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Investigation of wound healing in embryo and adult using spatial gene expression analysis

Research Project

Project/Area Number 21H04838
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 56:Surgery related to the biological and sensory functions and related fields
Research InstitutionNagasaki University

Principal Investigator

森 亮一  長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 准教授 (30509310)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 貴志 和生  慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 教授 (40224919)
水野 聖哉  筑波大学, 医学医療系, 教授 (10633141)
奥崎 大介  大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授(常勤) (00346131)
Project Period (FY) 2021-04-05 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥42,640,000 (Direct Cost: ¥32,800,000、Indirect Cost: ¥9,840,000)
Fiscal Year 2024: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Fiscal Year 2023: ¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2022: ¥8,710,000 (Direct Cost: ¥6,700,000、Indirect Cost: ¥2,010,000)
Fiscal Year 2021: ¥18,720,000 (Direct Cost: ¥14,400,000、Indirect Cost: ¥4,320,000)
Keywords皮膚創傷治癒 / 空間的トランスクリプトーム解析 / シングルセル解析 / 炎症 / 瘢痕 / 1 / 創傷治癒
Outline of Research at the Start

皮膚創傷治癒過程は、炎症細胞浸潤主体の炎症期、再上皮化や肉芽が形成される増殖期、過剰に生産された細胞外基質が分解される成熟期で構成される、生体防御反応である。創傷治癒後には瘢痕が残るが、哺乳類胎生期の皮膚創傷修復部位は瘢痕形成されず、皮膚組織が完全に再生する。その際、炎症細胞が深く関与していると示唆されているが、その分子メカニズムは未だ明らかではない。そこで本研究では、空間的トランスクリプトーム解析を用いて胎仔・成体皮膚創傷治癒過程の全容解明を目指す。そして、炎症増悪や瘢痕化の起点となる新規細胞間相互作用や細胞分化系譜の分子機序を見出し、皮膚完全再生に資する新規治療法開発の基盤を築く。

Outline of Annual Research Achievements

1.マルチオミクス解析法の確立(森、奥崎):皮膚創傷治癒研究に資するマルチオミクス解析法を確立し、空間的トランスクリプトーム解析結果の解像度上昇、各スポットにおける細胞種の割合を可視化することに成功した。その結果、各種細胞種の分布を明らかにすることができた。さらに CellChat 情報を参考にして、各種スポット間のシグナル伝達経路の強度を COMMOT 法を用いて解析を行った。その結果、生理活性物質におけるシグナル伝達経路と細胞外マトリックス間のリガンド:受容体相互作用において、特徴的な法則性が存在することが示された。このシグナル伝達経路の方向性の破綻は、創傷治癒病態発症へと繋がると推測される。
2.シングルセル解析(森、貴志):成体及び胎仔皮膚創部サンプルを用いてシングルセル解析を実施した。その結果、両者に共通する重要シグナルとしてインターロイキンシグナルを同定することができた。このインターロイキンシグナルは、線維芽細胞マーカーの発現及び細胞外マトリックス遺伝子の発現制御を介して、線維芽細胞の活性化制御に関与している可能性が高い。
3.新規遺伝子改変マウスの作製及び機能解析(森、水野):種々の Integrin beta-like 1 (Itgbl1)遺伝子改変マウスを用いて機能解析を行った結果、Itgbl1 は線維束形成に関与することが示された。また、Itgbl1 イメージングマウスを用いて機能解析を行った結果、正常皮膚に存在する Itgbl1 陽性細胞の一部は、受傷後創部へ遊走し治癒に関与しいてることが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

マルチオミクス解析の確立及び遺伝子改変マウスの作製並びに機能解析を終え、現在は論文再投稿準備中である。
また、本研究により炎症細胞由来細胞外マトリックス蛋白質が、創傷治癒において重要であることが示唆された。細胞外マトリックス蛋白質は主に線維芽細胞から生産される蛋白質として知られているため、炎症細胞由来細胞外マトリックス蛋白質に着目した研究成果発表は少なく、興味深い知見であると考えている。
以上の理由によって、「おおむね順調に進展している」と判断した。

Strategy for Future Research Activity

次年度は、最近公表された高解像度空間的トランスクリプトーム解析を行い、更なる先端技術の応用に挑戦する。さらに正常皮膚創傷治癒モデルでなく、病態皮膚モデルを用いて解析し、難治性皮膚潰瘍の新規治療法開発に繋げたい。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Bristol(英国)

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  • [Journal Article] DAJIN enables multiplex genotyping to simultaneously validate intended and unintended target genome editing outcomes2022

    • Author(s)
      Kuno Akihiro, Ikeda Yoshihisa, Ayabe Shinya, et. al.
    • Journal Title

      PLOS Biology

      Volume: 20 Issue: 1 Pages: e3001507-e3001507

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3001507

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Role of Neuropeptide Y in Adipocyte-Macrophage Crosstalk during High Fat Diet-Induced Adipose Inflammation and Liver Steatosis2021

