| Project/Area Number |
21J10873
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 45040:Ecology and environment-related
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
千葉 悠斗 筑波大学, 理工情報生命学術院, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2021-04-28 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
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| Keywords | RNAウイルス / RdRp / 公共データベース / マイコウイルス / 糸状菌 |
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| Outline of Research at the Start |
既知のRNAウイルスのほぼ全てが複製・転写を担う酵素としてRNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRp)を有している。従来RdRpは単一のRNA分子上にコードされると考えられてきたが、我々はこの定説を覆す、2つのRNA分子上に分割されてコードされているRdRp（分割型RdRp）を報告した。しかし、この結果はシーケンス解析によるものであり、分割型RdRpの実態に関しては明らかにされていない。本研究では分割型RdRpの機能（実験による分割型RdRpの存在証明）とその普遍性の解明を目指す。本研究は、全く新たなRNAウイルスの複製機構の発見、RNAウイルスに対する理解の拡張につながることが期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は分割型RdRpの機能と普遍性を明らかにし、その実態について迫ることである。本年度は主に分割型RdRpの普遍性の解明に取り組んだ。前年度までに分割型RdRpの分割様式には多様性があることを明らかにしたが、依然として既知の分割型RdRpは糸状菌に感染するNarnaviridae科ウイルスに限られている。そこで、①分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外の生物にも存在しているのか、②Narnaviridae科ウイルス以外のウイルス科にも分割型RdRpが存在しているのか、この２点の解明を目指した。
①の可能性を探るために、原生生物培養株のRNA-seqデータであるMMETSPから分割型RdRpを探索した。探索は、既知の分割型RdRpをもつ糸状菌由来のNarnaviridae科ウイルス配列をqueryに、MMETSP由来のcontigをデータベースにblastp解析することで行った。その結果、珪藻由来の単一のシーケンスライブラリーから分割型RdRpの前半と後半の両方が検出され、分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外にも存在することが示唆された。公共のシーケンスデータからの解析に加え、独自にFLDS法（RNA-seqなどの従来ほうよりも効率よく分割を構成する2分節の両方を検出可能）で原生生物培養株から取得したシーケンスデータを解析した。結果として、分割型RdRpをもつウイルスは検出されなかった。しかし、この過程でHaloplacidia spから新規のNarnaviridae科ウイルスを検出し、BigyraにもNarmaviridae科ウイルスが存在することを初めて示唆した。
②の可能性を探るために、FLDS法（分割を構成する2分節の両方を検出可能）で取得したデータの解析とFLDS法由来のデータの大規模化に備えたメソッドの確立に取り組んだ。これに関しては、データ解析とメソッド確立ともに現在進めている最中である。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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