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Verification of unknown electron bifurcation: Development of new gene resources

Research Project

Project/Area Number 20K22559
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0601:Agricultural chemistry and related fields
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

Watanabe Tomohiro  北海道大学, 低温科学研究所, 助教 (80731968)

Project Period (FY) 2020-09-11 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords硫黄酸化菌 / ヘテロジスルフィド還元酵素 / 電子分岐反応 / リポ酸 / 電子バイフリケーション / フラビン / 硫黄酸化 / 遺伝子資源
Outline of Research at the Start

環境微生物の未知遺伝子には、実社会への応用が見込まれる潜在的に有用な遺伝子資源が存在する。その1つとして、電子バイフリケーション反応に関わる未知遺伝子が挙げられる。この反応は、電子対の一方の電子を高エネルギー状態する反応であり、その原理は物質生産プロセスの省エネルギー化に応用できると考えられる。本研究では、電子バイフリケーションを触媒すると考えられる全く新しい酵素複合体の触媒反応を検証し、電子バイフリケーション反応の応用研究に新しい展開を生み出す。

Outline of Final Research Achievements

Heterodisulfide reductase catalyzes electron bifurcation, which makes a high-energy electron by splitting the energy of a pair of electrons. This reaction could be applied to an industrial basis and contribute on sustainable society. In this study, function-unknown heterodisulfide reductase from sulfur oxidizers (sHdr) was investigated. RNA sequencing of a sulfur oxidizer grown with dihydrogen or sulfur compounds suggested that sHdr involves in energy metabolism of sulfur compounds. Large-scale cultivation of a sulfur oxidizer producing sHdr was successfully achieved. Cell extract was anaerobically fractionated with chromatography techniques. Fractionation conditions of sHdr were examined with UV-visible spectra, SDS-PAGE and Native-PAGE. Mass spectrometry analysis of the obtained fractions is undergoing.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

電子分岐反応は、物質生産プロセスの効率化などの技術基盤に応用することが期待されている。本研究では、電子分岐反応を触媒するヘテロジスルフィド還元酵素(Hdr)の多様性に着目した。硫黄酸化菌が合成するHdr(sHdr)は、独自の配列特徴を持っており、その機能が未知であった。本研究では、sHdrの機能解明に向けた技術基盤として硫黄酸化菌の大量培養、sHdrの分画、質量分析、酵素活性測定の一連の実験系を確立することに成功した。今後の研究の継続により、sHdrの機能を解明することで、電子分岐反応を応用する研究に新しい展開をもたらすことが期待される。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Max Planck Institute(ドイツ)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] Dissimilatory microbial sulfur and methane metabolism in the water column of a shallow meromictic lake2022

    • Author(s)
      Watanabe Tomohiro、Kubo Kyoko、Kamei Yoshiharu、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      Systematic and Applied Microbiology

      Volume: 45 Issue: 3 Pages: 126320-126320

    • DOI

      10.1016/j.syapm.2022.126320

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three-megadalton complex of methanogenic electron-bifurcating and CO2-fixing enzymes2021

    • Author(s)
      Watanabe Tomohiro、Pfeil-Gardiner Olivia、Kahnt Joerg、Koch Juergen、Shima Seigo、Murphy Bonnie J.
    • Journal Title

      Science

      Volume: 373 Issue: 6559 Pages: 1151-1156

    • DOI

      10.1126/science.abg5550

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] MvhB-type polyferredoxin as an electron-transfer chain in putative redox-enzyme complexes2021

    • Author(s)
      Watanabe Tomohiro、Shima Seigo
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 50 Issue: 2 Pages: 353-360

    • DOI

      10.1246/cl.200774

    • NAID

      130007986370

    • Related Report
      2021 Annual Research Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] メタン菌の電子管理術:エネルギーに乏しい環境に特化した酵素機構2021

    • Author(s)
      渡邉友浩,Olivia Pfeil-Gardiner, Joerg Kahnt, Juergen Koch, 嶋盛吾, Bonnie J. Murphy
    • Organizer
      日本微生物生態学会第 34 回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2020-09-29   Modified: 2023-01-30  

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