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ニューラル非定常系列モデルの構築と医用データ応用

Research Project

Project/Area Number 21J13083
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

原田 翔太  九州大学, システム情報科学研究院, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2021-04-28 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Keywords医用時系列データ / 画像系列分類 / 半教師付きドメイン適応 / 機械学習 / ニューラルネットワーク
Outline of Research at the Start

本研究では,非定常性を持つ時系列データのモデリングに適した新たなモデル(ニューラル非定常系列モデル)を提案する.具体的には,(A)ニューラル非定常系列モデルの提案,(B)医用時系列データの諸問題への応用,(C)その他の時系列データの諸問題への応用の3段階で研究を展開していく.(A)では,時系列データの潜在状態の遷移を捉えモデル自身の状態も遷移させる新たなニューラルネットを構築する.(B)では医用時系列データの識別・生成問題の実験を実施し,本手法の有効性を検証する.(C)では衛星画像による天気予報や車載カメラデータを用いた異常検知などへの応用可能性を検証する.

Outline of Annual Research Achievements

本研究員は当該年度,a)内視鏡画像からの潰瘍性大腸炎分類問題におけるラベルの時間連続性を活用した分類モデルの提案,b)クラスインバランスに頑健な半教師付きドメイン適応に関する研究に従事した.また,共同研究として病理画像を対象とした半教師付き学習やアクティブラーニングの研究にも携わった.研究業績としては,学術論文3編(筆頭1編,共著2編),国内発表が5件であった.主な成果は以下のとおりである.
a)ラベルの時間連続性を活用した潰瘍性大腸炎分類モデル
内視鏡画像は内視鏡を臓器の中で動かしながら連続して撮影するため画像系列として獲得される.内視鏡画像の撮影順序情報からは様々な特徴(系列内の画像間の依存関係,系列内の共通特徴など)の獲得が期待できる.本研究では,撮影順序情報から潰瘍性大腸炎分類に有用な特徴を自動的に獲得するために,Transformerに基づいた分類モデルを提案した.提案手法は内視鏡画像系列が入力され,潰瘍性大腸炎ラベルを出力する.実験結果から,画像系列として入力したことで精度が改善した.また,学習後のモデルを解析すると,画像系列内の共通特徴を抽出することが潰瘍性大腸炎分類の精度改善に有効であることが確認された.
b)クラスインバランスに頑健な半教師付きドメイン適応
半教師付きドメイン適応は,ターゲットドメインの少数サンプルのラベルを活用することで精度を大幅に改善するが,既存手法はデータセットのクラス比率が一定であることを仮定している.医用データをはじめとした実データの多くはクラスインバランスであるため,クラスインバランスに頑健な手法の提案が必要である.本研究ではクラスタリングを活用した半教師付きドメイン適応手法を提案し,クラスインバランスのあるデータセットであっても精度が改善できることを示した.

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Cluster-Guided Semi-Supervised Domain Adaptation for Imbalanced Medical Image Classification2023

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Seiichi Uchida
    • Journal Title

      Proceedings of 2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatial Distribution-based Pseudo Labeling for Pathological Image Segmentation2023

    • Author(s)
      Yuki Shigeyasu, Shota Harada, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Ryoma Bise
    • Journal Title

      Proceedings of 2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cluster Entropy: Active Domain Adaptation in Pathological Image Segmentation2023

    • Author(s)
      Xiaoqiang Liu, Kengo Araki, Shota Harada, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Ryoma Bise
    • Journal Title

      Proceedings of 2023 IEEE 20th International Symposium on Biomedical Imaging

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovery of anti-inflammatory physiological peptides that promote tissue repair by reinforcing epithelial barrier formation2021

    • Author(s)
      Oda Y., Takahashi C., Harada S., Nakamura S., Sun D., Kiso K., Urata Y., Miyachi H., Fujiyoshi Y., Honigmann A., Uchida S., Ishihama, Y. and Toyoshima, F.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Issue: 47 Pages: 1-14

    • DOI

      10.1126/sciadv.abj6895

    • NAID

      120007169950

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Soft and self constrained clustering for group-based labeling2021

    • Author(s)
      Harada Shota、Bise Ryoma、Hayashi Hideaki、Tanaka Kiyohito、Uchida Seiichi
    • Journal Title

      Medical Image Analysis

      Volume: 72 Pages: 102097-102097

    • DOI

      10.1016/j.media.2021.102097

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Order-Guided Disentangled Representation Learning for Ulcerative Colitis Classification with Limited Labels2021

    • Author(s)
      Harada Shota、Bise Ryoma、Hayashi Hideaki、Tanaka Kiyohito、Uchida Seiichi
    • Journal Title

      International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI2021)

      Volume: 1 Pages: 471-480

    • DOI

      10.1007/978-3-030-87196-3_44

    • ISBN
      9783030871956, 9783030871963
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 撮影順序情報を活用した潰瘍性大腸炎分類モデルの提案2023

    • Author(s)
      原田翔太, 備瀬竜馬, 田中聖人, 内田誠一
    • Organizer
      コンピュータビジョンとイメージメディア研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Transformer によるデータ拡張手法の適応的選択2022

    • Author(s)
      山田敏輝, 内田誠一, 原田翔太
    • Organizer
      電気・情報関係学会九州支部連合大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Semi-Supervised Domain Adaptation for Class-Imbalanced Dataset2022

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Seiichi Uchida
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2022)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 病理画像セグメンテーションにおける主要領域の空間分布に基づく疑似ラベル選択法の提案2022

    • Author(s)
      Yuki Shigeyasu, Shota Harada, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Yuki Teramoto, Ryoma Bise
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2022)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Bio-Medical Data Classification Approaches with Limited Annotation2022

    • Author(s)
      Shota Harada and Seiichi Uchida
    • Organizer
      コンピュータビジョンとイメージメディア研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Disentangled Representation Learning with Temporal Continuity for Ulcerative Colitis Classification2021

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Hideaki Hayashi, Kiyohito Tanaka, Seiichi Uchida
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-05-27   Modified: 2024-03-26  

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