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Comprehensive analysis of the sphingolipid recycling pathway based on genome-wide screening

Research Project

Project/Area Number 21H02435
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
Research InstitutionNational Institute of Infectious Diseases

Principal Investigator

YAMAJI Toshiyuki  国立感染症研究所, 細胞化学部, 室長 (50332309)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 谷田 以誠  順天堂大学, 医学部, 先任准教授 (30296868)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Keywordsスフィンゴ脂質 / サルベージ経路 / CRISPRライブラリー / ゲノムワイド探索 / リソソーム / 血清 / ゲノムワイドスクリーニング
Outline of Research at the Start

生体膜脂質の重要な構成成分であるスフィンゴ脂質は、新生経路(de novo経路)の他、血中・細胞膜由来のスフィンゴ脂質がリソソーム分解を経て再利用される経路(サルベージ経路)により生合成される。本研究ではサルベージ経路に焦点を当て、申請者がゲノムワイドな探索で同定したこの経路に関与する遺伝子候補群を生化学的・細胞生物学的に解析することで、スフィンゴ脂質のリソソームから生合成の場である小胞体に至る輸送機構の全容解明を行う。具体的には候補遺伝子の遺伝子破壊細胞を複数作製し、それぞれの細胞におけるスフィンゴ脂質代謝の変化、及び細胞内小器官への影響を解析する。

Outline of Final Research Achievements

We established cells that express glycolipids in a serum sphingolipid-dependent manner, i.e., the sphingolipid recycling metabolic pathway can be easily traced, and identified genes involved in the recycling pathway comprehensively by a genome-wide CRISPR KO screen using these cells. Lipid analysis using KO cell lines of the identified genes revealed strong contributions to the salvage pathway, especially in the LDL receptor, acid sphingomyelinase (SMPD1), and sphingosine monophosphate phosphatase (SGPP1). Several factors involved in intracellular trafficking, including NPC1, were also found to contribute to the salvage pathway, although to a lesser extent than the above factors.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究はスフィンゴ脂質代謝の基礎研究のみならず、リソソームの細胞生物学的研究及びリソソーム病(脂質蓄積症)解析等、より広い研究分野において重要な知見をもたらす。さらにスフィンゴ脂質の代謝バランスは糖尿病等の生活習慣病に影響を及ぼすことから、本研究における血清由来スフィンゴ脂質の代謝機構解明が、これらの疾患に対してスフィンゴ脂質制御による治療を考える上での有用な知見をもたらすものと期待する。

Report

(3 results)
  • 2023 Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Construction of Sphingolipid Remodeled Cells by Genome Editing2023

    • Author(s)
      Yamaji T, Homma Y
    • Journal Title

      Method Mol Biol

      Volume: 2613 Pages: 111-125

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2910-9_10

    • ISBN
      9781071629093, 9781071629109
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hyperosmotic Stress Induces Phosphorylation of CERT and Enhances Its Tethering Throughout the Endoplasmic Reticulum2022

    • Author(s)
      Shimasaki K, Kumagai K, Sakai S, Yamaji T, Hanada K
    • Journal Title

      Int J Mol Sci

      Volume: 23 Issue: 7 Pages: 4025-4025

    • DOI

      10.3390/ijms23074025

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Compartmentalization of casein kinase 1 γ CSNK1G controls the intracellular trafficking of ceramide2022

    • Author(s)
      Goto A, Sakai s, Mizuike A, Yamaji T, Hanada K
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Issue: 7 Pages: 164624-164624

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104624

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Involvement of a cluster of basic amino acids in phosphorylation-dependent functional repression of the ceramide transport protein CERT2022

    • Author(s)
      Goto A, Egawa D, Tomishige N, Yamaji T, Shimasaki K, Kumagai K, Hanada K
    • Journal Title

      Int J Mol Sci

      Volume: 23 Issue: 15 Pages: 8576-8576

    • DOI

      10.3390/ijms23158576

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of SYS1 as a Host Factor Required for Shiga Toxin-Mediated Cytotoxicity in Vero Cells2021

    • Author(s)
      Sakuma Chisato、Sekizuka Tsuyoshi、Kuroda Makoto、Hanada Kentaro、Yamaji Toshiyuki
    • Journal Title

