Molecular ecological study on fixing carbon dioxides by an ammonia-oxidizing archaea in natural ecosystems

• Project/Area Number: 21770028
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Ecology/Environment
• Research Institution: Nihon University
• Principal Investigator: NAKAGAWA Tatsunori 日本大学, 生物資源科学部, 講師 (40434104)
• Project Period (FY): 2009 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000); Fiscal Year 2012: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000); Fiscal Year 2011: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2010: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000); Fiscal Year 2009: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
• Keywords: 分子生態 / アンモニア酸化性アーキア / 二酸化炭素固定 / Acetyl-CoA-Carboxylase / 硝化 / 4-Hydroxybutyryl-CoA dehydratase / 安定同位体DNAプローブ法 / 密度勾配遠心分離法 / 古細菌 / アンモニア酸化性バクテリア / アセチルCoAカルボキシラーゼ / 安定同位体

Research Abstract

To investigate the abundance of ammonia-oxidizing archaea to be able to fix carbon dioxide in nature, the following experiments were conducted.(1)establishment of ammonia-oxidizing archaea culture ,(2)bicarbonate fixation of ammonia-oxidizing archaea by using stable isotope probing method,(3)transcription involved in fixation carbon dioxide toward low ammonium. These analyses suggested the fixation carbon dioxide by ammonia-oxidiaing archaea in nature.

Research Products

• [Journal Article] Enrichment of a Novel Marine Ammonia-Oxidizing Archaeon Obtained from Sand of an Eelgrass Zone (2011)
  • Author(s): Matsutani,N.,T.nakagawa, k.akamura,R.Takahashi,K.Yoshihara and T.Tokuyama.
  • Journal Title: Microbes and Environments Volume: 26 Issue: 1 Pages: 23-29
  • DOI: 10.1264/jsme2.ME10156
  • NAID: 10028098734
  • ISSN: 1342-6311, 1347-4405
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Enrichment of a novel marine ammonia-oxidizing archaeon obtained from sand of an eelgrass zone (2011)
  • Author(s): Matsutani, N., T.Nakagawa, et al.
  • Journal Title: Microbes and Environments Volume: 26 Pages: 23-29
  • NAID: 10028098734
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Influence of ammonium concentration on amoA mRNA levels of ammonia-oxidizing archaea within sand of an eelgrass zone (Shimoda,Japan) (2012)
  • Author(s): Nakagawa T,Y Ando,R Ihii,R Takahashi.
  • Organizer: 14th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: デンマーク、コペンハーゲン
• [Presentation] Influence of ammonium concentration on amoA mRNA levels of ammo-nia-oxidizing archaea within sand of an eelgrass zone. (2012)
  • Author(s): Nakagawa T,Y Ando,R Takahashi.
  • Organizer: asm2012 112th General Meeting
  • Place of Presentation: アメリカサンフランシスコ
• [Presentation] 海洋性アンモニア酸化アーキアNitrosopumilus sp.NM25の炭酸固定とアンモニア酸化. (2011)
  • Author(s): 中村恭子、高橋令二、中川達功
  • Organizer: 第27回日本微生物生態学会大会.
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2011-10-08
• [Presentation] 海洋性アンモニア酸化アーキア'Nitrosopumilus sp.' NM25の重炭酸固定とアンモニア酸化 (2011)
  • Author(s): 中村恭子、中川達功、高橋令二
  • Organizer: 第27回日本微生物生態学会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 2011-10-08
• [Presentation] 静岡県下田市田ノ浦湾のアマモ群落底砂におけるアンモニア酸化性微生物のアンモニア酸化活性に対するアンモニア濃度の影響 (2010)
  • Author(s): 中川達功,安藤善史、石井涼、吉原喜好、高橋令二、徳山龍明
  • Organizer: 第26回日本微生物生態学会大会.
  • Place of Presentation: 筑波大学
  • Year and Date: 2010-11-25
• [Presentation] 安定同位体プローブ法を用いた海洋性アンモニア酸化アーキア'Nitrosopumilus sp'NM25の炭酸固定の解析. (2010)
  • Author(s): 中村恭子 中川達功 高橋令二 特山龍明
  • Organizer: 第62回日本生物工学会大会.
  • Place of Presentation: 宮崎シーガイア
  • Year and Date: 2010-10-28
• [Presentation] 海洋性アンモニア酸化アーキア集積培養系の確立とその群集構造解析. (2010)
  • Author(s): 中川達功 、松戸直樹,中村恭子 高橋令二 ,吉原喜好、特山龍明
  • Organizer: 第62回日本生物工学会大会.
  • Place of Presentation: 宮崎シーガイア.
  • Year and Date: 2010-10-28
• [Presentation] 安定同位体プローブ法を用いた海洋性アンモニア酸化アーキア'Nitrosopumilus sp.'NM25の炭酸固定の解析 (2010)
  • Author(s): 中村恭子、中川達功、高橋令二、徳山龍明
  • Organizer: 日本生物工学会
  • Place of Presentation: 宮崎シーガイア(宮崎県)
  • Year and Date: 2010-10-28
• [Presentation] A novel marine ammonia-oxidizing crenarchaeote 'Candidatus Nitro-sopumilus sp.NM25'enriched under high ammonium concentration. (2010)
  • Author(s): Nakagawa T., NMatsutani, K Nakamura R Takahashi, K Yoshihara,T Tokuyama.
  • Organizer: The 13th International Symposium on Microbial Ecology.
  • Place of Presentation: アメリカ・シアトル
  • Year and Date: 2010-08-26
• [Presentation] 海水性アンモニア酸化アーキア集積培養系の確立とその群集構造解析. (2009)
  • Author(s): 松谷直樹、安藤善史、中川達功、高橋令二、吉原喜好、徳山龍明.
  • Organizer: 第25回日本微生物生態学会大会.
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] 海水性アンモニア酸化アーキアの集積培養系の確立とその群集構造解析 (2009)
  • Author(s): 松谷直樹、安藤善史、中川達功、高橋令二、吉原喜好、徳山龍明
  • Organizer: 第25回日本微生物生態学会大会
  • Place of Presentation: 広島大学
  • Year and Date: 2009-11-21
• [Presentation] アマモ群落底砂由来のアンモニア酸化アーキアの培養系と現場底砂の群集構造比較. (2009)
  • Author(s): 松谷直樹、安藤善史、中川達功、高橋令二、吉原喜好、徳山龍明.
  • Organizer: 第61回日本生物工学会大会.
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2009-09-24