DNA解析と無機成分分析による植物標本の生育地及び集団を解明する手法の開発
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21K01008
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 03070:Museology-related
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| Research Institution | National Research Institute of Police Science |
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Principal Investigator |
吉川 ひとみ 科学警察研究所, 法科学第三部, 主任研究官 (20392269)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
笠松 正昭 科学警察研究所, 法科学第三部, 室長 (70356202)
大西 亘 神奈川県立生命の星・地球博物館, 企画情報部, 主任学芸員 (00588270)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | 植物標本 / ゲノム横断的塩基多型解析手法 / 次世代シークエンス / 無機成分分析 / 劣化試料 / コセンダングサ / MIG-seq / ゲノム横断的塩基多型解析手 法 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では、博物館に所蔵されている植物標本について、植物種を問わず集団、生育地を把握するために、DNA解析及び無機成分分析手法を開発する。付着性の果実を持つ外来生物、コセンダングサをモデルとして、以下の研究を行う。
ア. DNA解析および無機成分分析による異なる地域で生育した個体同士を識別できる分析手法の開発
イ. 実際の博物館所蔵標本における最適な分析条件の決定
本研究により、幅広い学術応用を通し、博物館に収蔵されている標本が持つ情報を社会に広く還元できるのみならず、自然環境を反映する採取計画など博物館の効果的な標本収集についても知見が得られるようになることが期待される。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、博物館に所蔵されている植物標本について、植物種を問わず集団、生育地を把握するために、DNA解析及び無機成分分析手法を開発することを目的としている。
研究3年目の本年は、前年度までに開発した配列解析手法を用いて、異なる地域由来のコセンダングサをゲノム横断的塩基多型解析手法であるMIG-seq法により識別できるか否か、また同一地点内でどれだけ多様性が見られるか詳細な検討を行った。
千葉県、神奈川県の計6地点で、1地点につき約10試料採取したコセンダングサの葉を試料とした。得られた配列について、MIG-seqによる解析を2回行った後、試料毎に1対1で比較し、2回ともに異なる塩基であった箇所の個数を求めることにより、識別を行った。
その結果、同じ地点由来の試料を比較した場合には、全体の65 ％で異なる塩基が認められなかった。それに対し、異なる地点から採取した試料を比較した場合は、0であったものは1009組み合わせのうち5組のみであった。もし、2つの試料を比較した結果、異なる塩基が認められなかった場合、近隣に由来すると判断して矛盾しないと考えられた。また、同一地点由来の試料を比較した結果、6地点中4つの地点では中央値が0であった。しかし、2つの地点では中央値が3と4であり、地点によっては同一地域内の多様性が高い場合があることが示唆された。更に、3つの博物館から収蔵期間が異なるコセンダングサを供与して頂き、DNA抽出を開始した。
無機成分分析については、コセンダングサ一個体の葉、茎、痩果を用いて分析を行い、識別に有用と思われる11の元素を選定した。部位毎に含有無機元素量が異なることも判明した。分析には0.1gと、かなり多量の資料量が必要であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
博物館収蔵資料の入手が遅れたため
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| Strategy for Future Research Activity |
博物館収蔵資料のMIG-seqによる解析を行い、実験結果と保管期間や燻蒸の有無等にどのような相関があるか評価する。
異なる地点由来のコセンダングサについて、無機成分分析を進める。
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Report
(3 results)
Research Products
(5 results)