    • Author(s)
      Park Seongjoon、Komatsu Toshimitsu、Hayashi Hiroko、Mori Ryoichi、Shimokawa Isao
    • Journal Title

      Biomedicines

      Volume: 9 Issue: 11 Pages: 1739-1739

    • DOI

      10.3390/biomedicines9111739

    • NAID

      120007188605

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Anticancer agent α-sulfoquinovosyl-acylpropanediol enhances the radiosensitivity of human malignant mesothelioma in nude mouse models2021

    • Author(s)
      Inamasu Eiko、Tsuchiya Tomoshi、Yamauchi Motohiro、Nishi Kodai、Matsuda Katsuya、Sugawara Fumio、Sakaguchi Kengo、Mori Ryoichi、Matsumoto Keitaro、Miyazaki Takuro、Hatachi Go、Doi Ryoichiro、Watanabe Hironosuke、Tomoshige Koichi、Matsuda Naoki、Higami Yoshikazu、Shimokawa Isao、Nakashima Masahiro、Nagayasu Takeshi
    • Journal Title

      Journal of Radiation Research

      Volume: 63 Issue: 1 Pages: 19-29

    • DOI

      10.1093/jrr/rrab090

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Increased In Vitro Intercellular Barrier Function of Lung Epithelial Cells Using Adipose-Derived Mesenchymal Stem/Stromal Cells2021

    • Author(s)
      Ishii Mitsutoshi、Tsuchiya Tomoshi、Doi Ryoichiro、Morofuji Yoichi、Fujimoto Takashi、Muto Hideki、Suematsu Takashi、Mori Ryoichi、Matsumoto Keitaro、Miyazaki Takuro、Tomoshige Koichi、Watanabe Hironosuke、Iwatake Mayumi、Nagayasu Takeshi
    • Journal Title

      Pharmaceutics

      Volume: 13 Issue: 8 Pages: 1264-1264

    • DOI

      10.3390/pharmaceutics13081264

    • NAID

      120007172252

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A case of tocilizumab-refractory idiopathic multicentric Castleman's disease successfully treated with sirolimus2021

    • Author(s)
      Sumiyoshi Remi、Koga Tomohiro、Furukawa Kaori、Umeda Masataka、Yamamoto Kazuko、Mori Ryoichi、Kawakami Atsushi
    • Journal Title

      Clinical Immunology

      Volume: 233 Pages: 108887-108887

    • DOI

      10.1016/j.clim.2021.108887

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spatial and single-cell transcriptomic analyses in murine skin wound model2024

    • Author(s)
      Ryoichi Mori
    • Organizer
      Gordon Research Conference - Tissue Repair and Regeneration
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マルチオーム解析を用いた皮膚創傷治癒関連線維芽細胞の多様性機構の解明2024

    • Author(s)
      森 亮一
    • Organizer
      第 112 回日本病理学会総会
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  • [Presentation] 空間的トランスクリプトーム解析を用いた皮膚創部の微小環境における細胞間相互作用解明の試み2021

    • Author(s)
      森 亮一、金 湘殷、亀岡 章一郎、元岡 大祐、奥崎 大介、林 洋子、下川 功
    • Organizer
      第 110 回日本病理学会総会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Cell-cell interactions in microenvironment of skin wound sites using spatial transcriptome analysis2021

    • Author(s)
      森 亮一、金 湘殷、亀岡 章一郎、元岡 大祐、奥崎 大介、小松 利光、朴 盛浚、下川 功
    • Organizer
      第 44 回日本基礎老化学会大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Visium をいた膚創傷治癒研究の推進:炎症を主軸とした瘢痕化の統合的理解を目指して2021

    • Author(s)
      森 亮一
    • Organizer
      Japan Visium Day: Spatial biology without limits
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 空間的トランスクリプトーム解析を用いた皮膚創傷治癒過程の機能解析2021

    • Author(s)
      金 湘殷、森 亮一
    • Organizer
      第 51 回日本創傷治癒学会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 空間的トランスクリプトーム解析を用いた皮膚創部微小環境における細胞間相互作用の機能解析2021

    • Author(s)
      森 亮一、金 湘殷、劉 祐誠、亀岡 章一郎、福田 茉莉、元岡 大祐、奥崎 大介、下川 功
    • Organizer
      第 44 回日本分子生物学会総会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] シングルセル解析セミナー: 爆発的に使用されるようになったシングルセル解析と、その経験から見える現実2021

    • Author(s)
      奥﨑 大介, 石川 昌和, 劉 祐誠
    • Organizer
      情報機構オンラインセミナー
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  • [Book] メディカル・サイエンス・ダイジェスト・遺伝統計学の最前線(担当:シングルセルレベルのマルチオミックス解析)2021

    • Author(s)
      石川 昌和、劉 祐誠、奥﨑 大介
    • Total Pages
      54
    • Publisher
      ニュー・サイエンス社
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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