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Dynamic Structural Analysis of Protein Translocation Across Membrane by Cryo-EM

Research Project

Project/Area Number 21H02452
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

津下 英明  京都産業大学, 生命科学部, 教授 (40299342)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川野 竜司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90401702)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥13,000,000 (Direct Cost: ¥10,000,000、Indirect Cost: ¥3,000,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Keywords二成分毒素 / タンパク質膜透過機構 / クライオ電子顕微鏡 / 電気生理 / ADPリボシル化 / ディフィシル菌 / タンパク質膜透過 / アンフォールディング / クライオ 電子顕微鏡 / 動的構造解析 / 膜孔形成毒素 / トキシン透過システム
Outline of Research at the Start

クロストリジウムが持つ二成分毒素の共通のタンパク質膜透過機構を明らかにする。二成分毒素はアクチンを特異的ADPリボシル化する毒素Iaとこれを細胞内へ膜透過させる装置Ibからなる。タンパク質の膜透過させる装置の分子機構の理解は進んでいない。その理由は「膜透過装置と基質タンパク質複合体を用いて、膜透過の動的な過程を原子分解能で捉える」ことが難しい事による。すでに研究を進めている二成分毒素複合体の系を用いて、膜透過の動的な複合体の構造をクライオ電子顕微鏡による単粒子解析で明らかにし、電気生理、膜透過したタンパク質の活性測定を通じて、タンパク質膜透過機構の詳細を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

タンパク質の膜透過の機構の詳細はわかっていない。原核生物からヒトまでタンパク質をアンフォールドさせて透過する装置はいくつか存在するが、まだそのタンパク質透過機構の詳細は不明である。その理由は透過装置と基質タンパク質との複合体の構造の詳細がわかっていないことと、さらに次の透過の動的構造がわかっていないことによる。C. perfringens の二成分毒素であるイオタ毒素(ADPリボシル化毒素Iaとその細胞内への透過装置Ib)の構造解析を行なった(2020NSMB)。IaがIbへ結合してN末端が解けたIb膜孔の構造は、透過の最初の段階と考えられ、膜透過装置がシャペロンの働きを持つことを初めて示した。二成分毒素としてヒト感染症で最も注目を浴びているのはディフィシル菌由来のCDTである。ディフィシル菌はTcdA及びTcdBという、2つのRhoグリコシル化毒素を持ち、さらに第三の毒素である二成分毒素CDTの関与が疑われている。
R4年度、我々はC. perfringens の二成分毒素であるイオタ毒素の構造解析に続き、CDTa-CDTb膜孔のサンプル調整、構造解析を行い、さらに追加実験を行い、論文採択に至った(2022Nature Commun)。特に重要な点は、クライオ電子顕微鏡データの解析により、CDTaはCDTbに結合したばかりのインタクトな状態と、N末端が解けた状態の2つの状態、すなわち、タンパク質のアンフォールディングと共役した膜透過のための動的な構造変化を初めて捉えた。2つの二成分毒素の構造解析からA成分が膜透過装置に結合するだけでアンフォールディングする共通する機構がわかってきた。
R5年度、さらにこれらの研究を発展させ、最近日本で見い出されたに二成分毒素CPILE(別名BEC)の、構造と機能に着目し、特にB成分膜孔の狭窄部位に着目した実験を行ってきた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

二成分毒素としてヒト感染症で最も注目を浴びているのはディフィシル菌由来のCDTである。ディフィシル菌はTcdA及びTcdBという、2つのRhoグリコシル化毒素を持ち、さらに第三の毒素である二成分毒素CDTの関与が疑われている。我々はC. perfringens の二成分毒素であるイオタ毒素の構造解析に続き、CDTa-CDTb膜孔のサンプル調整、構造解析を行った。しかし最初の論文投稿で、多くの改訂をレビュワーから求められた。そのための再実験を含めた校正に時間を要した。特に表面プラズモン共鳴イメージングでのA成分とB成分の結合解析およびCDTbダブルヘプタマーの形成を探る点変異体の作成とゲル濾過による実験は新たに加えられた。さらにクライオ電子顕微鏡データの再解析により、タンパク質透過に関わる重要な情報が得られた:CDTaはCDTbに結合したばかりのインタクトな状態と、N末端が解けた状態の2つの状態:動的な構造が見えてきた。これは、この申請のテーマである動的な構造解析につながる結果となった。これらを合わせて論文を校正して、論文として採択された。

Strategy for Future Research Activity

イオタ毒素Ibやディフィシル菌毒素CDTbでは最狭窄部位はPheでできたφクランプでできており、これがタンパク質膜透過に最も重要であることはわかっている. 一方、CPILE-bのクランプ最狭部位はSerでありセリンクランプと呼ばれる。セリンクランプとφクランプでは狭窄部位の大きさも疎水・親水といった違いもあり、どのような影響をしているのか興味深い。さまざまな方法によりセリンクランプとφクランプとの違いを比較検討している。すなわち、細胞毒性にどのような影響があるのか、CPILE-bのみ、それにCPILE-aを加えた時、これらのイオタ毒素との比較もしながら進めている。これに加えて、CPILEの構造解析と電気生理及び、腸管結紮ループ実験も含めて進める予定である。これらの実験から、φクランプのタンパク質膜透過に関わる重要な意味、またセリンクランプに置き換わった変異体での生理的意義について探っていく。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (21 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Structural Elucidation and Antiviral Activity of Covalent Cathepsin L Inhibitors2024

    • Author(s)
      Falke S, Lieske J, Herrmann A, Loboda J, Karnicar K, Guther S, Reinke PYA, Ewert W, Usenik A, Lindic, Sekirnik A, Dretnik K, Tsuge H, Turk V, Chapman HN, Hinrichs W, Ebert G, Turk D, Meents A.
    • Journal Title

      J Med Chem

      Volume: 67,9 Issue: 9 Pages: 7048-7067

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.3c02351

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cryo-EM structures of the translocational binary toxin complex CDTa-bound CDTb-pore from Clostridioides difficile2022

    • Author(s)
      Kawamoto Akihiro、Yamada Tomohito、Yoshida Toru、Sato Yusui、Kato Takayuki、Tsuge Hideaki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 6119-6119

    • DOI

      10.1038/s41467-022-33888-4

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Preparation of Clostridium perfringens binary iota-toxin pore complex for structural analysis using cryo-EM2021

    • Author(s)
      Yamada T, Tsuge H.
    • Journal Title

      Methods Enzymol.

      Volume: 649 Pages: 125-148

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.01.032

    • ISBN
      9780128238585
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    • Peer Reviewed
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      津下英明
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      日本環境変異原ゲノム学会
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      津下英明
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      三谷優季、川野竜司、滝口創太郎、津下英明
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      第69回トキシンシンポジウム
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      津下英明
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      Yuki Mitani, Sotaro Takiguchi, Ryuji Kawano, Hideaki Tsuge
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      第60回日本生物物理学会
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      吉田徹、内田悠斗、山田等仁、津下英明
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      内田悠斗、吉田徹、山田等仁、津下英明
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      山田等仁、杉田征彦、野田岳志、津下英明
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      山田等仁、吉田徹、津下英明
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      吉田徹、内田悠斗、山田等仁、津下英明
    • Organizer
      第68回トキシンシンポジウム
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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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