Comprehensive genetic and morphological analysis for sudden cardiac death autopsy cases
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21H03211
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58040:Forensics medicine-related
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| Research Institution | University of Toyama |
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Principal Investigator |
畑 由紀子 富山大学, 学術研究部医学系, 准教授 (30311674)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
西田 尚樹 富山大学, 学術研究部医学系, 教授 (10315088)
一萬田 正二郎 富山大学, 学術研究部医学系, 助教 (60849355)
廣野 恵一 富山大学, 学術研究部医学系, 講師 (80456384)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2021: ¥8,190,000 (Direct Cost: ¥6,300,000、Indirect Cost: ¥1,890,000)
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| Keywords | Molecular Autopsy / 突然死 / エクソーム解析 / Sudden death / Exome analysis / 法医学 / 病理組織学的検索 / 遺伝子変異 / exome analysis |
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| Outline of Research at the Start |
申請者の研究室で過去約10年間に次世代シーケンサー (NGS) によるパネルシーケンスを行ったものの病原遺伝子が特定されなかった心臓突然死35例と今後3年間で剖検されることが予想される心臓突然死約20例に対し，全エキソーム解析，挿入・欠失，コピー数変異の検索を行い，可能な症例は病原候補変異体の機能解析，家族解析を行って従来のサンガーシーケンスやパネルシーケンス法と比した病原遺伝子の検出率を検証する．
続いて，病原変異体が証明された症例に対し，刺激伝導系を含めた心臓の病理組織標本を画像解析にて網羅的に検索し，正常対照群と比較しながら軽微な病理学的変化が存在している可能性を検証する．
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、21症例の突然死症例について全エクソーム解析を行なった。
全症例について、以下に示す通り病理組織学的検索および遺伝子解析を行なった。
1. 突然死症例の病理組織学的検索は、微細な病理学的変化を明らかにすることを目的に、死因、肉眼所見を問わず刺激伝導系の切り出しを含め常に15ヶ所以上の心臓組織標本を作製し観察を行った。加えて、その他主要臓器については2ヶ所以上、脳については20ヶ所以上標本を作製して観察を行った。
2. 突然死症例の遺伝子解析は、剖検時採取した血液からDNAを抽出し、エクソーム解析を施行した。また、説明・同意をえられた家族については、スワブで採取した口腔粘膜細胞からDNA抽出し、エクソーム解析を施行した。突然死剖検例に対する遺伝子検索手法の確立を目指すために、検出されたバリアントについて、1) 日本人の稀少変異(頻度1%以下)の抽出、2) 疾患データベースのClinVar、HGMDを用いた検索、3) 米国臨床遺伝・ゲノム学会のガイドラインに従った評価、4) 機能予測ツールを用いて病原性を評価した。検出したバリアントについては、Human Phenotype Ontology (HPO)やOnline Mendelian Inheritance in Man (OMIM)などを用いて疾患関連遺伝子で分類した。また、病歴や健康診断の心電図などできる限り入手した。
そのうち40代男性症例について、生前の心電図、刺激伝導系の病理組織学的検索、遺伝子解析の結果についてまとめ学会発表・論文作成を行なった。また、これまでの当教室で実施したてんかん症例の遺伝子検索についての講演を行った。
本年度の補助金は、研究を遂行するための遺伝子解析、遺伝子解析ソフト及びバリアントの機能解析に用いるキット購入の費用にあてられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本年度予定していた症例数の遺伝子解析数は満たしたもののバリアント評価と変異体のサンガーシーケンスによる確認作業が遅れている。また、コピー数変化の検索に至らなかったことからやや遅れているいると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は、本年度同様当教室で施行された症例について病理組織学的検索および遺伝子解析を行っていく。また、検出されたバリアントの機能解析を行う予定である。成果について、学会発表及び論文投稿を行っていく予定である。
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Report
(2 results)
Research Products
(10 results)
