Methods for detecting differentially expressed genes with reproducibility, sensitivity, and specificity from microarray data

• Project/Area Number: 21710208
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: ゲノム情報科学
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: KADOTA Koji 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
• Project Period (FY): 2009 – 2011
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2011)
• Budget Amount: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000); Fiscal Year 2011: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000); Fiscal Year 2010: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2009: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / マイクロアレイ / 遺伝子発現

Research Abstract

In order to increase sensitivity, specificity, and reproducibility in microarray analyses, researchers need to select suitable combinations of preprocessing algorithms and gene ranking methods. We recommend the use of WAD for the purpose.

Research Products

• [Journal Article] Evaluating methods for ranking differentially expressed genes applied to MicroArray Quality Control data (2011)
  • Author(s): Kadota K and Shimizu K
  • Journal Title: BMC Bioinformatics Volume: 12 Issue: 1 Pages: 227-227
  • DOI: 10.1186/1471-2105-12-227
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy (2010)
  • Author(s): Ishikawa K, Yoshida S, Kadota K, Nakamura T, Niiro H, Arakawa S, Yoshida A, Akashi K, Ishibashi T
  • Journal Title: Investigative Ophthalmology & Visual Science Volume: 51(8) Issue: 8 Pages: 4307-4319
  • DOI: 10.1167/iovs.09-4605
• [Journal Article] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption (2010)
  • Author(s): Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N
  • Journal Title: Journal of Biochemistry Volume: 147(2) Issue: 2 Pages: 175-184
  • DOI: 10.1093/jb/mvp160
  • NAID: 10027873640
• [Journal Article] Gene Expression Profile of Hyperoxic/Hypoxic Retinas in Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy. (2010)
  • Author(s): Ishikawa, K.
  • Journal Title: Investigative Ophthalmology and Visual Science Volume: 51 Pages: 4307-4319
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption (2010)
  • Author(s): Minamoto, T.
  • Journal Title: Journal of Biochemistry 147 Pages: 175-184
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ketogenic diet disrupts the circadian clock and increases hypofibrinolytic risk by inducing expression of plasminogen activator inhibitor-1 (2009)
  • Author(s): Oishi K, Uchida D, Ohkura N, Doi R, Ishida N, Kadota K, Horie S
  • Journal Title: Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology Volume: 29 Issue: 10 Pages: 1571
  • DOI: 10.1161/atvbaha.109.190140
• [Journal Article] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data (2009)
  • Author(s): Ishii S, Kadota K, Senoo K
  • Journal Title: Journal of Microbiological Methods Volume: 78(3) Issue: 3 Pages: 344-350
  • DOI: 10.1016/j.mimet.2009.07.005
• [Journal Article] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity (2009)
  • Author(s): Kadota K, Nakai Y, Shimizu K
  • Journal Title: Algorithms for Molecular Biology Volume: 4 Issue: 1 Pages: 7-7
  • DOI: 10.1186/1748-7188-4-7
• [Journal Article] Ranking differentially expressed genes from Affymetrix gene expression data : methods with reproducibility, sensitivity, and specificity (2009)
  • Author(s): Kadota, K.
  • Journal Title: Algorithms for Molecular Biology 4 Pages: 7-7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of a clustering-based peak alignment algorithm to analyze various DNA fingerprinting data (2009)
  • Author(s): Ishii, S.
  • Journal Title: Journal of Microbiological Methods 78 Pages: 344-350
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ketogenic Diet Disrupts the Circadian Clock and Increases Hypofibrinolytic Risk by Inducing Expression of Plasminogen Activator Inhibitor-1 (2009)
  • Author(s): Oishi, K.
  • Journal Title: Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology 29 Pages: 1571-1577
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Rでトランスクリプトーム解析, 2011年度HPCIチュートリアルセミナー (2012)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 生命情報工学研究センター
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2012-03-09
• [Presentation] Rでトランスクリプトーム解析 (2012)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 2011年度HPCIチュートリアルセミナー
  • Place of Presentation: 生命情報工学研究センター(東京都)
  • Year and Date: 2012-03-09
• [Presentation] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～ (2012)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
  • Place of Presentation: 理化学研究所横浜研究所(神奈川)
  • Year and Date: 2012-02-22
• [Presentation] Rによるトランスクリプトーム解析～NGS由来塩基配列データを自在に解析する～ (2012)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会
  • Place of Presentation: 理化学研究所横浜研究所(神奈川県)
  • Year and Date: 2012-02-22
• [Presentation] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較,新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」 (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
  • Place of Presentation: 金沢大学(石川)
  • Year and Date: 2010-12-28
• [Presentation] RNAseqによる定量的解析とqPCR、マイクロアレイなどとの比較 (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 新学術領域研究「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」・複合適応形質進化インフォマティクスオープンセミナー
  • Place of Presentation: 金沢大学(石川)
  • Year and Date: 2010-12-28
• [Presentation] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術～私の相場観～,日本バイオインフォマティクス学会 (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 第2回アグリバイオインフォマティクス研究会第1部
  • Place of Presentation: 琉球大学(沖縄)
  • Year and Date: 2010-09-17
• [Presentation] トランスクリプトーム解析におけるバイオインフォマティクス要素技術-私の相場観- (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 日本バイオインフォマティクス学会・第2回アグリバイオインフォマティクス研究会
  • Place of Presentation: 琉球大学(沖縄)
  • Year and Date: 2010-09-17
• [Presentation] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺 (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
  • Place of Presentation: 東京大学(東京)
  • Year and Date: 2009-10-21
• [Presentation] トランスクリプトームデータの解析戦略とその周辺 (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 東京大学大学院農学生命科学研究科第36回アグリバイオインフォマティクスセミナー
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-10-21
• [Presentation] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 東京大学ILSI Japan寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
  • Place of Presentation: 東京大学(東京)
  • Year and Date: 2009-05-13
• [Presentation] 感度・特異度・再現性高く発現変動遺伝子を検出するための推奨ガイドライン (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 東京大学ILSI Japan 寄付講座「機能性食品ゲノミクス」公開シンポジウム・食品の機能予測とニュートリゲノミクス
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-05-13
• [Presentation] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について,東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: マイクロアレイデータ解析講習会
  • Place of Presentation: 東京大学(東京)
• [Presentation] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析 (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 基礎生物学研究所 バイオインフォマティクス・トレーニングコース 2009
  • Place of Presentation: 岡崎
• [Presentation] マイクロアレイデータ解析結果の正しい?! 解釈について (2009)
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム・マイクロアレイデータ解析講習会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析
  • Author(s): 門田幸二
  • Organizer: 基礎生物学研究所バイオインフォマティクス・トレーニングコース2009
  • Place of Presentation: 基礎生物学研究所(愛知)
• [Book] Clustering-based peak alignment algorithm for objective and quantitative analysis of DNA fingerprinting data. Handbook of Molecular Microbial Ecology I : Metagenomics and complementary approaches (2011)
  • Author(s): Ishii S, Kadota K, Senoo K
  • Publisher: Wiley-Blackwell
• [Book] データ解析総論,バイオチップ実用化ハンドブック (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Publisher: NTS
• [Book] バイオチップ実用化ハンドブック (2010)
  • Author(s): 門田幸二
  • Publisher: NTS
• [Remarks] 研究代表者ホームページ
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [Remarks]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [Remarks]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/