      Int J Mol Sci

      Volume: 22 Issue: 9 Pages: 4936-4936

    • DOI

      10.3390/ijms22094936

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] カゼインキナーゼ 1γ の C 末端脂質修飾に依存した細胞内局在変化がスフィ ンゴミエリン生合成におけるセラミド輸送を制御する2022

    • Author(s)
      後藤麻子、酒井祥太、水池彩、山地俊之、花田賢太郎
    • Organizer
      第64回脂質生化学会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] C10orf76-PI4KB軸によって遠位ゴルジ体へのCERT依存性セラミド輸送が組織化される2022

    • Author(s)
      水池 彩、酒井 祥太、加藤 薫、山地 俊之、花田 賢太郎
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
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  • [Presentation] Casein kinase 1γの分布区画化が小胞体―ゴルジ体間セラミド輸送を制御する2022

    • Author(s)
      後藤麻子、酒井祥太、水池彩、山地俊之、花田賢太郎
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      第15回セラミド研究会学術集会・第16回スフィンゴテラピィ研究会合同年会
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  • [Presentation] 極長鎖セラミド依存的なネクロプトーシスの誘導2022

    • Author(s)
      北谷和之、小木曽悠里、山澤龍治、伊藤 潔、松田将也、山地俊之、花田賢太郎、坂本 渉、Daniel Canals、Yusuf A. Hannun、奈邉 健
    • Organizer
      第15回セラミド研究会学術集会・第16回スフィンゴテラピィ研究会合同年会
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  • [Presentation] ヒトマクロファージによる抗酸菌の殺菌機構における極長鎖脂肪酸鎖を有するスフィンゴ脂質の役割について2022

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      花房慶、中山仁志、山地俊之、岩渕和久
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      第15回セラミド研究会学術集会・第16回スフィンゴテラピィ研究会合同年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 小胞体-ゴルジ体間セラミド輸送の場の多様性2022

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      水池 彩、酒井 祥太、加藤 薫、山地 俊之、花田 賢太郎
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      第45回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 合成糖鎖提示手法を用いた糖鎖-ガレクチン相互作用によるタンパク質動態制御2021

    • Author(s)
      三浦彩音、樺山一哉、真鍋良幸、三宅秀斗、白川明日香、初村洋紀、山地俊之、鈴木健一、深瀬浩一
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      第15回ケミカルバイオロジー学会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] カゼインキナーゼ1γのC末端領域依存的な細胞内局在の変化がスフィンゴミエリン生合成におけるセラミド輸送に影響を及ぼす2021

    • Author(s)
      後藤麻子, 水池彩, 山地俊之, 花田賢太郎
    • Organizer
      第73回日本細胞生物学会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 生細胞表層への合成糖鎖導入および糖鎖-レクチン相互作用の分子化学的解析2021

    • Author(s)
      三浦彩音、樺山一哉、真鍋良幸、三宅秀斗、白川明日香、初村洋紀、山地俊之、鈴木健一、深瀬浩一
    • Organizer
      第40回日本糖質学会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト脳脊髄液には志賀毒素と反応する新奇糖脂質が存在する2021

    • Author(s)
      秋山央子、山地俊之、水谷泰彰、新美芳樹、武藤多津郎、上口裕之、平林義雄
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ANXA1をキャリアとした細胞内で作用する標的結合タンパク質の創出2021

    • Author(s)
      内野美佳子、黒澤静霞、山地俊之、相川京子
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 小胞体-ゴルジ体間セラミド輸送ゾーンの形成に重要なPI4KB結合因子の解析2021

    • Author(s)
      水池彩、酒井祥太、 加藤薫、山地俊之、花田賢太郎
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Quantitative Analysis of Galectin-dependent Glycoprotein Dynamics by using Synthetic Glycan Displaying System on the Cell Surface2021

    • Author(s)
      Ayane Miura, Kazuya Kabayama, Yoshiyuki Manabe, Shuto Miyake, Asuka Shirakawa, Hiroki Shomura, Toshiyuki Yamaji, Kenichi G.N. Suzuki, Koichi Fukase
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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