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Development of fluorescent dyes for quadruplex nucleic acids imaging utilizing tripodal quinone-cyanine dye

Research Project

Project/Area Number 21K05309
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 37030:Chemical biology-related
Research InstitutionWakayama University

Principal Investigator

Takashi Sakamoto  和歌山大学, システム工学部, 准教授 (80423078)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords蛍光プローブ / 4重鎖核酸 / グアニン4重鎖構造 / DNA / RNA / 細胞内蛍光イメージング / 近赤外蛍光 / キノン-シアニン色素
Outline of Research at the Start

4重鎖核酸(G4)は、遺伝子発現の制御や疾患への関与が指摘され、その機能解明が求められている。G4の細胞内蛍光イメージングはこれに大きく貢献すると期待されるが、これを可能とする蛍光プローブの開発は道半ばである。
本研究では、研究代表者が独自に開発した三脚型キノン-シアニン蛍光色素の特異な蛍光特性(2重鎖DNAとG4 DNAに異なる色の蛍光で応答)の詳細を調査し、細胞内G4プローブとしての有用性を検討する。本研究の達成により高性能なG4プローブを創出できれば、細胞内G4の位置や量の時空間的解析が可能となり、G4の生体機能や、G4が関わる疾患の解明に大きく貢献できる。

Outline of Final Research Achievements

Non-canonical nucleic acid structures, such as guanine-quadruplex (G4), have been linked to gene expression regulation and disease. Although the biological significance of these nucleic acids has attracted attention, the technology to visualize the intracellular behavior of G4 has not been developed, and this has been an obstacle to elucidating the function of G4. In this study, we challenged the development of a new technology that can visualize intracellular G4 using a fluorescent dye, QCy (MeBT)3, that we developed independently. As a result, we demonstrated in-cell color-coding fluorescence staining of double-stranded DNAs and G4 nucleic acids using QCy(MeBT)3. In addition, we succeeded in establishing a method for synthesizing QCy(MeBT)3 derivatives, and clarified that it is possible to selectively visualize G4s in near-infrared fluorescence (800 nm).

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

4重鎖(G4)核酸の細胞内挙動を『見る』ために、これまでにG4核酸の可視化を可能とするG4選択的蛍光色素がいくつか報告されてきている。しかし多くの場合、蛍光信号の核酸構造に対する選択性が低く、2重鎖DNAと4重鎖核酸の違いを見分けるには蛍光寿命を計測する必要があり、特別な顕微鏡システムを必要とした。本研究の成果により見出されたQCy(MeBT)3によるG4核酸可視化法では、生細胞内の2重鎖DNAと4重鎖核酸を蛍光の色で見分けることができるため、汎用の蛍光顕微鏡システムでG4核酸を可視化できる。さらにG4核酸のみに応答する蛍光色素の開発にも成功したことから、G4機能解明に大きく貢献できる。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Near-Infrared Fluorescent Switch-On Probe for Guanine-Quadruplex Imaging with Extremely Large Stokes Shift2023

    • Author(s)
      Muraoka Yuka、Muramoto Junya、Yasuhara Yu、Kawatake Mayuko、Sakamoto Takashi
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 95 Issue: 47 Pages: 17162-17165

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.3c04318

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tripodal Quinone-cyanine Fluorescent Dye as a Tool for Analyzing Structural Dynamics of DNA Guanine-quadruplex2022

    • Author(s)
      Sakamoto Takashi、Yu Zehui
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Issue: 12 Pages: 1139-1142

    • DOI

      10.1246/cl.220420

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dual-Color Fluorescence Switch-On Probe for Imaging G-Quadruplex and Double-Stranded DNA in Living Cells2022

    • Author(s)
      Sakamoto Takashi、Yu Zehui、Otani Yuto
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 94 Issue: 10 Pages: 4269-4276

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c04804

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 核酸4重鎖と2重鎖を見分ける近赤外蛍光プローブ2023

