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Nobel RNA modification in bacteria and its pathophysiological significance

Research Project

Project/Area Number 21H02731
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 49050:Bacteriology-related
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

Tomizawa Kazuhito  熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40274287)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
KeywordsRNA修飾 / 細菌感染 / 修飾ヌクレオシド / tRNA / ヌクレオシド / 細菌 / 修飾核酸 / 形質転換 / 感染
Outline of Research at the Start

RNA修飾の特徴は、100種類以上の多彩な化学修飾が存在し、RNA機能を制御していることである。我々は、RNAの代謝産物がアデノシンA3受容体の真のリガンドであることを明らかにした。我々は細菌が免疫細胞に貪食されると、従来報告されていない新規修飾ヌクレオシドが出現することを発見した。そこで、細菌は、ある環境下ではヌクレオシドを直接修飾するのではとの着想に至った。そこで本研究では、①. 高次構造を有さないヌクレオシドを修飾する酵素は実在するのか?その酵素は何か? ②. 細菌における新規ヌクレオシドの修飾の意義は何か?という問いに答える研究を実施する。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we conducted a comprehensive analysis of modified nucleosides that specifically increase in urine or serum during bacterial infection. One type of bacteria-specific modified nucleoside, m2A, was detected in all species of 15 gram-negative pathogens and 8 gram-positive pathogens. When comparing the amounts of m2A between gram-negative and gram-positive bacteria, the levels of m2A in the medium were higher in gram-negative bacteria. We also compared and examined the levels of m2A in the urine of bacterial infection patients, viral infection patients, and healthy individuals. The m2A levels in the urine of bacterial infection patients were significantly higher compared to healthy individuals and viral infection patients. These results suggest that m2A is useful as a marker for diagnosing the presence of infection.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究により、細菌感染時に血中や尿中で特異的に増える修飾ヌクレオシド(RNAの分解産物)を同定した。同定された修飾ヌクレオシドは生理活性を有していなかったが、起炎菌の数と相関が認められた。従来、細菌感染時の細菌を同定するためには、細菌培養やPCRにより同定していたが、同定までに24時間以上かかっていた。本研究成果から、血清中もしくは尿中の修飾ヌクレオシドが、従来の細菌感染マーカーとは異なり、感染している細菌数を反映した新しい細菌感染マーカーになることが示唆された。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)2023

    • Author(s)
      Ahmad Raja Norazireen?Raja、Zhang Long-Teng、Morita Rikuri、Tani Haruna、Wu Yong、Chujo Takeshi、Ogawa Akiko、Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 52 Issue: 3 Pages: 1341-1358

    • DOI

      10.1093/nar/gkad1197

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Extracellular N6-isopentenyladenosine (i6A) addition induces co-transcriptional i6A incorporation into ribosomal RNAs.2022

    • Author(s)
      Yakita M, Chujo T, Wei FY, Hirayama M, Kato K, Takahashi N, Naganuma K, Nagata M, Kawahara K, Nakayama H, Tomizawa K.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 28 Issue: 7 Pages: 1013-1027

    • DOI

      10.1261/rna.079176.122

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 細菌特異的修飾ヌクレオシドによる自然免疫応答メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      島村美帆
    • Organizer
      第100回日本生理学会大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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