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Phylogeographical study of Cryptomeria japonica using nuclear and organelle DNAs information

Research Project

Project/Area Number 21380102
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Forest science
Research InstitutionForestry and Forest Products Research Institute

Principal Investigator

KONDO Teiji  独立行政法人森林総合研究所, 林木育種センター育種部, 部長 (20370827)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) WATANABE Atsushi  独立行政法人森林総合研究所, 林木育種センター育種部, 室長 (10360471)
MIYAMOTO Naoko  独立行政法人森林総合研究所, 林木育種センター遺伝資源部, 主任研究員 (30370844)
HIRAO Tomonori  独立行政法人森林総合研究所, 森林バイオ研究センター, 研究員 (90457763)
TSUMURA Yoshihiko  独立行政法人森林総合研究所, 森林遺伝研究領域, 領域長 (20353774)
IHARA Tokuko  独立行政法人森林総合研究所, 森林遺伝研究領域, 主任研究員
TAKATA Katsuhiko  秋田県立大学, 木材高度加工研究所, 教授 (50264099)
Project Period (FY) 2009 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2011: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2010: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000)
Fiscal Year 2009: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Keywordsスギ / 系統地理学 / 核DNA / オルガネラDNA / 葉緑体 / オモテスギ / ウラスギ / 環境適応遺伝子 / 葉緑体ゲノム / SNP / ハプロタイプネットワーク / 突然変異率 / 環境適応的遺伝子 / ミトコンドリアゲノム / 父性遺伝 / コアコレクション / GIS / DNAマーカー / 集団構造 / 環境区分
Research Abstract

Phylogeographical study of Cryptomeria japonica was conducted using nuclear and organelle DNA markers. There were two nuclear DNA markers which suggested to be linked to the differentiation between Pacific Oceanside line and Sea of Japan side line. Many SNP(Single Nucleotide Polymorphism) were found in chloroplast DNA. This polymorphism indicated that two large populations differentiated in the past.

Report

(4 results)
  • 2011 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2012 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] An efficient method for developing SNP markers based on EST data combined with high resolution melting(HRM) analysis2011

    • Author(s)
      Ujino-Ihara, T., Y. Taguchi, Y. Moriguchi and Y. Tsumura
    • Journal Title

      BMC Research Notes

      Volume: 3(51) Pages: 1-5

    • Related Report
      2011 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An efficient method for developing SNP markers based on EST data combined with high resolution melting(HRM)analysis2010

    • Author(s)
      Ujino-Ihara, T., Y.Taguchi, Y.Moriguchi, Y.Tsumura
    • Journal Title

      BMC Research Notes (In press)

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 「杉のきた道」のこれまで2012

    • Author(s)
      近藤禎二
    • Organizer
      森林遺伝育種学会第1回シンポジウム
    • Place of Presentation
      宇都宮大学(宇都宮市)
    • Year and Date
      2012-03-29
    • Related Report
      2011 Annual Research Report 2011 Final Research Report
  • [Presentation] オルガネラゲノムを利用したスギの遺伝変異2012

    • Author(s)
      平尾知士, 他
    • Organizer
      森林遺伝育種学会第1回シンポジウム
    • Place of Presentation
      宇都宮大学(宇都宮市)
    • Year and Date
      2012-03-29
    • Related Report
      2011 Annual Research Report 2011 Final Research Report
  • [Presentation] 核遺伝子から明らかになったスギの遺伝構造と地域環境適応2012

    • Author(s)
      津村義彦
    • Organizer
      森林遺伝育種学会第1回シンポジウム
    • Place of Presentation
      宇都宮大学(宇都宮市)
    • Year and Date
      2012-03-29
    • Related Report
      2011 Annual Research Report 2011 Final Research Report
  • [Presentation] スギ天然林を利用した環境適応的遺伝子の検出2011

    • Author(s)
      津村義彦, 他
    • Organizer
      第122回日本森林学会
    • Place of Presentation
      静岡大学(静岡市)
    • Year and Date
      2011-03-27
    • Related Report
      2011 Final Research Report
  • [Presentation] スギ天然林を利用した環境適応的遺伝子の検出2011

    • Author(s)
      津村義彦・内山憲太郎・上野真義・伊原徳子
    • Organizer
      日本森林学会(第122回大会)
    • Place of Presentation
      静岡大学(静岡市)
    • Year and Date
      2011-03-27
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] スギ葉緑体ゲノムにおける進化速度の検証2010

    • Author(s)
      三嶋賢太郎・平尾知士・宮本尚子・渡辺敦史・近藤禎二・高田克彦
    • Organizer
      日本森林学会
    • Place of Presentation
      筑波大学(発表予定)
    • Year and Date
      2010-04-04
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] GISが開く森林資源の新たな評価法2010

    • Author(s)
      宮本尚子・高橋誠・渡辺敦史
    • Organizer
      日本森林学会
    • Place of Presentation
      筑波大学(発表予定)
    • Year and Date
      2010-04-04
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Book] コンサイス木材百科2011

    • Author(s)
      平尾知士, 他
    • Publisher
      秋田文化出版株式会社
    • Related Report
      2011 Final Research Report
  • [Book] コンサイス木材百科(秋田県立大学・木材高度加工研究所編)スギ天然林の遺伝変異2011

    • Author(s)
      三嶋賢太郎、高田克彦
    • Publisher
      秋田文化出版株式会社
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Book] コンサイス木材百科(秋田県立大学・木材高度加工研究所編)スギ葉緑体ゲノムの構造2011

    • Author(s)
      平尾知士、高田克彦
    • Publisher
      秋田文化出版株式会社
    • Related Report
      2010 Annual Research Report

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Published: 2009-04-01   Modified: 2016-04-21  

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