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Creation of neo-epigenetic periodontal therapy targeting DNA twist

Research Project

Project/Area Number 20K21674
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 57:Oral science and related fields
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

Yamashita Motozo  大阪大学, 歯学部附属病院, 講師 (90524984)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 竹立 匡秀  大阪大学, 歯学部附属病院, 講師 (60452447)
柏木 陽一郎  大阪大学, 歯学研究科, 助教 (20598396)
Project Period (FY) 2020-07-30 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Keywords歯周病治療 / エピゲノム / DNA超らせん / スーパーエンハンサー / サイトカインストーム / エピジェネティクス / 細胞老化 / ATACシークエンス / 歯根膜細胞 / 炎症 / エンハンサー / BRD4 / DNAのねじれ / DNAトポイソメラーゼー / 液相分離 / ネオエピゲノム歯周病治療 / 相分離
Outline of Research at the Start

DNAのメチル化、ヒストン修飾などのエピゲノムの概念では、基礎疾患を有する高齢者にみられるサイトカインストームのような急性炎症病態の理解は困難である。近年、遺伝子転写に重要な分子機構として、クロマチンの高次構造、DNA超らせんのねじれの解消や複数のエンハンサーの局所的なクラスターであるスーパーエンハンサーの相分離による調節機構が提唱されている 。本研究では 、DNAのねじれやスーパーエンハンサーの影響が大きい炎症関連遺伝子の包括制御を明らかにし、急性炎症の病態をゲノムレベルで解明する。そして、クロマチンと相分離の制御に基づく超エピゲノムの新規戦略により、免疫低下した高齢者の歯周病の征圧に挑む。

Outline of Final Research Achievements

We investigated the roles of higher-order structure of DNA superhelixes and the super-enhancers to elucidate the comprehensive transcriptional regulation mechanism of inflammatory cytokine genes in periodontal ligament cells. We found that increased expression of microRNA-34a, which targets Pol II, in senescent human periodontal ligament cells (HPDL). Moreover, we found that DNA twisting and super-enhancer formation are important for the production of pro-inflammatory cytokines in senescent HPDL by specific inhibition of DNA topoisomerase I, BRD4 and PTEFb. ATAC sequencing also confirmed the increased euchromatin activity in the upstream region of inflammatory cytokine genes in senescent HPDL.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

DNAのメチル化、ヒストン修飾のエピゲノムの概念では、基礎疾患を有する高齢者にみられるサイトカインストームのような急性炎症につながる病態のゲノムレベルの理解は困難である。本研究では、老化歯周組織細胞の炎症性サイトカインの調節、制御において、DNA超らせん高次構造とスーパーエンハンサーが重要であることを示した。これは、クロマチン構造と転写因子のゲノム領域への結合を制御することにより、炎症性サイトカインストームを抑制することが可能であることを示唆する。これらの結果は、免疫の低下した高齢者の重篤な歯周病を対象とした新規の歯周病予防・治療法開発にとり有用な分子基盤となるものである。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2021

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Long-term exposure to cigarette smoke influences characteristics in human gingival fibroblasts2021

    • Author(s)
      Mari Tatsumi, Manabu Yanagita, Motozo Yamashita, Shiori Hasegawa, Kuniko Ikegami, Masahiro Kitamura, Shinya Murakami
    • Journal Title

      J Periodontal Res

      Volume: 56(5) Issue: 5 Pages: 951-963

    • DOI

      10.1111/jre.12891

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Periodontal inflamed surface area is associated with hs-CRP in septuagenarian Japanese adults in cross-sectional findings from the SONIC study2021

    • Author(s)
      Koji Miki, Masahiro Kitamura, Kodai Hatta, Kei Kamide, Yasuyuki Gondo, Motozo Yamashita, Masahide Takedachi, Takenori Nozaki, Chiharu Fujihara, Yoichiro Kashiwagi et al
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 11(1) Issue: 1 Pages: 14436-14436

    • DOI

      10.1038/s41598-021-93872-8

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 老化と慢性炎症 ー歯周組織の慢性炎症2021

    • Author(s)
      山下元三、村上伸也
    • Journal Title

      別冊 BIO Clinica 慢性炎症と疾患

      Volume: Vol.10 No.2 Pages: 41-46

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Autophagy facilitates type I collagen synthesis in periodontal ligament cells2021

    • Author(s)
      Nakamura Tomomi、Yamashita Motozo、Ikegami Kuniko、Suzuki Mio、Yanagita Manabu、Kitagaki Jirouta、Kitamura Masahiro、Murakami Shinya
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1-14

    • DOI

      10.1038/s41598-020-80275-4

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Aromatase inhibitor anastrozole modifies cellular functions in gingival fibroblasts and endothelial cells: possible periodontal complications of aromatase inhibitor treatment2021

    • Author(s)
      Shiori Hasegawa Manabu Yanagita Mari Tatsumi Motozo Yamashita Masahiro Kitamura, Shinya Murakami
    • Journal Title

      Journal of Periodontal Research

      Volume: - Issue: 4 Pages: 828-836

    • DOI

      10.1111/jre.12881

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] NAD+依存性のミトコンドリアの異常が老化歯根膜における酸化ストレスに及ぼす影響2021

    • Author(s)
      橋本 康樹,山下 元三,池上 久仁子,中村 友美,西川 有彩,森川 竜也,北村 正博, 村上 伸也
    • Organizer
      第64回秋季日本歯周病学会総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] HSP47 causes the denatured collagen in aged periodontal ligament.2021

    • Author(s)
      Arisa Nishikawa, Motozo Yamashita and Shinya Murakami
    • Organizer
      第69回 国際歯科研究学会 日本部会学術大会(JADR)(国際学会)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2020-08-03   Modified: 2023-01-30  

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