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RNA/DNAハイブリッド特異的結合リガンドの創製と小分子RNA解析

Research Project

Project/Area Number 21655023
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Analytical chemistry
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

西澤 精一  東北大学, 大学院・理学研究科, 准教授 (40281969)

Project Period (FY) 2009 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2009: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
KeywordsマイクロRNA / ハイブリッド / 相互作用 / リガンド / 検出 / 脱塩基部位 / 蛍光 / A型構造
Research Abstract

本研究は、『マイクロRNA(miRNA)を標的とする核酸結合リガンドを創製、これをベースにPCR増幅を不要とするmiRNA解析法を開発すること』を目的とする。具体的には、miRNAと相補的な塩基配列を有する脱塩基部位含有プローブRNA(あるいはDNA)をハイブリダイゼーションさせることで、RNA/RNA二重鎖(RNA/DNAハイブリッド)を形成、形成したRNA/RNA二重鎖(RNA/DNAハイブリッド)を蛍光性リガンドで検出するもので、核酸プローブ中に脱塩基部位を設けることで、標的RNA/RNA二重鎖(RNA/DNAハイブリッド)の特異的かつ高感度検出が可能になると期待できる。
昨年度までに、蛍光性ジアミノピラジン誘導体(アミロライド)をmiRNA検出に適用しうることを見出していたが(励起380nm、検出414nm)、本年度は、アミロライドをベースとして蛍光応答特性の改良を進めた。その結果、疎水場感受性色素(DBD)をジアミノピラジン骨格に連結することで、長波長検出(~550nm)に対応した蛍光性リガンドを開発することに成功した。1et-7aを標的とした場合、0.22pmol(1.2ng)のmiRNA検出が可能であり、既存のノーザンブロッティング法とほぼ同程度の検出感度(~ng)を有している。今後、さらにリガンドの改良を進めることで、PCR増幅を不要とするmiRNA解析法になりうると期待できる。

Report

(2 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2010 2009

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (27 results)

  • [Journal Article] Abasic site-based DNA aptamers for analytical applications2010

    • Author(s)
      S.Nishizawa, Y.Sato, Z.Xu, K.Morita, M.Li, N.Teramae
    • Journal Title

      Supramolecular Chemistry

      Volume: 22 Pages: 467-476

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      2010 Annual Research Report
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  • [Presentation] Abasic Site-Based DNA Aptamers for Analytical Applications2010

    • Author(s)
      S.Nishizawa, N.Teramae
    • Organizer
      The 2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-12-17
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    • Author(s)
      S.Nishizawa, N.Teramae
    • Organizer
      The 2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-12-17
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  • [Presentation] Design of label-free molecular beacons based on an abasic site-binding fluorescent molecule2010

    • Author(s)
      Y.Sato, S.Nishizawa, N.Teramae
    • Organizer
      The 2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-12-17
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  • [Presentation] Highly strong binding of 2-amino-1, 8-naphthyidines to an abasic site in RNA duplex and their application to the detection of non-coding microRNA2010

    • Author(s)
      M.Kudo, Y.Sato, S.Nishizawa, N.Teramae
    • Organizer
      The 2010 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(PACIFICHEM 2010)
    • Place of Presentation
      Honolulu, hawaii, USA
    • Year and Date
      2010-12-17
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  • [Presentation] 核酸/リガンド相互作用解析と分析化学的応用2010

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      GEヘルスケアジャパンセミナーBIA Symposium in仙台
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      東北大学医学部艮陵会館
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      2010-10-26
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      工藤恵, 佐藤雄介, 西澤精一, 寺前紀夫
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      第4回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
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      佐藤雄介, 市橋俊希, 茂木志生乃, 西澤精一, 寺前紀夫
    • Organizer
      第4回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
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      2010-09-25
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      S.Nishizawa, N.Teramae
    • Organizer
      2^<nd> Japanese-Russian Young Scientists Conference on Nano-Materials and Nano-Technology
    • Place of Presentation
      Tokyo Institute of Technology, Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2010-09-21
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      佐藤雄介, 市橋俊希, 西澤精一, 寺前紀夫
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      日本分析化学会第59年会
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      東北大学川内キャンパス
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      2010-09-17
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      工藤恵, 佐藤雄介, 西澤精一, 寺前紀夫
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      日本分析化学会第59年会
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      東北大学川内キャンパス
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      2010-09-15
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      Chunxia Wang, Yusuke Sato, Sara Miura, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae
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      Tohoku University Global Center of Excellence Program Summer School 2010
    • Place of Presentation
      Tohoku University
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  • [Presentation] 脱塩基部位含有RNA二重鎖1蛍光性リガンド相互作用解析と小分子RNA検出2010

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      工藤恵, 佐藤雄介, 西澤精一, 寺前紀夫
    • Organizer
      平成22年度 日本分析化学会東北支部「若手交流会」
    • Place of Presentation
      秋田大学ベンチャービジネスラボラトリー
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      市橋俊希、佐藤雄介、西澤精一、寺前紀夫
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      「テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術」第5回公開シンポジウム
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      日本科学未来館みらいCANホール
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      「テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術」第5回公開シンポジウム
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      日本科学未来館みらいCANホール
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      2009-08-03
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  • [Presentation] 蛍光性ナフチリジン誘導体とRNA A-siteとの相互作用解析2009

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      六川正文、市橋俊希、佐藤雄介、西澤精一、寺前紀夫
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      「テーラーメイド医療を目指したゲノム情報活用基盤技術」第5回公開シンポジウム
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      日本科学未来館みらいCANホール
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  • [Presentation] RNA A-site構造と蛍光性ナフチリジン誘導体との相互作用解析2009

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      六川正文、市橋俊希、佐藤雄介、西澤精一、寺前紀夫
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      みちのく分析科学シンポジウム2009
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      珍田裕佳、佐藤雄介、西澤精一、寺前紀夫
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      みちのく分析科学シンポジウム2009
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      東北大学青葉記念会館
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      2009-07-25
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      西澤精一
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      2009-05-17
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      珍田裕佳、佐藤雄介、西澤精一、寺前紀夫
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    • Place of Presentation
      九州大学医系キャンパス・百年記念講堂
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Published: 2009-04-01   Modified: 2016-04-21  

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