sciences
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 水のラマンイメージングからみた細胞内環境・細胞内温度・液-液相分離2022

    • Author(s)
      中林孝和
    • Organizer
      日本分光学会関西支部 2022年度第1回講演会
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  • [Presentation] ラマンイメージングを用いた液液相分離・分子夾雑環境の定量2022

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      中林孝和
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      第22回日本蛋白質科学会年会
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  • [Presentation] ラマン分光を用いた水素結合性液体および細胞内にある水の状態解析2022

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      中林孝和
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      理研シンポジウム 「量子ビームで創る新しい生命科学:X線からテラヘルツまで」
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  • [Presentation] 顕微ラマン分光によるラベルフリー細胞生物研2022

    • Author(s)
      中林孝和
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      第35回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
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      2021 Research-status Report
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  • [Presentation] ラマンイメージングを用いたALS関連タンパク質FUS LCの単一液滴内での濃度変化の定量2022

    • Author(s)
      横澤 公平, 柴田 大輝, 梶本 真司, 中林 孝和
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      2021年度生物物理学会北海道支部-東北支部合同例会
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  • [Presentation] 細胞内の水の測定から細胞内夾雑環境・液-液相分離を探る2021

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      中林孝和
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      第30回日本バイオイメージング学会
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    • Invited
  • [Presentation] Label-free quantification for a single droplet using Raman spectroscopy: Application to ALS associated protein FUS LC2021

    • Author(s)
      横澤 公平, 柴田 大輝, 梶本 真司, 中林 孝和
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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  • [Presentation] ラマンイメージングを用いたALS関連タンパク質FUS LCの液-液相分離の定量解析2021

    • Author(s)
      横澤 公平, 柴田 大輝, 梶本 真司, 中林 孝和
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Labal-free observation of protein concentration change in a droplet formed by liquid-liquid phase separation using Raman spectroscopy2021

    • Author(s)
      横澤 公平, 柴田 大輝, 梶本 真司, 中林 孝和
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Liquid-liquid phase separation of disease-associated protein and its quantification using Raman spectroscopy2021

    • Author(s)
      村上一輝, 梶本 真司, 柴田 大輝, 黒井 邦巧, 中林 孝和
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] 顕微ラマン分光法を用いたALS関連タンパク質FUS LC単一液滴のラベルフリー濃度定量2021

    • Author(s)
      横澤 公平、柴田 大輝、梶本 真司、黒井 邦巧、中林 孝和
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
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      2020 Research-status Report

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Published: 2020-08-03   Modified: 2024-01-30  

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