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High-resolution structure analysis of cell-division filament using recent high-end cryo-EM

Research Project

Project/Area Number 20K22630
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0701:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

Fujita Junso  大阪大学, 生命機能研究科, 特任助教(常勤) (80876368)

Project Period (FY) 2020-09-11 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordsクライオ電子顕微鏡 / 単粒子解析 / 細胞分裂 / 肺炎桿菌 / 繊維状タンパク質 / FtsZ / モノボディ / 黄色ブドウ球菌 / 構造解析
Outline of Research at the Start

FtsZは細菌の細胞分裂において重要なタンパク質で、重合してフィラメント状の構造を形成する。重合・脱重合に伴うFtsZフィラメントの運動は多数のタンパク質と連動しており、細胞分裂を制御する役割を担っているが、その機構については未だに不明な点が多い。本研究ではクライオ電子顕微鏡を用いてFtsZフィラメントの立体構造を高分解能で決定することにより、FtsZモノマーのコンフォメーションや隣接分子間における相互作用についての情報を得る。それをもとにFtsZフィラメントの運動、形状変化および重合・脱重合との関連について原子レベルでの知見を得ることを目的とする。

Outline of Final Research Achievements

In this study, structure analysis of FtsZ filaments, which are formed during bacterial cell division, was performed using cryo-EM. The observation by negative staining revealed that FtsZ from Klebsiella pneumoniae supplemented with a binding monobody formed relatively thick and stable filaments. After cryo-EM data collection and image analysis, overall map resolution reached 2.67 Å. Two distinct FtsZ protofilaments formed a double-helical structure, and FtsZ-bound monobodies filled the gaps between the protofilaments. These results lead to the molecular basis and mechanism of FtsZ filaments.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

これまでにらせん型のFtsZフィラメントを高分解能で構造決定した例はなく、またその構造はホモログであるチューブリンから構成される微小管に似ているが異なる点もあった。このことは細菌の細胞分裂における構造基盤となる新たな知見を与えるだけでなく、ホモログ間での機能の違いという分子進化の観点からも興味深い。またFtsZは細菌の生存に必須であること、及び今回構造決定に成功したのは病原菌由来のFtsZであることから、その分子機構についての理解を深めることは抗菌薬の開発においても非常に重要である。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • Products Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 3 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Epoxidized graphene grid for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis2023

    • Author(s)
      Fujita Junso、Makino Fumiaki、Asahara Haruyasu、Moriguchi Maiko、Kumano Shota、Anzai Itsuki、Kishikawa Jun-ichi、Matsuura Yoshiharu、Kato Takayuki、Namba Keiichi、Inoue Tsuyoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 2279-2279

    • DOI

      10.1038/s41598-023-29396-0

    • Related Report
      Products Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structures of a FtsZ single protofilament and a double-helical tube in complex with a monobody2023

    • Author(s)
      Junso Fujita, Hiroshi Amesaka, Takuya Yoshizawa, Kota Hibino, Natsuki Kamimura, Natsuko Kuroda, Takamoto Konishi, Yuki Kato, Mizuho Hara, Tsuyoshi Inoue, Keiichi Namba, Shun-ichi Tanaka, Hiroyoshi Matsumura
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 4073-4073

    • DOI

      10.1038/s41467-023-39807-5

    • Related Report
      Products Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Recent Advances and Future Prospect of Electron Cryomicroscopy for Structural Life Sciences2022

    • Author(s)
      牧野文信, 藤田純三, 難波啓一
    • Journal Title

      KENBIKYO

      Volume: 57 Issue: 3 Pages: 101-107

    • DOI

      10.11410/kenbikyo.57.3_101

    • ISSN
      1349-0958, 2434-2386
    • Year and Date
      2022-12-30
    • Related Report
      Products Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A panel of nanobodies recognizing conserved hidden clefts of all SARS-CoV-2 spike variants including Omicron2022

