DNA解析と無機成分分析による植物標本の生育地及び集団を解明する手法の開発
| Project/Area Number |
21K01008
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 03070:Museology-related
|
|---|
| Research Institution | National Research Institute of Police Science |
|---|
Principal Investigator |
吉川 ひとみ 科学警察研究所, 法科学第三部, 主任研究官 (20392269)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
笠松 正昭 科学警察研究所, 法科学第三部, 室長 (70356202)
大西 亘 神奈川県立生命の星・地球博物館, 企画情報部, 主任学芸員 (00588270)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
|
| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
|
|---|
| Keywords | 植物標本 / ゲノム横断的塩基多型解析手法 / 次世代シークエンス / 無機成分分析 / 劣化試料 / コセンダングサ / MIG-seq / ゲノム横断的塩基多型解析手 法 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
本研究では、博物館に所蔵されている植物標本について、植物種を問わず集団、生育地を把握するために、DNA解析及び無機成分分析手法を開発する。付着性の果実を持つ外来生物、コセンダングサをモデルとして、以下の研究を行う。
ア. DNA解析および無機成分分析による異なる地域で生育した個体同士を識別できる分析手法の開発
イ. 実際の博物館所蔵標本における最適な分析条件の決定
本研究により、幅広い学術応用を通し、博物館に収蔵されている標本が持つ情報を社会に広く還元できるのみならず、自然環境を反映する採取計画など博物館の効果的な標本収集についても知見が得られるようになることが期待される。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
研究2年目の本年は、1年目で開発した配列解析手法を用いて、異なる地域由来のコセンダングサをゲノム横断的塩基多型解析手法であるMIG-seq法により識別できるか否か、詳細な検討を行った。
千葉県、埼玉県および神奈川県の3地点で、1地点につき9-10試料採取したコセンダングサを試料とした。採取した植物体のうち、1地点につき1試料から痩果7-10個を採取し、これもあわせて解析に用いた。得られた配列について昨年度開発した手法、すなわち、DNAの解析を2回の行った後試料毎に1対1で比較し、2回ともに異なる塩基であった箇所の個数を求めることにより、識別を行った。
まず、痩果同士を比較した。その結果、同じ地点由来の痩果を比較した場合には、69 ％で異なる塩基が認められず、平均で0.5の塩基しか異なっていなかった。それに対し、異なる地点から採取したものでは、平均して19.9の異なる塩基が認められた。次に痩果と植物体を比較した。その結果、痩果とそれを採取した元の植物体とでは46％で異なる塩基が認められず、平均で1.1の塩基が違っていた。それに対し、異なる地点から採取した植物体と痩果を比較した場合には、異なる塩基が平均して20.1認められた。これらの結果から、対照試料として痩果、元の植物体どちらを用いた場合にも、異なる地域由来の試料は異なると識別できる可能性が示された。さらに、痩果が得られた地点の別の植物体と比較したところ、明らかに異なると判断できるものも存在し、同一地点の中でも、どの植物体と同じか判断できる場合があると考えられた。
無機成分分析については、実験担当者が1年間異なる業務を兼務したため多忙となり、実際に解析を行うことが困難であったことから、本年は予備検討の準備を行うにとどまった。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度で開発したMIG-seq法による塩基多型解析法が、生育していた地域の違いを識別できるという結果が得られたため。
しかし、無機成分分析については、まだ予備検討を行うにとどまっている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
開発したゲノム横断的が、同一地域内で生育している個体間の変異を検出できるか、引き続き検討を行う。
それと並行して、博物館に収蔵されていた試料についても解析できるか否か検討を行う。
|
Report
(2 results)
Research Products
(4 results)
