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Omics analyses for understanding multiple functions of membrane lipids

Research Project

Project/Area Number 21H02128
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38040:Bioorganic chemistry-related
Research InstitutionHiroshima University (2022-2023)
The University of Tokyo (2021)

Principal Investigator

Shinichi Nishimura  広島大学, 統合生命科学研究科(生), 教授 (30415260)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥8,970,000 (Direct Cost: ¥6,900,000、Indirect Cost: ¥2,070,000)
Keywords膜脂質 / 生理活性化合物 / 化学遺伝学 / ケミカルバイオロジー
Outline of Research at the Start

細胞の内外を仕切り、細胞内をコンパートメント化する生体膜は、重量にして約50%を脂質が占める。脂質は抗生物質や代謝疾患治療薬の標的であることからも、その機能の理解が求められる。ところが、タンパク質とは異なりゲノムに直接コードされていないため、遺伝学的アプローチのみで機能を理解することは難しい。本研究では脂質に作用して特徴的な表現型を示す生理活性化合物に着目し、それらの作用機序を各種のオミクス解析を基盤に解析することで、生体膜脂質の機能の多面性を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Modes of action of bioactive compounds that act on lipids and show unique phenotypes were analyzed on the basis of various omics analyses, aiming to clarify the multifaceted nature of the functions of membrane lipids. By analyzing the action of theonellamide, a marine natural product that binds to membrane sterols and exhibits potent antifungal activity, we demonstrated that membrane sterols regulate the activity of low molecular weight GTPases. Analyses of the action of antifungal, odd-chain fatty acids revealed that abnormal unsaturation degree of membrane lipids causes aberrant ER morphology, which is likely one of the causes of cytotoxicity. Furthermore, we found an antifungal compound that has a completely different chemical structure from theonellamide but exhibits a similar cellular phenotype, obtaining a new tool molecule for the functional analysis of membrane lipids.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

脂質は抗生物質や代謝疾患治療薬の標的であることからも、その機能の理解が求められるが、脂質分子の化学修飾によるプローブ化は脂質の本来の性質を失わせることが多く、また、タンパク質とは異なりゲノムに直接コードされていないため、遺伝学的アプローチで十分な機能解析を行うことは困難である。本研究では、脂質に作用して特徴的な表現型を示す化合物の作用機序を各種のオミクス解析を基盤に解析することで、生体膜脂質の機能の一端を明らかにすることが出来た。また抗真菌剤として利用されている化合物の新たな生物活性を見出しており、今後、医薬品の作用機序のより深い理解が可能になると期待できる。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] サラマンカ大学(スペイン)

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] サラマンカ大学(スペイン)

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      2022 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] サラマンカ大学(スペイン)

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Omics analyses of the cell membrane using marine natural products2024

    • Author(s)
      Nishimura, S.
    • Organizer
      Gordon Research Conference -Marine Natural Products-
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Lipotoxicity induced by pentadecanoic acid in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe.2024

    • Author(s)
      Hoshikawa, Y., Shirota, N., Matsuyama, A., Kimura, S., Li, S., Yashiroda, Y., Boone, C., Tsugawa, H., Arita, M., Yoshida, M., Nishimura, S.
    • Organizer
      Gordon Research Conference -Marine Natural Products-
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 分裂酵母Schizosaccharomyces pombeにおいてペンタデカン酸が誘導する脂肪毒性.2024

    • Author(s)
      星川陽次郎、代田夏帆、松山晃久、木村聡、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、津川裕司、有田誠、吉田稔、西村慎一.
    • Organizer
      日本農芸化学会 2024年度東京大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Exogenous pentadecanoic acid perturbs the membrane lipid profile to generate the giant endoplasmic reticulum sheet.2023

    • Author(s)
      Hoshikawa, Y., Matsuyama, A., Li, S., Yashiroda, Y., Boone, C., Tsugawa, H., Arita, M., Yoshida, M., & Nishimura, S.
    • Organizer
      The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Activation of Cdc42 and accumulation of Bgs proteins at growing tips by theonellamides, marine-derived antifungals.2023

    • Author(s)
      Nishimura, S., Nakao, K., Suganaga, A., Hiratsuka, T., Yashiroda, Y., Matsuyama, A., & Yoshida, M.
    • Organizer
      The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 奇数鎖脂肪酸による分裂酵母の小胞体の異常形態と膜リン脂質組成の攪乱.2022

    • Author(s)
      星川陽次郎、西村慎一、松山晃久、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、津川裕司、有田誠、吉田稔.
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ステロール標的型天然物セオネラミドが示す細胞壁異常の制御因子の解析.2022

    • Author(s)
      中尾拳典、西村慎一、菅長昭文、松山晃久、吉田稔.
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 奇数鎖脂肪酸による分裂酵母の脂質組成の攪乱および小胞体の形態異常.2022

    • Author(s)
      星川陽次郎、西村慎一、松山晃久、リ・シーナ、八代田陽子、ブーン・チャールズ、津川裕司、有田誠、吉田稔.
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ステロール標的型天然物セオネラミドによるアクチン骨格と膜輸送の変調.2021

    • Author(s)
      中尾拳典、西村慎一、菅長昭文、松山晃久、吉田稔.
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第54回研究報告会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 奇数鎖脂肪酸による分裂酵母の脂質代謝攪乱と細胞分裂阻害.2021

    • Author(s)
      星川陽次郎、西村慎一、松山晃久、Sheena Li、八代田陽子、Charles Boone、津川裕司、有田誠、吉田稔.
    • Organizer
      第 63 回 日本脂質生化学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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