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Understanding of Biofunctional Molecules by Robot Kinematics as a Mechanism-constraint Language

Research Project

Project/Area Number 21K03971
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 20020:Robotics and intelligent system-related
Research InstitutionKanagawa Institute of Technology

Principal Investigator

Arikawa Keisuke  神奈川工科大学, 工学部, 教授 (50350674)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2023: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2022: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2021: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Keywordsロボットキネマティクス / ロボット機構学 / 機構拘束 / 生体機能分子 / タンパク質 / 形状操作性 / 逆運動学問題
Outline of Research at the Start

ロボット機構としてモデル化した生体機能分子の各種運動学特性を解析する方法を明らかにし,これらを計算機プログラムとして実装する.そして,注目する機能に応じた有効な解析の組み合わせを,文献に報告されている実際の機能と比較しながら検討する.この過程を,様々な生体機能分子について,ある種のフィードバックによって前段の検討を修正しながら繰り返し,これを通じて構成した機構拘束言語としてのロボットキネマティクスが,生体機能分子の機能的振舞を支える構造や現象をどの程度説明しうるか検証する.

Outline of Final Research Achievements

A general method for modeling proteins and other biofunctional molecules as robotic mechanisms, a method for applying inverse kinematics analysis to molecules, a method for analyzing shape change properties, and a method for analyzing large-scale structural changes were formulated in a form that generalizes robot kinematics in terms of mechanism constraints. These methods were implemented as computer programs and the three-dimensional structural data of various proteins was analyzed. These analyses revealed certain relationships between the number of inverse kinematics solutions and structural features, as well as between shape change properties and protein functions. It was also shown that large-scale conformational changes in several proteins can be represented by a combination of flexible mode motions.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

従来から,生体機能分子とロボット機構の間には構造的なアナロジーがあることは知られていたが,理論体系に設定された暗黙の強い制約(2つの参照リンク間の相対運動を対象とする等)のため,標準的なロボットキネマティクスを使って生体機能分子の解析を行うことは容易ではなかった.本研究の成果は,ロボットキネマティクスに設定された暗黙の強い制約を,機構拘束という枠組みを維持しつつ適切に解除したことを意味する同時に,生体機能分子を理解するという生命科学上の重要な問題に対し,ロボットキネマティクスという新たな視点と新たな道具を提供したことを意味する.

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Analysis of Instantaneous Kinematic Properties regarding the Shape of Robotic Mechanisms2024

    • Author(s)
      Keisuke Arikawa
    • Journal Title

      Journal of Mechanisms and Robotics

      Volume: 掲載決定 Issue: 12

    • DOI

      10.1115/1.4065371

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 構造コンプライアンス特性のロボット機構学的解析に基づくタンパク質の運動生成2023

    • Author(s)
      有川敬輔
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会講演会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質の局所構造の形状操作性に関するロボット工学的解析手法2022

    • Author(s)
      有川敬輔
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Kinematic Modeling and Inverse Kinematics of Serial 6R Fragment of Molecule2021

    • Author(s)
      Keisuke Arikawa
    • Organizer
      ASME, IDETC, 45th Mechanisms and Robotics Conference
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] タンパク質における連続3残基Loop-Closure問題の解の個数に関するロボット工学的解析2021

    • Author(s)
      有川 敬輔
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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