    • Author(s)
      坂本隆
    • Organizer
      分子夾雑に挑む化学@わかやま
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      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Fluorescence imaging of nucleic acid quadruplex structure using D3A-type quinone-cyanine fluorescent dyes2023

    • Author(s)
      Takashi Sakamoto, Yuka Muraoka, Zehui Yu, Mayuko Kawatake
    • Organizer
      The 50th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2023)
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
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    • Author(s)
      本隆、村岡優香、于ゾウ慧、川竹万柚子
    • Organizer
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] D3A 型キノン-シアニン蛍光色素による核酸イメージング2023

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      坂本隆、村岡優香、于ゾウ慧、川竹万柚子
    • Organizer
      第33回バイオ・高分子シンポジウム
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] がんの光線力学療法を志向した三脚型キノン-シアニン色素の活性酸素生成能の評価2023

    • Author(s)
      村元順哉、安原優、坂本隆日本化学会第103春季年会
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会
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  • [Presentation] DNA2重鎖・4重鎖二色蛍光スイッチオンプローブの結合選択性の制御2023

    • Author(s)
      村岡 優香、安原 優、岩井 まり奈、坂本 隆
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会
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  • [Presentation] がんの光線力学療法を指向した3脚型キノンーシアニン色素の光増感活性の評価2022

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      村元順哉、安原優、坂本隆
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      第16回バイオ関連化学シンポジウム
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      村岡優香、安原優、岩井まり奈、坂本隆
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] 3脚型キノン-シアニン色素誘導体の4重鎖および2重鎖DNAに対する蛍光応答2022

    • Author(s)
      村岡優香、安原優、岩井まり奈、坂本隆
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第16回年会
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  • [Presentation] 生細胞内局所粘度イメージングを目指した3脚型キノンーシアニン近赤外蛍光色素の粘度応答性能の制御2022

    • Author(s)
      坂本隆、岩井まり奈
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第16回年会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Controlling the fluorescence response of tripodal quinone-cyanine dyes upon nucleic acid binding2022

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      Takashi Sakamoto, Yuka Muraoka, Yu Yasuhara, Marina Iwai
    • Organizer
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2022)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 膜透過性官能基を導入した三脚型キノン-シアニン蛍光色素の合成2022

    • Author(s)
      大谷悠人、坂本隆
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
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  • [Presentation] 種々のベンゾチアゾリウムカチオン誘導体を含む3脚型キノン-シアニン蛍光色素の核酸に対する蛍光応答2022

    • Author(s)
      村岡優香、坂本隆
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] DNA構造に選択的な2色蛍光スイッチオンプローブを用いた4重鎖構造形成のリアルタイム追跡2021

    • Author(s)
      坂本隆、于ゾウ慧、大谷悠人
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 2重鎖と4重鎖を色分けして検出できる蛍光プローブを用いた細胞内DNAイメージング2021

    • Author(s)
      坂本隆、于ゾウ慧、大谷悠人
    • Organizer
      第31回バイオ・高分子シンポジウム
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞内4重鎖核酸イメージングのための3脚型キノンーシアニン蛍光色素2021

    • Author(s)
      坂本隆、于ゾウ慧、大谷悠人
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第15回年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] A dual fluorescence turn-on probe for simultaneous imaging of double-stranded DNA and G4 DNA2021

    • Author(s)
      Takashi Sakamoto, Zehui Yu, Yuto Otani
    • Organizer
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2021)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 核酸構造の色分けイメージングを可能とする蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      坂本隆
    • Organizer
      第17回若手技術者交流会(主催:和歌山県化学技術者協会)
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      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] A dual-color fluorescence switch-on probe for imaging the dynamics of guanine quadruplexes in cells2021

    • Author(s)
      Takashi Sakamoto
    • Organizer
      FIBER Webinar Universe in Nucleic Acids Chemistry 4
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks]

    • URL

      https://sites.google.com/view/sakamotolab/home?authuser=0

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      2023 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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