    • Author(s)
      Ryota Maeda, Junso Fujita, Yoshinobu Konishi, Yasuhiro Kazuma, Hiroyuki Yamazaki, Itsuki Anzai, Tokiko Watanabe, Keishi Yamaguchi, Kazuki Kasai, Kayoko Nagata, Yutaro Yamaoka, Kei Miyakawa, Akihide Ryo, Kotaro Shirakawa, Kei Sato, Fumiaki Makino, Yoshiharu Matsuura, Tsuyoshi Inoue, Akihiro Imura, Keiichi Namba, Akifumi Takaori-Kondo
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 669-669

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03630-3

    • Related Report
      Products Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Human antibody recognition and neutralization mode on the NTD and RBD domains of SARS-CoV-2 spike protein2022

    • Author(s)
      Otsubo Ryota、Minamitani Takeharu、Kobiyama Kouji、Fujita Junso、Ito Toshihiro、Ueno Shiori、Anzai Itsuki、Tanino Hiroki、Aoyama Hiroshi、Matsuura Yoshiharu、Namba Keiichi、Imadome Ken-Ichi、Ishii Ken J.、Tsumoto Kouhei、Kamitani Wataru、Yasui Teruhito
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 20120-20120

    • DOI

      10.1038/s41598-022-24730-4

    • Related Report
      Products Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 人工結合タンパク質を用いた細胞分裂タンパク質FtsZの構造解析2023

    • Author(s)
      上村菜月, 藤田純三, 雨坂心人, 吉澤拓也, 黒田奈津子, 原瑞穂, 井上豪, 難波啓一, 田中俊一, 松村浩由
    • Organizer
      第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(JSR2023)
    • Related Report
      Products Report
  • [Presentation] EG-grid : 新規化学修飾グラフェングリッドの開発と応用例2023

    • Author(s)
      藤田純三, 牧野文信, 淺原時泰, 森口舞子, 熊野翔太, 井上豪, 難波啓一
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第79回学術講演会
    • Related Report
      Products Report
    • Invited
  • [Presentation] クライオ電子顕微鏡を用いたFtsZの高分解能構造解析2023

    • Author(s)
      日比野滉太, 藤田純三, 上村菜月, 吉澤拓也, 難波啓一, 松村浩由
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      Products Report
  • [Presentation] 新規化学修飾グラフェングリッドを利用した細胞分裂タンパク質FtsZフィラメントのクライオ電顕構造解析2023

    • Author(s)
      藤田純三, 雨坂心人, 吉澤拓也, 日比野滉太, 牧野文信, 淺原時泰, 森口舞子, 井上豪, 難波啓一, 田中俊一, 松村浩由
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      Products Report
  • [Presentation] 効率的なデータ収集を目指した修飾グラフェングリッド(EG-grid)の開発と応用2022

    • Author(s)
      藤田純三
    • Organizer
      生理研研究会2022「新世代のクライオ電子顕微鏡解析」
    • Related Report
      Products Report
    • Invited
  • [Presentation] 効率的なデータ収集を目指した新たなクライオ電子顕微鏡用グリッドの開発2021

    • Author(s)
      藤田純三
    • Organizer
      BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」
    • Related Report
      Products Report
    • Invited
  • [Book] Histo-Logic Japan Vol.51 No.12023

    • Author(s)
      難波啓一, 藤田純三, 牧野文信, 宮田知子(分担執筆、18-21頁)
    • Total Pages
      31
    • Publisher
      サクラファインテックジャパン株式会社
    • Related Report
      Products Report
  • [Book] クライオ電子顕微鏡ハンドブック2023

    • Author(s)
      藤田純三, 森口舞子, 淺原時泰, 井上豪(分担執筆、55-61頁、難波啓一, 加藤貴之, 牧野文信 監修)
    • Total Pages
      460
    • Publisher
      株式会社エヌ・ティー・エス
    • Related Report
      Products Report

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Published: 2020-09-29   Modified: 2024-03-28  

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