Genomic survey of enteric pathogens in India for developing anti-adhesion therapies
| Project/Area Number |
20KK0183
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| Research Category |
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
飯田 哲也 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (90221746)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
沖 大也 大阪大学, 微生物病研究所, 特任研究員(常勤) (30845285)
河原 一樹 大阪大学, 大学院薬学研究科, 助教 (60585058)
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| Project Period (FY) |
2020-10-27 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2020: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | コレラ菌 / 次世代シーケンサー / インド / 腸管病原体 / コレラ / 下痢症 |
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| Outline of Research at the Start |
世界的に公衆衛生の改善による感染症の制御が進められているが、腸管感染症は未だ乳幼児や高齢者の死亡要因の上位に位置しており、喫緊の課題である。代表的な腸管疾患であるコレラは、年間およそ10万人の死亡が推定され、自然災害や交通網発達などにより流行地からの感染拡大が認められており、先進国も例外ではない。本研究で取り組む大規模ゲノム疫学調査によるコレラ菌の性状及び宿主への付着・定着機構の理解に基づいた付着阻害剤開発は、耐性菌を生み出さない新規のコレラ対策であり、抗生物質やワクチンによる治療が難しい乳幼児や高齢者も対象とした有望な治療法として腸管感染症撲滅に大きく寄与することが期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
急性下痢性疾患の死者数は世界で年間250万人にも上り、その多くは5歳未満の乳幼児である。近年、多くの国では上下水道の整備のため下痢による死亡者数は減少しているものの、その罹患率は依然として高く、インドなどの途上国では年間60万人が亡くなっている。特にコレラに関してはこれまでいくつかのワクチンが開発されてきたが、いずれも十分な予防効果が得られず、近年では薬剤耐性が深刻な問題となり、ワクチンや抗生剤に替わる新たなコレラ対策が求められている。コレラ最大の発生地であるインドにおいて、コレラ菌の流行株のゲノムを明らかとすることはその一歩となる。しかしながら、現地の方から回収した便には、コレラ菌の遺伝子は確認されるものの、絶対量が少なく、ゲノム解析が困難であるケースが多くあった。インドにおける腸管病原体の効率的なゲノム解析手法を開発し、不顕性感染者便や環境試料中の単離できない腸管病原体のゲノム情報を高感度で取得することができれば、コレラ菌を含む腸管病原体の包括的なメタゲノム解析を通して、インド国内における現在の下痢性疾患の流行状況と保有する病原因子・腸管付着因子を調査し、腸管感染症制圧に向けた基本情報を得ることが可能となる。
令和5年度は、コレラ菌の流行株であるEl Tor株のゲノム配列をもとにして、DNAプローブ（Sureselect）の設計開発をおこなった。このDNAプローブは、コレラゲノムを微量しか含まないサンプルから作成したDNAライブラリに用いることで、特異的にコレラゲノムをハイブリダイゼーションし回収効率を向上させることができる。プローブ合成はTwist Bioscience社が実施した。
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Report
(4 results)
Research Products
(7 results)
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[Presentation] Secretion mechanism of the colonization factor via Type IVb pilus TCP from Vibrio cholerae.2023
Author(s)
Hiroya Oki, Kazuki Kawahara, Minato Iimori, Haruka Nishiumi, Takahiro Maruno, Susumu Uchiyama, Shigeaki Matsuda, Takuya Yoshida, Tadayasu Ohkubo, Tetsuya Iida, and Shota Nakamura.
Organizer
ASM Microbe 2023
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