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Comprehensive profiling of substrate recognition motifs for human kinome

Research Project

Project/Area Number 21H02466
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43060:System genome science-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Sugiyama Naoyuki  京都大学, 薬学研究科, 准教授 (50545704)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000)
Keywordsプロテオミクス / シグナル伝達 / タンパク質キナーゼ / 質量分析 / キナーゼ / LC/MS/MS
Outline of Research at the Start

ヒトには500種類以上のプロテインキナーゼが存在し、選択的リン酸化により複雑なシグナル伝達ネットワークが形成されると考えられるが、大部分のキナーゼの機能はほとんど明らかになっていない。本研究課題では、機能未知のタンパク質リン酸化部位について責任キナーゼを予測、同定するために、in vitroキナーゼ試験に基づいた大規模なキナーゼ結合モチーフの探索と、その結合親和性の評価を行う。また、同定されたキナーゼ結合モチーフとキナーゼ選択的にリン酸化される基質配列を組み合わせることで、超高選択的人工基質ペプチドを創出し、細胞内のキナーゼ全体の活性を区別して、かつ同時に計測する手法を開発する。

Outline of Final Research Achievements

To elucidate the functions and roles of human kinome in cells, comprehensive search of kinase substrate motifs and kinase-binding motifs in all human proteome and the kinase responsible for protein phosphorylation reactions occurring in vivo was predicted and identified at the kinome level. Based on the identified motifs, we designed artificial substrate peptides that are hyper-selectively phosphorylated by each kinase,and experimentally evaluated their selectivity and sensitivity. Using the designed peptide libraries, we developed a method to measure intracellular kinome activity. Furthermore, we have created substrate peptides in which the substrate sequence is linked to a kinase-binding motif.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

各キナーゼの生理的条件下における基質選択性の予測、およびキナーゼ高選択的選択的基質ペプチドによるキナーゼ活性の一斉計測が可能になったことにより、大規模リン酸化プロテオームデータの有効活用と補間、シグナル伝達の詳細な制御機構や細胞内リン酸化ネットワークの全体像の解明につながることが期待できる。タンパク質のリン酸化異常が関与する多くの疾病のメカニズム解明や病気の診断や層別化、新規な分子標的薬の開発にも応用可能であると考える。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Light-induced stomatal opening requires phosphorylation of the C-terminal autoinhibitory domain of plasma membrane H+-ATPase2024

    • Author(s)
      Fuji Saashia、Yamauchi Shota、Sugiyama Naoyuki、Kohchi Takayuki、Nishihama Ryuichi、Shimazaki Ken-ichiro、Takemiya Atsushi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1195-1195

    • DOI

      10.1038/s41467-024-45236-9

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Validity of the cell‐extracted proteome as a substrate pool for exploring phosphorylation motifs of kinases2023

    • Author(s)
      Niinae Tomoya、Sugiyama Naoyuki、Ishihama Yasushi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 28 Issue: 10 Pages: 727-735

    • DOI

      10.1111/gtc.13063

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Motif-Targeting Phosphoproteome Analysis of Cancer Cells for Profiling Kinase Inhibitors2022

    • Author(s)
      Ogata Kosuke、Takagi Shunsuke、Sugiyama Naoyuki、Ishihama Yasushi
    • Journal Title

      Cancers

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 78-78

    • DOI

      10.3390/cancers15010078

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Motif-centric phosphoproteomics to target kinase-mediated signaling pathways2022

    • Author(s)
      Chia-Feng Tsai, Kosuke Ogata, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • Journal Title

      Cell Reports Methods

      Volume: 2 Issue: 1 Pages: 100138-100138

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2021.100138

    • NAID

      120007187415

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of Endogenous Kinase Substrates by Proximity Labeling Combined with Kinase Perturbation and Phosphorylation Motifs.2021

    • Author(s)
      Niinae T, Imami K, Sugiyama N, Ishihama Y.
    • Journal Title

      Mol Cell Proteomics

      Volume: 20 Pages: 100119-100119

    • DOI

      10.1016/j.mcpro.2021.100119

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ボトムアップ法によるリン酸化プロテオフォーム解析と課題2023

    • Author(s)
      杉山直幸
    • Organizer
      日本プロテオーム学会 2023 年大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Enrichment of tyrosine-phosphorylated peptides using immobilized metal ion affinity chromatography2023

    • Author(s)
      Naoyuki Sugiyama, Shogo Furuya, Kana Nakata, Saki Nambu, Yasushi Ishihama
    • Organizer
      11th AOHUPO and 7th AOAPO
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kinase-specific substrate peptides for kinome activity profiling2023

    • Author(s)
      Junqi Liang, Mao Uehara, Junna Nakazono, Dai Sakamoto, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama
    • Organizer
      3rd International BMS Symposium 2023 in Kyoto
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development and optimization of kinome activity profiling approaches based on kinase-specific substrate peptides2023

    • Author(s)
      Liang Junqi, 上原 茉緒, 中園 純菜, 坂本 大, 杉山 直幸, 石濱 泰
    • Organizer
      日本プロテオーム学会 2023 年大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工基質ペプチドを用いるキナーゼアイソフォーム特異的な活性計測2023

    • Author(s)
      戸井沙紀、Liang Junqi、花田毅己、中園純菜、坂本大、杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] リン酸化プロテオミクスを応用したキノーム活性評価法の開発2022

    • Author(s)
      杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      第29回クロマトグラフィーシンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒトキノーム活性計測および予測法の開発2022

    • Author(s)
      杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2022年大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 配位子交換クロマトグラフィーによるチロシンリン酸化ペプチド濃縮プラットフォームの開発2022

    • Author(s)
      古屋翔梧、中田花菜、南部早紀、金尾英佑、小形公亮、杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] In vitroリン酸化タグを用いたタンパク質の構造変化検出法の開発2022

    • Author(s)
      前田朝登、小形公亮、杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] チロシンホスファターゼ網羅的解析に向けたリン酸化チロシンミミックペプチドプローブの開発2021

    • Author(s)
      新苗智也、 津曲和哉、 今見考志、 杉山直幸、 大石真也 、大野浩章、 大高章、 石濱泰
    • Organizer
      BMAS2021 第33回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ナノLC/イオンモビリティスペクトロメトリー/MSを用いた新規プロテオーム解析手法の開発2021

    • Author(s)
      中井郁那、富岡亮太、杉山直幸、小形公亮、石濱泰
    • Organizer
      BMAS2021 第33回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] シグナル伝達経路解明に向けたキナーゼ基質モチーフ標的型リン酸化プロテオミクス2021

    • Author(s)
      小形公亮、Chia-Feng Tsai、杉山直幸、石濱泰
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Remarks] 京都大学薬学研究科 石濱研究室

    • URL

      https://www.pharm.kyoto-u.ac.jp/seizai/

    • Related Report
      2022 Annual Research Report 2021 Annual Research Report
  • [Remarks] Database of in vitro human kinome profiling

    • URL

      http://seizai.pharm.kyoto-u.ac.jp/kinapple/

    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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